| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,440,227 | G→A | 10.2% | Y25Y (TAC→TAT) | ompC ← | outer membrane porin protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,440,227 | 0 | G | A | 10.2% | 267.4 / 15.7 | 90 | Y25Y (TAC→TAT) | ompC | outer membrane porin protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/31); new base A (4/5); total (53/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
CTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAGTACTTTAACT > minE/1440157‑1440296 | cTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTttgttg > 1:1207802/1‑71 (MQ=255)cTTTGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTttgttg > 1:526457/1‑71 (MQ=255) tttGTTGTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTttgttg > 1:3164376/1‑70 (MQ=255) ttgttgTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTttgttg > 1:901331/1‑69 (MQ=255) ttgttgTCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTAGCCGTCTTtgttgt > 1:3180531/1‑70 (MQ=255) tgttgtCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTa > 1:286402/1‑70 (MQ=255) tgttgtCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTa < 1:3437186/70‑1 (MQ=255) gttgtCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGaaa < 1:674239/70‑1 (MQ=255) ttgtCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTa < 1:1618476/68‑1 (MQ=255) ttgtCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAAc < 1:352849/71‑1 (MQ=255) ttgtCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAAc > 1:311215/1‑71 (MQ=255) tCAGAGAAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACtt < 1:792642/70‑1 (MQ=255) tCAGAAAAATAATGCAGGCCATCAACTTTGCCATACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTATTATAAACTTc < 1:531551/71‑1 (MQ=14) gagaAATAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTa < 1:4081901/62‑1 (MQ=255) aaaTAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCagcagc > 1:3032291/1‑71 (MQ=255) aTAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTaaa > 1:874048/1‑59 (MQ=255) aTAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTaaa > 1:2422961/1‑59 (MQ=255) aTAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTaa > 1:2449318/1‑58 (MQ=255) aTAGTGCAGGCCGTCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGt > 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tCTACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGc < 1:4104165/71‑1 (MQ=255) acTACTTTTCCGTACAAATCCAGTTTATTACCATCTTTATTATAGACTTCAGCCGCATTTGCTGCGCCAGc < 1:2431350/70‑1 (MQ=2) caaCTTTGCCATACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTATTATAAACTTCGGCTGCATGTGCAGCACCTGcg > 1:3655588/3‑70 (MQ=12) tACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTaa < 1:189016/43‑1 (MQ=255) tACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTaa < 1:1848567/43‑1 (MQ=255) tACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCt > 1:2471053/1‑70 (MQ=255) tACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCt > 1:794748/1‑70 (MQ=255) tACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTa > 1:3331113/1‑71 (MQ=255) tACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTa > 1:3587972/1‑71 (MQ=255) tACTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCCCCTGCTa > 1:939324/1‑71 (MQ=255) cTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTtgc > 1:980708/1‑58 (MQ=255) cTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTa < 1:3433959/69‑1 (MQ=255) cTTTACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTAc > 1:1208978/1‑70 (MQ=255) tttACCGTACAGATCTAATTTGTTGCTGTCTTTGTTCTAAACTTc < 1:289966/45‑1 (MQ=18) tttACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGttt > 1:1812468/1‑55 (MQ=255) ttACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTtgctgc > 1:1136594/1‑59 (MQ=255) ttACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACcag > 1:2607038/1‑71 (MQ=255) ttACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACcag > 1:3663847/1‑71 (MQ=255) tACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTTTa > 1:1555737/1‑37 (MQ=255) tACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTaaa > 1:920854/1‑39 (MQ=255) tACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTa > 1:2660141/1‑37 (MQ=255) tACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACtt > 1:2033293/1‑42 (MQ=255) tACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACtt > 1:2305047/1‑42 (MQ=255) tACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTAcc > 1:132367/1‑68 (MQ=255) tACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACcag > 1:858912/1‑70 (MQ=255) tACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACcag > 1:3788287/1‑70 (MQ=255) tACCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACcag > 1:636137/1‑70 (MQ=255) tACCGTACAGATCTAATTTGTCGCCGTCTTTGTTGTAAACtt > 1:2252344/1‑42 (MQ=255) aCCGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTaaa > 1:765147/1‑38 (MQ=255) ccGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACcagcag < 1:2371333/71‑1 (MQ=255) ccGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACcagcag < 1:432744/71‑1 (MQ=255) cGTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCaga < 1:1056624/71‑1 (MQ=255) cGTACAAATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCaga < 1:3328512/71‑1 (MQ=255) gTACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCagag < 1:2666157/71‑1 (MQ=255) atACAGATCTAATTTGTTGCCGGCTTTATTATAAACTTCGGCTGCATGtgca < 1:1315586/51‑2 (MQ=255) tACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTATTATAAACTTCggctgca < 1:2687171/45‑2 (MQ=25) tACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTATTATAAACTTCGGCTGCATGTGCAGCACCTGCGGCgagcaggg > 1:3501576/1‑68 (MQ=255) cAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCt < 1:1738901/70‑1 (MQ=255) aGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACcagca < 1:3897543/64‑1 (MQ=255) aGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTATTATAAACTTCGGCTGCATGTGCAGCACCTGCGGCGAgcagggcagg < 1:709534/71‑1 (MQ=255) aTCTAATTTGTTGCCGTCTTTATTATAAACTTCGGCTGCATGTGCAGCACCTGCGGCGAgcagggcaggaa > 1:3958810/1‑69 (MQ=255) cTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCagag > 1:1837368/1‑63 (MQ=255) cTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCagag > 1:4043625/1‑63 (MQ=255) cTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGAc > 1:1211838/1‑70 (MQ=255) cTAATTTGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGAc > 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1:1221244/1‑69 (MQ=255) tttGTTGCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCag > 1:3458204/1‑69 (MQ=255) tgttgCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTtgc > 1:1305596/1‑37 (MQ=255) tgttgCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCag > 1:2807663/1‑67 (MQ=255) ttgCCGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGa < 1:2438223/71‑1 (MQ=255) ccGTCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAg < 1:3334533/71‑1 (MQ=255) tCTTTGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCt < 1:1823416/36‑1 (MQ=255) tttGTTGTAAACTTGAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCagga > 1:1808216/1‑59 (MQ=255) tttGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCaga > 1:1210149/1‑46 (MQ=255) tttGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCATAGCTGGGACCagga > 1:590274/1‑59 (MQ=255) tttGTTGTAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAGTACtt > 1:260650/1‑71 (MQ=255) tgttgtAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGCGCCTGCTACCAGCAGAGCTGGGACCAGGAGGGACAGTa > 1:3604781/1‑66 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |