| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,440,224 | G→A | 10.0% | N26N (AAC→AAT) | ompC ← | outer membrane porin protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,440,224 | 0 | G | A | 10.0% | 275.8 / 14.7 | 90 | N26N (AAC→AAT) | ompC | outer membrane porin protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/32); new base A (4/5); total (53/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ATCTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAGTACTTTA > minE/1440155‑1440293 | aTCTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTttgt > 1:3808206/1‑71 (MQ=255) cTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTttgttg > 1:1207802/1‑71 (MQ=255) cTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTttgttg > 1:526457/1‑71 (MQ=255) cTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTttgtt > 1:190007/1‑70 (MQ=255) tttGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTttgttg > 1:3164376/1‑70 (MQ=255) ttgttgTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTttgttg > 1:901331/1‑69 (MQ=255) ttgttgTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTAGCCGTCTTtgttgt > 1:3180531/1‑70 (MQ=255) tgttgtCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTa > 1:286402/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |