| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,395,681 | T→C | 6.8% | L129L (CTT→CTC) | setB → | lactose/glucose efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,395,681 | 0 | T | C | 6.8% | 205.1 / 6.2 | 73 | L129L (CTT→CTC) | setB | lactose/glucose efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/36); new base C (2/3); total (34/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
TTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTT > minE/1395611‑1395751 | ttGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgccctt > 1:2869603/1‑71 (MQ=255) ttttGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCATCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttgc < 1:3199741/70‑1 (MQ=255) ttCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa < 1:3341092/69‑1 (MQ=255) ttCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACa > 1:216170/1‑71 (MQ=255) cGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCgaa > 1:3636870/1‑63 (MQ=255) gTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGc < 1:330502/71‑1 (MQ=255) ttGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGcc < 1:3079477/71‑1 (MQ=255) ggCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACa > 1:3874880/1‑65 (MQ=255) cGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGAc > 1:2610338/1‑70 (MQ=255) tctttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa < 1:501303/59‑1 (MQ=255) tctttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaa < 1:715829/70‑1 (MQ=255) acttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGa > 1:2553607/3‑66 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTg < 1:2103992/55‑1 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTg < 1:627761/55‑1 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGAc < 1:2036610/66‑1 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAc > 1:176323/1‑71 (MQ=255) tcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAAc > 1:3216681/1‑56 (MQ=255) tcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCg > 1:1781476/1‑71 (MQ=255) tcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCg > 1:2417936/1‑71 (MQ=255) ttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:3927600/1‑71 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:1544591/1‑68 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:2741061/71‑1 (MQ=255) gcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa < 1:3790911/47‑1 (MQ=255) cTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGa > 1:1502818/1‑69 (MQ=255) cTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGa > 1:1070517/1‑69 (MQ=255) tttGGCTCGACCGCTACCCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:1136277/1‑63 (MQ=255) ttGGCTCGCCCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACa > 1:2267972/1‑46 (MQ=255) ttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaa < 1:1877479/55‑1 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCgg > 1:3038302/1‑71 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCg < 1:4145976/70‑1 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCg < 1:2640983/70‑1 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCg < 1:2942143/70‑1 (MQ=255) ggCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaaaa > 1:1351387/1‑55 (MQ=255) gCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAg < 1:3430778/65‑1 (MQ=255) gCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCg < 1:1471935/68‑1 (MQ=255) gCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGt < 1:2874121/70‑1 (MQ=255) gCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTg < 1:2210404/71‑1 (MQ=255) cTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGa < 1:430044/71‑1 (MQ=255) cTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGa < 1:1896985/71‑1 (MQ=255) tccaCCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCAt > 1:2743353/4‑71 (MQ=255) tCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGa > 1:2674765/1‑70 (MQ=255) tCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGAt > 1:2087671/1‑71 (MQ=255) cGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAAc > 1:2023197/1‑39 (MQ=255) cGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATg > 1:3348258/1‑71 (MQ=255) gACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa > 1:1429279/1‑37 (MQ=255) gACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATg < 1:2298189/70‑1 (MQ=255) gACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGt > 1:3996822/1‑71 (MQ=255) aCCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGtt < 1:688839/71‑1 (MQ=255) cGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGTTc < 1:4091634/70‑1 (MQ=255) gCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCg < 1:264219/60‑1 (MQ=255) gCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGt < 1:2846788/67‑1 (MQ=255) gCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGt < 1:3071067/67‑1 (MQ=255) gCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGt < 1:3190222/67‑1 (MQ=255) aaCCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGTTCAGcac < 1:1781569/71‑3 (MQ=255) aCCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGt > 1:1311111/1‑58 (MQ=255) aCCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGt < 1:2022956/58‑1 (MQ=255) aCCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGctc < 1:2467246/70‑1 (MQ=255) cccGCAAATGTTTGCGCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:3928494/49‑1 (MQ=255) cccGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAgg > 1:2200124/1‑53 (MQ=255) cccGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCtt < 1:3950089/71‑1 (MQ=255) cccGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCtt > 1:802103/1‑71 (MQ=255) ccGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:1055336/48‑1 (MQ=255) ccGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:3924378/48‑1 (MQ=255) ccGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTTATGTTCAGCTCttt < 1:3544391/71‑1 (MQ=255) cGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAc > 1:493077/1‑40 (MQ=255) cAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCtttttt < 1:4117198/71‑1 (MQ=255) aaaTGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTa < 1:3817922/71‑1 (MQ=255) aaaTGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTa < 1:2793341/71‑1 (MQ=255) aaTGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGc > 1:2978092/1‑61 (MQ=255) tGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTg > 1:2786599/1‑42 (MQ=255) tGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGa > 1:2664498/1‑43 (MQ=255) tGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGAt > 1:3841046/1‑52 (MQ=255) gTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATg < 1:3062946/52‑1 (MQ=255) tttGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:1721593/1‑36 (MQ=255) tttGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:3251154/1‑36 (MQ=255) tgcccttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCt > 1:2135205/1‑70 (MQ=255) gcccttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCt > 1:2207491/1‑69 (MQ=255) cccttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCa < 1:2349812/70‑1 (MQ=255) cttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGt > 1:25792/1‑41 (MQ=255) cttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGt > 1:2289315/1‑41 (MQ=255) cttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGt < 1:2252023/71‑1 (MQ=255) ttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGt < 1:3100463/40‑1 (MQ=255) tgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTa > 1:63750/1‑58 (MQ=255) tgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGttt > 1:2042165/1‑71 (MQ=255) | TTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTT > minE/1395611‑1395751 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |