| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,259,379 | C→G | 7.6% | T515T (ACG→ACC) | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,259,379 | 0 | C | G | 7.6% | 317.7 / 12.7 | 105 | T515T (ACG→ACC) | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/53); new base G (2/6); total (46/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGG > minE/1259311‑1259446 | gcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGt > 1:1824316/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:106331/71‑1 (MQ=255) aaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:3080298/71‑1 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:1379346/70‑1 (MQ=255) tGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCAt > 1:2548207/1‑70 (MQ=255) cGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTg < 1:4088693/70‑1 (MQ=255) gAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:1066522/65‑1 (MQ=255) gAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:3764661/65‑1 (MQ=255) aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGt < 1:1484163/62‑1 (MQ=255) aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCt > 1:2975025/1‑71 (MQ=255) aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCt > 1:282698/1‑71 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:2229032/1‑71 (MQ=255) aGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:1430550/1‑70 (MQ=255) aGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg < 1:285236/71‑1 (MQ=255) gCCTGCTTCATCTGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa < 1:385126/71‑1 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa < 1:2971847/71‑1 (MQ=255) ccTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:2044966/55‑1 (MQ=255) ccTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:1975037/55‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:1784913/1‑67 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg > 1:1906569/1‑71 (MQ=255) gCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGtg > 1:1109347/1‑46 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:3590219/1‑71 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg > 1:2750001/1‑68 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTc < 1:3361660/45‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTc < 1:3654738/45‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa > 1:1516783/1‑65 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggtg < 1:1377428/70‑1 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGa > 1:2344153/1‑71 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGa < 1:3792820/70‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:582572/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:2407572/71‑1 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:1264891/1‑71 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg > 1:1907210/1‑71 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTc < 1:3401933/38‑1 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:4084578/1‑71 (MQ=255) acaATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:1168639/1‑71 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:146604/1‑61 (MQ=255) aaTATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCa < 1:1178109/49‑1 (MQ=255) atatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc > 1:542562/1‑71 (MQ=255) atatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:2410557/71‑1 (MQ=255) agatGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaa < 1:3997001/48‑1 (MQ=255) agatGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaa < 1:1231722/48‑1 (MQ=255) tatGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:2697194/70‑1 (MQ=255) atGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATa > 1:3954854/1‑68 (MQ=255) atGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaa < 1:900587/47‑1 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa > 1:31831/1‑36 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:2781008/1‑65 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat < 1:1455597/71‑1 (MQ=255) tGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGa < 1:1000622/70‑1 (MQ=255) cTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa > 1:3235653/1‑48 (MQ=255) cTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:1297360/52‑1 (MQ=255) cTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat > 1:868886/1‑71 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACg > 1:2117960/1‑42 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:673951/1‑47 (MQ=255) tGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg > 1:949962/1‑47 (MQ=255) gCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:3089634/1‑39 (MQ=255) gCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgt > 1:2123892/1‑71 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:1702335/39‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:3395827/56‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:507699/71‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:1986468/71‑1 (MQ=255) cTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:3906634/71‑1 (MQ=255) gTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:2504/43‑1 (MQ=255) gTAATCACCGGTAATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa > 1:3068879/1‑39 (MQ=255) tAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGGTAGTCGCAGGCAGAACGATATCCGCGTGttt < 1:1934346/71‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGGTAGTCGCAGGCAGAACGATATCCGCGTGttt < 1:2186865/71‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGAGGTAGTCGCAGGCAGAACGATATCCGCGTGttt < 1:2697418/71‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa < 1:196479/38‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:1168909/51‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:2995649/56‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATAc < 1:939188/56‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:2587017/61‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGatat < 1:816812/61‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGat < 1:2809752/59‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGttt < 1:3170847/71‑1 (MQ=255) tAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGttt > 1:2725812/1‑71 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:1149242/45‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg > 1:2207762/1‑71 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg > 1:3497261/1‑71 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg < 1:1843962/71‑1 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTgg > 1:47130/1‑71 (MQ=255) aTCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTg > 1:117270/1‑70 (MQ=255) tCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa < 1:2860022/50‑1 (MQ=255) tCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTg < 1:634228/69‑1 (MQ=255) tCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgc < 1:526925/71‑1 (MQ=255) tCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgc < 1:339903/71‑1 (MQ=255) aCCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGttt > 1:792366/1‑66 (MQ=255) aCCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGtt > 1:2053363/1‑65 (MQ=255) aCCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGgc > 1:3570893/1‑69 (MQ=255) ccGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:971818/1‑43 (MQ=255) ggTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGata > 1:333648/1‑52 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTTGTGATCGGt < 1:3960830/42‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:1599813/42‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:302894/42‑1 (MQ=255) gTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCg < 1:540989/57‑1 (MQ=255) cATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCgg > 1:1562300/1‑71 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATc > 1:3880480/1‑50 (MQ=255) aTCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATc > 1:1678437/1‑50 (MQ=255) tCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCgtg < 1:1306309/55‑1 (MQ=255) cGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:1666262/1‑35 (MQ=255) | GCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACGATATCTGCGTGTTTGGCTGCTGCGG > minE/1259311‑1259446 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |