| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 218,106 | G→T | 39.7% | E31D (GAG→GAT) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 218,106 | 0 | G | T | 39.7% | 215.5 / 152.2 | 161 | E31D (GAG→GAT) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/46); new base T (38/26); total (89/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
TAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGT > minE/218036‑218173 | tAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgag < 1:843026/71‑1 (MQ=255) agaagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgaga < 1:3523578/70‑1 (MQ=255) aagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:1545557/71‑1 (MQ=255) aagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:716141/71‑1 (MQ=255) agagGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:1554768/70‑1 (MQ=255) agGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTCGACGAATGATAAGGTAt > 1:530055/1‑71 (MQ=255) agGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAt < 1:1766001/71‑1 (MQ=255) agGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAt < 1:2711932/71‑1 (MQ=255) gAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTc < 1:1858237/71‑1 (MQ=255) aaaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTc > 1:2414334/1‑70 (MQ=255) aaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg > 1:4120883/1‑64 (MQ=255) aaCGCAGAAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:335349/64‑1 (MQ=255) agcagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAg < 1:3959747/71‑1 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGt > 1:795900/1‑70 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGt > 1:3909818/1‑70 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:3020988/71‑1 (MQ=255) aaTTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc < 1:3529575/59‑1 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTa > 1:2049436/1‑54 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTa > 1:3325708/1‑54 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTAAAGGCAGGGtt < 1:2115687/68‑1 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTa > 1:428243/1‑54 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTc < 1:2369212/57‑1 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt > 1:2289413/1‑68 (MQ=255) tattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGa > 1:3755574/1‑71 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAg > 1:1490770/1‑49 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGa < 1:1376734/70‑1 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGCTAAGa < 1:1009832/70‑1 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa < 1:1928564/67‑1 (MQ=255) tttaCAGGGATAGCGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGaact > 1:3174574/1‑47 (MQ=37) tttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAgg > 1:14288/1‑48 (MQ=255) ttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt > 1:896646/1‑70 (MQ=255) tCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAggg > 1:2709848/1‑60 (MQ=255) cAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:2037064/70‑1 (MQ=255) cAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:1082554/61‑1 (MQ=255) cAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:2182092/70‑1 (MQ=255) cAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTa < 1:1909966/69‑1 (MQ=255) aGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAg < 1:4058393/43‑1 (MQ=255) aGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAgg < 1:2914731/53‑1 (MQ=255) ggATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc < 1:762922/47‑1 (MQ=255) ggATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc < 1:2658287/47‑1 (MQ=255) tACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:1219158/64‑1 (MQ=255) aCGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGa > 1:1944323/1‑70 (MQ=255) aCGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGa > 1:168842/1‑70 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa > 1:894209/1‑55 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa > 1:3809139/1‑70 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa > 1:2223755/1‑55 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa > 1:1518953/1‑62 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa > 1:2026056/1‑62 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa < 1:1139031/70‑1 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa > 1:3708275/1‑70 (MQ=255) gCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc < 1:3929927/56‑1 (MQ=255) gCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag < 1:1743619/71‑1 (MQ=255) acaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagca < 1:238345/71‑1 (MQ=255) caTCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag < 1:1212147/71‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:1240525/1‑71 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:974694/1‑71 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:393297/47‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:3886734/1‑70 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:1208351/1‑70 (MQ=255) tcgCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:1843493/3‑70 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAgg > 1:1123139/1‑42 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag > 1:348068/1‑65 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCaa > 1:2225364/1‑35 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt > 1:1811614/1‑71 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc > 1:4006659/1‑48 (MQ=255) ttAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa < 1:2563745/42‑1 (MQ=255) ttAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt < 1:1165712/47‑1 (MQ=255) ttAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATgg < 1:38476/69‑1 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTaa > 1:3218936/1‑40 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACg < 1:1235907/44‑1 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag > 1:2727963/1‑58 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:509741/1‑68 (MQ=255) aaTATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:2444284/1‑68 (MQ=255) atatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAg > 1:3181590/1‑70 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:2291779/36‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaaaa > 1:104092/1‑55 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAg < 1:2373044/46‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAATATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGaa < 1:647353/71‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGcc > 1:2048841/1‑61 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:145670/70‑1 (MQ=255) atTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGAc > 1:3642772/1‑66 (MQ=255) atTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGaaa > 1:2332996/1‑71 (MQ=255) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:3254819/68‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGAGAATGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt < 1:3294372/41‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc > 1:775226/1‑39 (MQ=255) tttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:1430416/67‑1 (MQ=255) ttaaCGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGATAGAAACt < 1:2144779/67‑1 (MQ=255) ttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa > 1:2946894/1‑41 (MQ=255) ttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag > 1:68080/1‑55 (MQ=255) ttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag > 1:899948/1‑55 (MQ=255) ttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag > 1:221555/1‑55 (MQ=255) tGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:1444284/1‑61 (MQ=255) aaCGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGATAGAAACTatc > 1:2302951/2‑69 (MQ=255) aCGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTatc < 1:4033557/70‑3 (MQ=255) aaTGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGc < 1:1917859/71‑1 (MQ=255) aTGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCg > 1:3207457/1‑71 (MQ=255) tGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc < 1:2897166/48‑1 (MQ=255) tGAGAAGGTATTAAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACt > 1:2022421/1‑62 (MQ=255) gaAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCg < 1:2609051/36‑1 (MQ=255) gaAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCg < 1:939455/36‑1 (MQ=255) | TAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGT > minE/218036‑218173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |