| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,321,783 | G→A | 12.7% | intergenic (‑237/+257) | gnd ← / ← galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,321,783 | 0 | G | A | 12.7% | 175.4 / 14.2 | 63 | intergenic (‑237/+257) | gnd/galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/22); new base A (5/3); total (38/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
TCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTC > minE/1321714‑1321851 | tctcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGt > 1:3472466/1‑71 (MQ=255) tcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTg > 1:3216842/1‑70 (MQ=255) aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTgcatgcat > 1:1062337/1‑71 (MQ=255) aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTg < 1:341101/68‑1 (MQ=255) aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTg < 1:3687369/68‑1 (MQ=255) ttGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGcc > 1:1331948/1‑71 (MQ=255) ttGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGcc > 1:3312339/1‑71 (MQ=255) ttGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGcc > 1:3709219/1‑71 (MQ=255) tGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGcc > 1:1343095/1‑70 (MQ=255) tGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGcc > 1:1911920/1‑70 (MQ=255) gATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCt < 1:2619137/70‑1 (MQ=255) aTTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGc > 1:3522703/1‑51 (MQ=255) aTTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGAtgt > 1:2626634/1‑64 (MQ=255) aTTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGAtgt > 1:2621467/1‑64 (MQ=255) ttAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGAtgtg > 1:271729/1‑64 (MQ=255) ttAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCg > 1:1424032/1‑71 (MQ=255) ttAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCg > 1:3302589/1‑71 (MQ=255) ttAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCg < 1:3288775/71‑1 (MQ=255) aaTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTgcatgcat > 1:1583743/1‑50 (MQ=255) aaTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGc < 1:3805079/68‑1 (MQ=255) aaTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGt > 1:1815816/1‑70 (MQ=255) aCGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTatga > 1:985843/1‑53 (MQ=255) aCGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGa < 1:567502/61‑1 (MQ=255) cGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCAc > 1:1591751/1‑71 (MQ=255) cGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCAc > 1:1948235/1‑71 (MQ=255) cTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc > 1:3981418/1‑71 (MQ=255) cTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc > 1:2667997/1‑71 (MQ=255) tACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCa > 1:2247519/1‑67 (MQ=255) tACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:482020/1‑71 (MQ=255) ccGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTatga > 1:3683379/1‑47 (MQ=255) gcaccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCgcgc > 1:502161/4‑70 (MQ=255) gCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAcc > 1:1432501/1‑61 (MQ=255) ccccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:2479016/71‑1 (MQ=255) ccccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:755206/71‑1 (MQ=255) cccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAcc > 1:1941783/1‑59 (MQ=255) ccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGc < 1:3282145/52‑1 (MQ=255) ccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGtt < 1:2871912/55‑1 (MQ=255) tGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:1420567/61‑1 (MQ=255) tGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:771284/61‑1 (MQ=255) tGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:3502413/61‑1 (MQ=255) tGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:2398416/61‑1 (MQ=255) tGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:2861150/67‑1 (MQ=255) tGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:1917199/67‑1 (MQ=255) tGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGc > 1:1515674/1‑50 (MQ=255) ggCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAAccc > 1:632771/1‑71 (MQ=255) ggCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAAccc > 1:1321588/1‑71 (MQ=255) gCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGt > 1:1390309/1‑50 (MQ=255) cTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGtt > 1:2685117/1‑50 (MQ=255) cTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGtt > 1:2666666/1‑50 (MQ=255) cTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGtt > 1:1921363/1‑50 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGAtgt < 1:3912669/37‑1 (MQ=255) aCAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGaaaa < 1:2983880/70‑1 (MQ=255) cAGCTACCAGAGCACTTCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAt < 1:1272276/71‑1 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCa < 1:86541/71‑1 (MQ=255) ccAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCaa < 1:1574369/69‑1 (MQ=255) agagCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCg > 1:3149499/1‑35 (MQ=255) gagCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGc > 1:3504296/1‑70 (MQ=255) agCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTc > 1:1568623/1‑63 (MQ=255) gCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTaa < 1:2208584/71‑1 (MQ=255) cACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACg < 1:1449128/66‑1 (MQ=255) cACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAAt > 1:891239/1‑71 (MQ=255) cTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTg < 1:1419608/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTg < 1:1200425/71‑1 (MQ=255) cTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTg > 1:4046128/1‑71 (MQ=255) gCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTc > 1:852546/1‑71 (MQ=255) | TCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTC > minE/1321714‑1321851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |