| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,274,778 | G→A | 32.8% | S30N (AGC→AAC) | yodA → | conserved metal‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,274,778 | 0 | G | A | 32.8% | 91.4 / 59.3 | 70 | S30N (AGC→AAC) | yodA | conserved metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/24); new base A (9/14); total (32/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAACCG > minE/1274710‑1274843 | gCTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGcc < 1:1165534/71‑1 (MQ=255) cTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAAccc < 1:3963570/71‑1 (MQ=255) ttGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCtt < 1:2104555/70‑1 (MQ=255) ttGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCtt > 1:2278331/1‑70 (MQ=255) ttGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCtt < 1:684521/70‑1 (MQ=255) ttGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTa < 1:1672296/71‑1 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTaa < 1:1655389/70‑1 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTaa < 1:624015/70‑1 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTaa < 1:2391157/70‑1 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTaa > 1:40025/1‑70 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTaa > 1:713866/1‑70 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTaa > 1:2381445/1‑70 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTaa > 1:195594/1‑70 (MQ=255) gCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTaa > 1:3291810/1‑70 (MQ=255) cTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACa < 1:3603928/71‑1 (MQ=255) cTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACa < 1:1925517/71‑1 (MQ=255) ttAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACag > 1:1619893/1‑70 (MQ=255) ttAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGACCTTaa > 1:3008302/1‑67 (MQ=255) tttATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAg > 1:2871326/1‑51 (MQ=255) tttATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGaa > 1:2225920/1‑69 (MQ=255) tttATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAAc > 1:4111377/1‑70 (MQ=255) tATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACaa > 1:2224190/1‑70 (MQ=255) aTTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACaaa < 1:911083/70‑1 (MQ=255) ttGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGaa > 1:1391524/1‑65 (MQ=255) ttGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACaaaaa < 1:3835933/71‑1 (MQ=255) tAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAgctg > 1:2822553/1‑71 (MQ=255) tAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAgctg > 1:2096572/1‑71 (MQ=255) tAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAgct < 1:3804208/70‑1 (MQ=255) gcgcTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAgg < 1:1979023/54‑1 (MQ=255) gcTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACTCGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTaa > 1:598364/1‑71 (MQ=255) cTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGcc < 1:1825139/40‑1 (MQ=255) cTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAAt > 1:1799005/1‑71 (MQ=255) cTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGc < 1:1799313/36‑1 (MQ=255) tGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGgt > 1:1516809/1‑70 (MQ=255) gCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGccc > 1:1289328/1‑36 (MQ=255) gCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACagag < 1:3758239/45‑1 (MQ=255) gCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACagag < 1:2934749/45‑1 (MQ=255) gCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAg > 1:2035004/1‑58 (MQ=255) cTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGt > 1:917517/1‑45 (MQ=255) cTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGt > 1:922501/1‑45 (MQ=255) ttttCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACag < 1:3641545/40‑1 (MQ=255) ttCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACa > 1:2819863/1‑37 (MQ=255) ttCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttttt < 1:3133690/70‑1 (MQ=255) ttCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttttt < 1:3172059/70‑1 (MQ=255) ttCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAgct > 1:3574681/1‑55 (MQ=255) ttCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttttt < 1:2170222/70‑1 (MQ=255) ttCCCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttttt < 1:491855/70‑1 (MQ=255) tCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtg < 1:3187917/70‑1 (MQ=255) tCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtg < 1:3506856/70‑1 (MQ=255) gCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtgatg < 1:173564/71‑1 (MQ=255) gCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtgtt < 1:3878995/70‑3 (MQ=255) gCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtgat < 1:3980652/70‑1 (MQ=255) gCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtgat < 1:1274166/70‑1 (MQ=255) gCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtgat < 1:413441/70‑1 (MQ=255) aTGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACaa < 1:2981390/44‑1 (MQ=255) aTGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTgatgat < 1:2621300/71‑1 (MQ=255) tGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCg < 1:425036/38‑1 (MQ=255) tGGTCATCACTCACACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAaaaaaa < 1:1014506/45‑1 (MQ=255) gTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGaa > 1:3698689/1‑38 (MQ=255) catcaCTCACACGGCAAGCACTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGtttt > 1:2321155/1‑59 (MQ=255) actcacACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGttttt > 1:1452259/1‑56 (MQ=255) actcacACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAAt > 1:1111556/1‑47 (MQ=255) ctcacACGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTtgatga > 1:2594677/1‑60 (MQ=255) cacaCGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCaa > 1:2017903/1‑64 (MQ=255) acacGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACaa > 1:4123517/1‑70 (MQ=255) acacGGCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACaaa < 1:2558079/71‑1 (MQ=255) cGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAAc > 1:3764782/1‑70 (MQ=255) ggCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAACCg < 1:1654963/71‑1 (MQ=255) ggCAAACCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAACCg < 1:443216/71‑1 (MQ=255) gCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTaa > 1:2809176/1‑37 (MQ=255) aGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAACCg < 1:2098778/67‑1 (MQ=255) | GCTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAACCG > minE/1274710‑1274843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |