| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,439,294 | G→A | 5.7% | D336D (GAC→GAT) | ompC ← | outer membrane porin protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,439,294 | 0 | G | A | 5.7% | 413.1 / 9.2 | 123 | D336D (GAC→GAT) | ompC | outer membrane porin protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/64); new base A (4/3); total (56/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CGATGTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATATTTCAGGATATCT > minE/1439227‑1439363 | cGATGTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGt < 1:828893/69‑1 (MQ=255)cGATGTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTCGATTTTGTAGTc > 1:3326464/1‑70 (MQ=255) tGTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCGGGTTGATTTTGTAGTCAACg > 1:3811482/1‑71 (MQ=255) gTTATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACg < 1:1144506/70‑1 (MQ=255) ttATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGt < 1:2093710/70‑1 (MQ=255) ttATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGt < 1:333143/70‑1 (MQ=255) ttATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGt < 1:420598/70‑1 (MQ=255) ttATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTa < 1:1183363/71‑1 (MQ=255) ttATCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTa < 1:3046581/71‑1 (MQ=255) aTCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCa < 1:419217/64‑1 (MQ=255) aTCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCa < 1:1430834/64‑1 (MQ=255) aTCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAgg > 1:139080/1‑71 (MQ=255) aTCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAgg > 1:1113608/1‑71 (MQ=255) aTCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAgg > 1:4014651/1‑71 (MQ=255) tCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTa < 1:1551433/68‑1 (MQ=255) tCAGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGt > 1:1299931/1‑71 (MQ=255) aGTGTTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTgg < 1:3892708/71‑1 (MQ=255) tgtTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGa > 1:2302896/1‑70 (MQ=255) tgtTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGa > 1:726094/1‑70 (MQ=255) gtTGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGt > 1:2148853/1‑66 (MQ=255) ttGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCaa < 1:2558489/58‑1 (MQ=255) ttGATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACAt > 1:2407113/1‑71 (MQ=255) gATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATg < 1:2713544/70‑1 (MQ=255) gATGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATg < 1:3537495/70‑1 (MQ=255) gATGCAAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGt > 1:1315403/1‑71 (MQ=255) aTGCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGt < 1:3706915/70‑1 (MQ=255) gCCAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAAc > 1:620524/1‑54 (MQ=255) ccAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGttttt < 1:1880786/71‑1 (MQ=255) ccAGCGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGtttt < 1:2742389/70‑1 (MQ=255) cGTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgttg < 1:2411768/71‑1 (MQ=255) gTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgttg > 1:4099008/1‑70 (MQ=255) gTCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgttg > 1:3870815/1‑70 (MQ=255) tCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTa < 1:2567151/50‑1 (MQ=255) tCACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgttg < 1:2295035/69‑1 (MQ=255) cACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGa < 1:2198893/55‑1 (MQ=255) cACGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAag > 1:757978/1‑71 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTa > 1:972203/1‑48 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttg > 1:2949743/1‑64 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa > 1:2331440/1‑69 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa > 1:2192452/1‑69 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa > 1:1853380/1‑69 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagt < 1:3106493/71‑1 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAag < 1:173355/70‑1 (MQ=255) aCGAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAag > 1:3129531/1‑70 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCa < 1:50461/41‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagtag < 1:1143437/71‑1 (MQ=255) aGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGa < 1:2846807/65‑1 (MQ=255) tGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAAc > 1:1274010/1‑40 (MQ=255) tGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGa < 1:1689819/49‑1 (MQ=255) aaCTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGtttt > 1:1045058/1‑55 (MQ=255) aaCTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAgtagg > 1:2236668/1‑70 (MQ=255) aaCTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAgtagg > 1:1348598/1‑70 (MQ=255) cTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGa < 1:982141/59‑1 (MQ=255) cTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGa < 1:2689910/59‑1 (MQ=255) gTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGa < 1:3693229/56‑1 (MQ=255) gTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGa < 1:1860781/56‑1 (MQ=255) gTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCAc > 1:643447/1‑71 (MQ=255) tGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCAcc > 1:2809950/1‑70 (MQ=255) gtcgtcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAgtagg > 1:2449834/1‑62 (MQ=255) tcgtcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgttg < 1:132814/51‑1 (MQ=255) tcgtcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAag < 1:1090898/54‑1 (MQ=255) catcCAACAGGTTGATTTTATAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTATTGAAATAGTAAGTCGCGCcaat < 1:1463257/68‑2 (MQ=17) catcCAACAGGTTGATTTTATAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTATTGAAATAGTAAGTCGCGCcaat < 1:2924583/68‑2 (MQ=17) gtcCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaacat > 1:973159/1‑71 (MQ=255) gtcCAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACcaatat > 1:1123461/1‑71 (MQ=18) gtcCAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACcaata < 1:2530049/70‑3 (MQ=18) gtcCAGCAGGTTGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACcaata < 1:2054752/70‑3 (MQ=18) ccAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGtttt > 1:793221/1‑42 (MQ=255) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAag > 1:1240559/1‑49 (MQ=255) cagcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAag > 1:1724234/1‑49 (MQ=255) gcagGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagtagt < 1:259653/51‑1 (MQ=255) agGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACata > 1:3505148/1‑71 (MQ=255) agGTTGATTTTATAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttatt > 1:2867153/1‑41 (MQ=18) agGTTGATTTTATAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTATTGa > 1:820667/1‑43 (MQ=18) gTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgttg < 1:3174141/40‑1 (MQ=255) gTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagtagt < 1:717467/47‑1 (MQ=255) gTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagtag < 1:2207987/46‑1 (MQ=255) gTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACcaac < 1:3488174/60‑1 (MQ=255) gTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATAtt < 1:3667023/71‑1 (MQ=255) gTTGATTTTATAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTATTGaaa < 1:1563660/43‑2 (MQ=18) gTTGATTTTATAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTATTGAAATAGTAAGTCGCGcc < 1:2490528/57‑1 (MQ=14) ttGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgttg < 1:3935708/39‑1 (MQ=255) ttGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagtagt < 1:2067705/46‑1 (MQ=255) ttGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagtagt < 1:1291669/46‑1 (MQ=255) tGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTttgt > 1:725818/1‑36 (MQ=255) tGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagta > 1:3934270/1‑43 (MQ=255) tGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAagta > 1:3075523/1‑43 (MQ=255) tGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAgtaggta > 1:1740684/1‑50 (MQ=255) tGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATAttt > 1:3466632/1‑70 (MQ=255) tGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATAttt > 1:3326456/1‑70 (MQ=255) tGATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTttgtt > 1:1525115/1‑37 (MQ=14) gATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa > 1:4142818/1‑39 (MQ=255) gATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAag < 1:2574066/40‑1 (MQ=255) gATTTTGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACCAATATCAACGTAttta < 1:2795632/70‑2 (MQ=17) aTTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATATTTCAg < 1:3713999/71‑1 (MQ=255) ttGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTAGCACCAACATCAACATATTTCAGGa > 1:3307598/1‑70 (MQ=255) ttGTAATCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTCGCACCAATATCAACGTAtttaac > 1:3859438/1‑65 (MQ=17) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |