| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 218,082 | T→C | 9.0% | I23I (ATT→ATC) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 218,082 | 0 | T | C | 9.0% | 414.5 / 26.2 | 145 | I23I (ATT→ATC) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/61); new base C (8/5); total (79/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
ATGAATGAAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCA > minE/218014‑218152 | atgaatgaAGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGc > 1:889177/1‑71 (MQ=255)atgaatgaAGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGc > 1:3557409/1‑71 (MQ=255) gaatgaaGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTa > 1:1154347/1‑71 (MQ=255) aatgaaGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTAt > 1:1118129/1‑71 (MQ=255) aatgaaGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTAt > 1:247012/1‑71 (MQ=255) aatgaaGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTAt > 1:2222208/1‑71 (MQ=255) aatgaaGACGACTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTAt > 1:2690485/1‑71 (MQ=255) atgaaGACGACTGCAAAATAAGAAGAGGAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTAt > 1:2960934/1‑70 (MQ=255) 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1:3397028/70‑3 (MQ=255) agaagaGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgat > 1:2761210/1‑68 (MQ=255) agaagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgaga < 1:3523578/70‑1 (MQ=255) aagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:716141/71‑1 (MQ=255) agagGAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAgg > 1:1454612/1‑70 (MQ=255) agagGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:1554768/70‑1 (MQ=255) agGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTCGACGAATGATAAGGTAt > 1:530055/1‑71 (MQ=255) agGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAt < 1:1766001/71‑1 (MQ=255) agGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAt < 1:2711932/71‑1 (MQ=255) ggAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAgg < 1:2449708/67‑1 (MQ=255) ggAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTAt < 1:1519628/70‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTc < 1:2369212/57‑1 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAg < 1:895905/71‑1 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAg > 1:1490770/1‑49 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGCTAAGa < 1:1009832/70‑1 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa < 1:1928564/67‑1 (MQ=255) tttaCAGGGATAGCGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGaact > 1:3174574/1‑47 (MQ=37) tCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAggg > 1:2709848/1‑60 (MQ=255) tCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTa < 1:1200782/70‑1 (MQ=255) cAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:2037064/70‑1 (MQ=255) cAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:1082554/61‑1 (MQ=255) cAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:1493411/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |