| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,416,539 | T→C | 17.7% | V244V (GTT→GTC) | yejM → | predicted hydrolase, inner membrane |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,416,539 | 0 | T | C | 17.7% | 178.7 / 33.1 | 79 | V244V (GTT→GTC) | yejM | predicted hydrolase, inner membrane |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/31); new base C (8/6); total (42/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
TGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTACTGTC > minE/1416470‑1416608 | tGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGtt < 1:3425139/70‑1 (MQ=255) tGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTAt > 1:2456804/1‑71 (MQ=255) gCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATc > 1:2318205/1‑71 (MQ=255) cTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATcc > 1:3805209/1‑71 (MQ=255) gcgcAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAg > 1:2489627/1‑71 (MQ=255) gcAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg < 1:2126601/71‑1 (MQ=255) gcAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg < 1:2600708/71‑1 (MQ=255) cAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg > 1:751323/1‑70 (MQ=255) cAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGa < 1:3139204/71‑1 (MQ=255) tCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGaa > 1:3928046/1‑64 (MQ=255) tCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTgcgc > 1:1945052/1‑70 (MQ=255) tCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTgcgc > 1:237295/1‑70 (MQ=255) tCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTgcgc > 1:3794758/1‑70 (MQ=255) tCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTgcgc < 1:1045903/70‑1 (MQ=255) tCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTgcgc > 1:1612539/1‑70 (MQ=255) aCGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATc < 1:573043/71‑1 (MQ=255) aCGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATc < 1:1248391/71‑1 (MQ=255) cGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATcg > 1:116779/1‑71 (MQ=255) gCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGaa > 1:110026/1‑59 (MQ=255) gCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATc < 1:2074312/69‑1 (MQ=255) ccGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg < 1:1606797/56‑1 (MQ=255) gTCTTATTGATCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCa > 1:3466079/1‑40 (MQ=255) gTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGat < 1:1350112/71‑1 (MQ=255) cTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGatat > 1:965590/1‑71 (MQ=255) cTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGatat > 1:2484247/1‑71 (MQ=255) ttATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg < 1:887602/51‑1 (MQ=255) ttATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATACGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATg > 1:366500/1‑71 (MQ=255) ttATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCg > 1:2070993/1‑44 (MQ=255) ttATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATcgc > 1:3841432/1‑65 (MQ=255) tATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGTGAACTGCGCTATcgc < 1:3959589/64‑1 (MQ=255) tATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGa > 1:945887/1‑66 (MQ=255) aTTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg < 1:3739445/49‑1 (MQ=255) aTTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg < 1:3789826/49‑1 (MQ=255) aTTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATggg > 1:3720649/1‑71 (MQ=255) aTTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATggg > 1:3283706/1‑71 (MQ=255) ttGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATgg > 1:3147563/1‑69 (MQ=255) tGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCa > 1:3916767/1‑71 (MQ=255) gAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTAt < 1:1434307/57‑1 (MQ=255) cAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGa < 1:2249090/59‑1 (MQ=255) cAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCgg > 1:3759098/1‑71 (MQ=255) aaGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg < 1:1752802/42‑1 (MQ=255) aaGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCggg < 1:2401118/71‑1 (MQ=255) gTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAg < 1:2498552/71‑1 (MQ=255) gTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAg < 1:367509/71‑1 (MQ=255) gTAATCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGaa < 1:1474566/41‑1 (MQ=255) gTAATCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCggg > 1:2744724/1‑68 (MQ=255) tAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg < 1:1231061/38‑1 (MQ=255) tAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTa > 1:215786/1‑48 (MQ=255) tCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg < 1:2742743/35‑1 (MQ=255) tCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCg < 1:1215795/35‑1 (MQ=255) tCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCg < 1:2441572/35‑1 (MQ=255) tCCAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCt < 1:547417/44‑1 (MQ=255) ccAGACGCCGTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAAtgt > 1:1108059/1‑71 (MQ=255) cAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCgg > 1:2165418/1‑61 (MQ=255) cAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAAtgtg > 1:4124888/1‑71 (MQ=255) cAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAAtgtg < 1:532727/71‑1 (MQ=255) cAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAAt > 1:3178929/1‑68 (MQ=255) gACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAAtgtg < 1:2538857/69‑1 (MQ=255) gACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCt > 1:1335643/1‑71 (MQ=255) gACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCt > 1:4132726/1‑71 (MQ=255) aCGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATg < 1:2600461/50‑1 (MQ=255) aCGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTg < 1:2498110/71‑1 (MQ=255) cGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATc > 1:877286/1‑41 (MQ=255) cGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTg < 1:3624644/70‑1 (MQ=255) cGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGt > 1:701516/1‑71 (MQ=255) gCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGa < 1:3961686/44‑1 (MQ=255) gCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAg < 1:976658/60‑1 (MQ=255) gTTTCCGTCCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGa > 1:786432/1‑70 (MQ=255) tttCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGatat < 1:1605374/43‑1 (MQ=255) tttCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGatat < 1:934995/43‑1 (MQ=255) tttCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGc < 1:1201361/47‑1 (MQ=255) tttCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGAtt < 1:156446/71‑1 (MQ=255) tttCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGAt > 1:3078676/1‑70 (MQ=255) ttCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTa > 1:1751494/1‑71 (MQ=255) tCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGata > 1:2901484/1‑40 (MQ=255) tCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGata > 1:1977493/1‑40 (MQ=255) tCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTAc > 1:759184/1‑71 (MQ=255) tCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTAc > 1:764117/1‑71 (MQ=255) tCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTAc > 1:3557094/1‑71 (MQ=255) gTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGa < 1:3491627/35‑1 (MQ=255) ttCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGatat > 1:2502545/1‑37 (MQ=255) ttCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGata > 1:3104308/1‑36 (MQ=255) ttCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTa < 1:3082754/66‑1 (MQ=255) ttCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTTCTGTc < 1:2884023/71‑1 (MQ=255) ttCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTACTGTc < 1:3875254/71‑1 (MQ=255) | TGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTACTGTC > minE/1416470‑1416608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |