| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,015,007 | T→A | 11.6% | G354G (GGA→GGT) | fumA ← | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,015,007 | 0 | T | A | 11.6% | 182.0 / 13.6 | 68 | G354G (GGA→GGT) | fumA | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/29); new base A (5/3); total (36/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATCCAGATCCCC > minE/1014937‑1015076 | gATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTtct < 1:2101188/71‑1 (MQ=255) cTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCg > 1:1089664/1‑71 (MQ=255) cTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCg > 1:1534982/1‑71 (MQ=255) tGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGc > 1:1858761/1‑71 (MQ=255) gCGAAAGCTGGGCGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGcc > 1:3034778/1‑70 (MQ=255) cGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGc < 1:1757436/69‑1 (MQ=255) gACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCttt > 1:704309/1‑71 (MQ=255) aaCTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcg > 1:591585/1‑71 (MQ=255) cTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAAGGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcg > 1:2612827/1‑69 (MQ=255) tgtgCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCtt > 1:193981/1‑64 (MQ=255) gAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcgc < 1:3066474/64‑1 (MQ=255) aTCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTccc < 1:1930734/51‑1 (MQ=255) ctctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAg < 1:2703865/60‑1 (MQ=255) ctctTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTc > 1:818005/1‑66 (MQ=255) tctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAg < 1:1604314/59‑1 (MQ=255) ctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAgtt > 1:1701736/1‑58 (MQ=255) ctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAgtt > 1:4069418/1‑58 (MQ=255) ctTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTcc > 1:546026/1‑46 (MQ=255) ctTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGat > 1:2833588/1‑70 (MQ=255) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGctc > 1:3367253/1‑60 (MQ=255) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCgg < 1:2316345/66‑1 (MQ=255) tCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAgtt > 1:1688759/1‑55 (MQ=255) tCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata < 1:2174847/70‑1 (MQ=255) tCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGata < 1:4284/68‑1 (MQ=255) cATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATAtt > 1:1361354/1‑71 (MQ=255) aTCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATAttt < 1:4089249/71‑1 (MQ=255) cGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGc > 1:1349687/1‑71 (MQ=255) ggACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGcc > 1:3936515/1‑71 (MQ=255) gACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCt > 1:328254/1‑71 (MQ=255) aCGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTg > 1:612937/1‑71 (MQ=255) cGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTcc > 1:2893468/1‑54 (MQ=255) gTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcg < 1:658069/42‑1 (MQ=255) gTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGAt < 1:1378592/71‑1 (MQ=255) ttAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGAtt < 1:1909983/71‑1 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatat > 1:3177009/1‑57 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTa > 1:2330732/1‑71 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTa > 1:899932/1‑71 (MQ=255) aaGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTa < 1:141893/70‑1 (MQ=255) aGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTg < 1:2378082/36‑1 (MQ=255) aGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCa > 1:237372/1‑40 (MQ=255) gTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata > 1:1888592/1‑54 (MQ=255) cAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTc > 1:2154091/1‑70 (MQ=255) aaCGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGcc < 1:2509229/57‑1 (MQ=255) aaCGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGAt < 1:1811078/62‑1 (MQ=255) cgcgCACCGCTTCGCCTTCTCCAGCTTTTAGCCGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGt > 1:68083/1‑71 (MQ=255) gcgcACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata < 1:1960902/48‑1 (MQ=255) ttcACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCTTGTGGAATGTACTGGCCTGGGTTGTGTTCCAGttt > 1:1674801/3‑71 (MQ=255) gcACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGtttt < 1:2405387/71‑1 (MQ=255) gcACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGtttt < 1:2237799/71‑1 (MQ=255) gcACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGtttt < 1:1440185/71‑1 (MQ=255) gcACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGtttt < 1:1504462/71‑1 (MQ=255) gcACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGtttt > 1:165342/1‑71 (MQ=255) aCCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTg < 1:865198/52‑1 (MQ=255) aCCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTc < 1:869609/71‑1 (MQ=255) aCCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTc > 1:99078/1‑71 (MQ=255) ccGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGata < 1:3080140/41‑1 (MQ=255) cGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCg > 1:423275/1‑70 (MQ=255) cGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGa > 1:3842882/1‑71 (MQ=255) cGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGa > 1:2705091/1‑71 (MQ=255) cTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatat < 1:4109325/39‑1 (MQ=255) cTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatat < 1:3500533/39‑1 (MQ=255) cTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATc < 1:3260101/71‑1 (MQ=255) cTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATc < 1:3447399/71‑1 (MQ=255) cGCCTTCACCGGCCTGGCGCAGTTCTTGTGGAATGTACTGGCCTGGGTTGTGTTCCAGTTTTTCGATCCa < 1:326395/70‑1 (MQ=255) gCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTa < 1:1672012/49‑1 (MQ=255) cTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCt > 1:2978340/1‑41 (MQ=255) ttCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGAt < 1:4140745/44‑1 (MQ=255) ttCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATc < 1:3598271/64‑1 (MQ=255) ttCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATCCAGATcc > 1:274429/1‑71 (MQ=255) tctcCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATCCAGATccc > 1:417230/1‑71 (MQ=255) ctcCCGCTTTGCGGAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGttttt > 1:3477920/1‑57 (MQ=255) ctcCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGttttt > 1:3289995/1‑57 (MQ=255) ctcCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGttttt > 1:727207/1‑57 (MQ=255) ctcCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATCCAGATcccc > 1:2102682/1‑71 (MQ=255) | GATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATCCAGATCCCC > minE/1014937‑1015076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |