| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 218,097 | G→A | 8.1% | L28L (TTG→TTA) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 218,097 | 0 | G | A | 8.1% | 549.8 / 25.3 | 173 | L28L (TTG→TTA) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (92/67); new base A (8/6); total (100/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
CTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTA > minE/218028‑218165 | cTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGa > 1:3510357/1‑71 (MQ=255) tACAAAATAAGAAGAGGAAACCCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGAc > 1:3452223/1‑71 (MQ=255) cAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACg < 1:4025700/70‑1 (MQ=255) cAAAATAAGAAGAGGAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACg > 1:1544234/1‑70 (MQ=255) cAAAATAAGAAGAGGAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACg > 1:3335661/1‑70 (MQ=255) cAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACg > 1:2184564/1‑70 (MQ=255) aaaaTAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGa < 1:1138848/70‑1 (MQ=255) tAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgag < 1:843026/71‑1 (MQ=255) tAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATAATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAAt > 1:2261194/1‑68 (MQ=255) aagaagAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgaga < 1:2361289/71‑1 (MQ=255) agaagaGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgata < 1:3397028/70‑3 (MQ=255) agagGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:4002204/70‑1 (MQ=255) agagGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:1554768/70‑1 (MQ=255) agGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAt < 1:1766001/71‑1 (MQ=255) ggAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAgg < 1:2449708/67‑1 (MQ=255) ggAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAtt > 1:2033332/1‑71 (MQ=255) aaaTGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc < 1:2087874/70‑1 (MQ=255) aaCGCAGAAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:335349/64‑1 (MQ=255) aCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGaa > 1:2303880/1‑61 (MQ=255) gcagcaGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGa < 1:1337199/52‑1 (MQ=255) agcagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAg < 1:3959747/71‑1 (MQ=255) agcagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCa < 1:3272177/70‑1 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:3020988/71‑1 (MQ=255) aaTTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc < 1:3529575/59‑1 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGaa > 1:561752/1‑44 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGaa > 1:1262472/1‑44 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTa > 1:3325708/1‑54 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGt > 1:2042152/1‑67 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTa > 1:428243/1‑54 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTc < 1:2369212/57‑1 (MQ=255) tattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGa > 1:3755574/1‑71 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGCTAAGa < 1:1009832/70‑1 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa < 1:1928564/67‑1 (MQ=255) tttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAgg > 1:14288/1‑48 (MQ=255) ttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt > 1:896646/1‑70 (MQ=255) tCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTa < 1:1200782/70‑1 (MQ=255) cAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:1082554/61‑1 (MQ=255) cAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:1493411/70‑1 (MQ=255) aGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAg < 1:4058393/43‑1 (MQ=255) ggATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc < 1:2658287/47‑1 (MQ=255) ggATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc < 1:762922/47‑1 (MQ=255) gATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGc > 1:32025/1‑71 (MQ=255) aTACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc > 1:3922228/1‑45 (MQ=255) aCGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGa > 1:168842/1‑70 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa > 1:894209/1‑55 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTa > 1:116248/1‑39 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa > 1:2223755/1‑55 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa > 1:1518953/1‑62 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa < 1:1139031/70‑1 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa > 1:3708275/1‑70 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTCGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa > 1:2273019/1‑70 (MQ=255) acaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGa > 1:2678303/1‑53 (MQ=255) acaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag > 1:471657/1‑69 (MQ=255) caTCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGa > 1:2394826/1‑64 (MQ=255) caTCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag < 1:1212147/71‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:974694/1‑71 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:1240525/1‑71 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:393297/47‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc < 1:2710014/71‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc < 1:2201089/71‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:3886734/1‑70 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAg > 1:237797/1‑49 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGa > 1:193355/1‑57 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:181336/1‑70 (MQ=255) tcgCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:1843493/3‑70 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa > 1:1233439/1‑71 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCaa > 1:1695974/1‑35 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt > 1:3892860/1‑71 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt > 1:1811614/1‑71 (MQ=255) ttAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa < 1:2563745/42‑1 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa > 1:3218936/1‑40 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:1397272/1‑68 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag > 1:2727963/1‑58 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:2117542/1‑68 (MQ=255) aaTATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGa > 1:2789989/1‑49 (MQ=255) aaTATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:2444284/1‑68 (MQ=255) atatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAg > 1:3181590/1‑70 (MQ=255) atatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAg < 1:2291658/70‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaaaa > 1:104092/1‑55 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:3504522/36‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAATATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGaa < 1:647353/71‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGcc > 1:2048841/1‑61 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:145670/70‑1 (MQ=255) atTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaaaa > 1:1217459/1‑54 (MQ=255) atTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGAc > 1:3642772/1‑66 (MQ=255) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:3254819/68‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGAGAATGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt < 1:3294372/41‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc > 1:775226/1‑39 (MQ=255) ttttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAAc > 1:1898489/1‑71 (MQ=255) ttttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAAc > 1:789687/1‑71 (MQ=255) ttttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAAc < 1:3823550/71‑1 (MQ=255) tttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg < 1:1946209/61‑1 (MQ=255) tttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:1430416/67‑1 (MQ=255) tttAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATg > 1:959876/1‑46 (MQ=255) ttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag > 1:51470/1‑55 (MQ=255) ttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa > 1:2946894/1‑41 (MQ=255) ttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag > 1:68080/1‑55 (MQ=255) ttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag > 1:899948/1‑55 (MQ=255) tGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:1444284/1‑61 (MQ=255) tGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTa < 1:291078/70‑1 (MQ=255) | CTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTA > minE/218028‑218165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |