| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,513,018 | T→C | 14.0% | intergenic (+141/+291) | pta → / ← ubiX | phosphate acetyltransferase/3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate carboxy‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,513,018 | 0 | T | C | 14.0% | 278.2 / 32.6 | 107 | intergenic (+141/+291) | pta/ubiX | phosphate acetyltransferase/3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate carboxy‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/44); new base C (8/7); total (56/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTGTGTATTGTG > minE/1512950‑1513088 | ctctTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCa > 1:1693413/1‑71 (MQ=255) tctTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATTAATTGCGCCAtct > 1:3745962/1‑68 (MQ=255) ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACtt > 1:2012516/1‑71 (MQ=255) aaTTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACt < 1:3459802/68‑1 (MQ=255) aTTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTg > 1:2058193/1‑70 (MQ=255) tttGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCa < 1:1910230/71‑1 (MQ=255) tGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGACATCCCACTATGCAt > 1:1074387/1‑70 (MQ=255) gCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATAc > 1:2275334/1‑71 (MQ=255) ttAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCa < 1:3603424/65‑1 (MQ=255) ttAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACtta > 1:1563279/1‑70 (MQ=255) tAATACTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTcc > 1:2322141/1‑71 (MQ=255) aaTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTcc > 1:1683722/1‑70 (MQ=255) aaTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACttac > 1:692912/1‑68 (MQ=255) aTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATAc > 1:856915/1‑65 (MQ=255) aTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCa < 1:1003646/71‑1 (MQ=255) ccTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGc > 1:1529462/1‑59 (MQ=255) cTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACt < 1:2374299/70‑1 (MQ=255) cTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACt < 1:1007964/70‑1 (MQ=255) tCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGt > 1:3613421/1‑71 (MQ=255) cTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATa > 1:1464724/1‑57 (MQ=255) aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:2529076/69‑1 (MQ=255) aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:2214037/69‑1 (MQ=255) aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:2561237/69‑1 (MQ=255) aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:954721/69‑1 (MQ=255) aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTAc < 1:4117700/70‑1 (MQ=255) aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACa > 1:3325142/1‑71 (MQ=255) aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACa < 1:3581993/71‑1 (MQ=255) ttATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGtt > 1:3506647/1‑67 (MQ=255) ttATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACAt < 1:331355/71‑1 (MQ=255) ttATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACAt < 1:3918303/71‑1 (MQ=255) ttATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTacc > 1:3172955/1‑59 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACa > 1:3551006/1‑69 (MQ=255) aTCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATaa > 1:2699902/1‑71 (MQ=255) tCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACttt < 1:3925525/61‑1 (MQ=255) tCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATaa < 1:1030452/70‑1 (MQ=255) tCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTCCGCCATCTCACt < 1:3048696/43‑1 (MQ=255) ttGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACttt > 1:1966277/1‑43 (MQ=255) aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCaa > 1:1843741/1‑69 (MQ=255) cTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATaa < 1:2743557/60‑1 (MQ=255) tGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGa > 1:1124357/1‑70 (MQ=255) gcgcTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCa > 1:1229723/1‑36 (MQ=255) cgcTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaa < 1:569435/69‑1 (MQ=255) tGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTc < 1:352935/59‑1 (MQ=255) tGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGt < 1:3750784/63‑1 (MQ=255) tGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGt < 1:3132653/63‑1 (MQ=255) tGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGt < 1:3532895/63‑1 (MQ=255) cATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCt > 1:2967765/1‑71 (MQ=255) cATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCt < 1:1742616/71‑1 (MQ=255) tCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaa < 1:1293355/62‑1 (MQ=255) tCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtt < 1:2817046/44‑1 (MQ=255) tCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtt < 1:3910483/44‑1 (MQ=255) cAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGt < 1:2282294/42‑1 (MQ=255) cAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:1686529/1‑63 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACttt > 1:3498471/1‑39 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACttt > 1:2535738/1‑39 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa > 1:477754/1‑43 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa > 1:2693174/1‑43 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCaa > 1:1735630/1‑55 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt > 1:2956733/1‑71 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt > 1:1297027/1‑71 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACACTCAAGTGAAAATGGCttttt > 1:1942818/1‑71 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTg < 1:2903131/40‑1 (MQ=255) aTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:332007/1‑61 (MQ=255) aTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCtttttt < 1:3706763/71‑1 (MQ=255) aTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt < 1:2298235/70‑1 (MQ=255) aTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt < 1:3583815/70‑1 (MQ=255) aTGAATTGAGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGt > 1:3834970/1‑40 (MQ=255) tGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:3175450/1‑60 (MQ=255) tGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTa > 1:2338347/1‑71 (MQ=255) tGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTa > 1:2264351/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTa > 1:3441152/1‑69 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtg < 1:327604/71‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtg < 1:2870234/71‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtg < 1:2832307/71‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtg < 1:1200195/71‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAt < 1:2992684/70‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtttt > 1:674146/1‑38 (MQ=255) aTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgt > 1:676298/1‑71 (MQ=255) aTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgt > 1:1380205/1‑71 (MQ=255) aTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgt > 1:928955/1‑71 (MQ=255) aTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCACACTTTGTTACATAACACTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgt > 1:653644/1‑71 (MQ=255) ttGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGt < 1:3975701/35‑1 (MQ=255) cccATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTgtgt < 1:4101755/70‑1 (MQ=255) ccATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaa < 1:1739770/49‑1 (MQ=255) aTCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATg > 1:2050372/1‑51 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCaa > 1:3209647/1‑41 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCaa < 1:522648/41‑1 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaa < 1:3407319/46‑1 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCtttttt < 1:1025994/58‑1 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTtgtg < 1:3076163/66‑1 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTGTGTAttg > 1:4008836/1‑71 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTGTGTAttg > 1:3554691/1‑71 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCCAGTGaa < 1:532387/44‑1 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAg > 1:1593302/1‑40 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:3138998/1‑46 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaa < 1:2708073/44‑1 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgtt > 1:257654/1‑61 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTtgtg > 1:2336009/1‑64 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTGTGTa > 1:160149/1‑66 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTGTGTAttgtg > 1:1278013/1‑71 (MQ=255) | CTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTGTGTATTGTG > minE/1512950‑1513088 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |