| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,395,693 | T→C | 5.3% | H133H (CAT→CAC) | setB → | lactose/glucose efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,395,693 | 0 | T | C | 5.3% | 275.2 / 5.5 | 95 | H133H (CAT→CAC) | setB | lactose/glucose efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/43); new base C (2/3); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
GTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATG > minE/1395625‑1395761 | gTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGc < 1:330502/71‑1 (MQ=255) ttGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGcc < 1:3079477/71‑1 (MQ=255) cGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGAc > 1:2610338/1‑70 (MQ=255) tctttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaa < 1:715829/70‑1 (MQ=255) acttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGa > 1:2553607/3‑66 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGAc < 1:2036610/66‑1 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAc > 1:176323/1‑71 (MQ=255) tcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCg > 1:1781476/1‑71 (MQ=255) tcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCg > 1:2417936/1‑71 (MQ=255) ttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:3927600/1‑71 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:1544591/1‑68 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:2741061/71‑1 (MQ=255) cTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGa > 1:1502818/1‑69 (MQ=255) cTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGa > 1:1070517/1‑69 (MQ=255) tttGGCTCGACCGCTACCCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:1136277/1‑63 (MQ=255) ttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaa < 1:1877479/55‑1 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCgg > 1:3038302/1‑71 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCg < 1:2640983/70‑1 (MQ=255) 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ccGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTTATGTTCAGCTCttt < 1:3544391/71‑1 (MQ=255) cGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAc > 1:493077/1‑40 (MQ=255) cAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCtttttt < 1:4117198/71‑1 (MQ=255) aaaTGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTa < 1:2793341/71‑1 (MQ=255) aaaTGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTa < 1:3817922/71‑1 (MQ=255) aaTGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGc > 1:2978092/1‑61 (MQ=255) tGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTg > 1:2786599/1‑42 (MQ=255) tGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGa > 1:2664498/1‑43 (MQ=255) tGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGAt > 1:3841046/1‑52 (MQ=255) gTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATg < 1:3062946/52‑1 (MQ=255) tttGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:1721593/1‑36 (MQ=255) tttGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:3251154/1‑36 (MQ=255) tgcccttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCt > 1:2135205/1‑70 (MQ=255) gcccttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCt > 1:2207491/1‑69 (MQ=255) cccttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCa < 1:2349812/70‑1 (MQ=255) cttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGt > 1:25792/1‑41 (MQ=255) cttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGt > 1:2289315/1‑41 (MQ=255) cttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGt < 1:2252023/71‑1 (MQ=255) ttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGt < 1:3100463/40‑1 (MQ=255) tgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTa > 1:63750/1‑58 (MQ=255) tgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGttt > 1:2042165/1‑71 (MQ=255) gcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTa > 1:3663035/1‑57 (MQ=255) gcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGttt < 1:846418/70‑1 (MQ=255) cccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTc < 1:2506063/70‑1 (MQ=255) cccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCa > 1:3383886/1‑71 (MQ=255) ccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCAc > 1:741814/1‑71 (MQ=255) gTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGa < 1:2046413/36‑1 (MQ=255) gTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTAcgcg < 1:1613329/57‑1 (MQ=255) gTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTg > 1:3390536/1‑71 (MQ=255) gTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTg > 1:2282238/1‑71 (MQ=255) tGAACATGCCGACAAAACCGTACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTgg < 1:2750505/71‑1 (MQ=255) tGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAgg > 1:3600540/1‑62 (MQ=255) tGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTgg < 1:2552482/71‑1 (MQ=255) gAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCt > 1:2866369/1‑57 (MQ=255) gAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTgg > 1:602076/1‑70 (MQ=255) aaCATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTa > 1:140282/1‑50 (MQ=255) aaCATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGttt > 1:2657881/1‑63 (MQ=255) aaCATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGttt > 1:81467/1‑63 (MQ=255) aaCATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCa > 1:1307212/1‑71 (MQ=255) aaCATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCa > 1:104628/1‑71 (MQ=255) aaCATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCa > 1:514319/1‑71 (MQ=255) aCATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCAt < 1:2373456/71‑1 (MQ=255) aCATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCAt > 1:2760967/1‑71 (MQ=255) aCATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCAt < 1:3634694/71‑1 (MQ=255) cATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATg > 1:3946951/1‑71 (MQ=255) aTGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGttt < 1:2366212/60‑1 (MQ=255) tGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTg > 1:3073576/1‑64 (MQ=255) | GTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATG > minE/1395625‑1395761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |