| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,557,415 | A→G | 25.5% | *128Q (TAG→CAG) | emrY ← | predicted multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,557,415 | 0 | A | G | 25.5% | 84.2 / 32.2 | 51 | *128Q (TAG→CAG) | emrY | predicted multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/16); new base G (8/5); total (30/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
ACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTG > minE/1557345‑1557485 | aCGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTa > 1:556037/1‑71 (MQ=255) ggTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATg < 1:241780/71‑1 (MQ=255) tCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGAc < 1:3181354/71‑1 (MQ=255) aTTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAg > 1:4016008/1‑71 (MQ=255) aTTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGAc < 1:318410/69‑1 (MQ=255) aCCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTgg < 1:2706555/70‑1 (MQ=255) aTAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGa > 1:2311970/1‑61 (MQ=255) aTAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAAtt < 1:1532109/71‑1 (MQ=255) aTAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAAtt < 1:2928401/71‑1 (MQ=255) tAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTa < 1:1690163/71‑1 (MQ=255) aTGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTaa < 1:1501251/70‑1 (MQ=255) aTGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTaa < 1:2180087/70‑1 (MQ=255) aTGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTaa < 1:2886753/70‑1 (MQ=255) tGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACg < 1:1030696/71‑1 (MQ=255) agagCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGccc > 1:3954368/1‑71 (MQ=255) gCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGc > 1:2402913/1‑71 (MQ=255) cAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAAtt < 1:3623722/59‑1 (MQ=255) aaTGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATg > 1:600935/1‑46 (MQ=255) aaTGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTaa > 1:2286974/1‑59 (MQ=255) aaTGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACg > 1:4016292/1‑61 (MQ=255) aaTGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCAt > 1:3698717/1‑71 (MQ=255) aTGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTaa > 1:366650/1‑58 (MQ=255) tGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTAt < 1:2004271/43‑1 (MQ=255) ttCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAAc > 1:1611653/1‑71 (MQ=255) tCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACATTGGa > 1:1600813/1‑49 (MQ=255) tCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAAtt < 1:4021655/52‑1 (MQ=255) ttttttCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAAcccc > 1:1747362/1‑71 (MQ=255) tttttCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTaa < 1:1950407/51‑1 (MQ=255) ttttCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAg > 1:2982843/1‑41 (MQ=255) ttttCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCt > 1:623633/1‑70 (MQ=255) ttttCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCt > 1:1908504/1‑70 (MQ=255) tttCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCt > 1:1108291/1‑69 (MQ=255) cGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGActc > 1:2175702/1‑71 (MQ=255) tAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTaa > 1:1866499/1‑70 (MQ=255) tAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGcccc > 1:155182/1‑45 (MQ=255) aaTTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTaaa > 1:302238/1‑70 (MQ=255) aTTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTaaaa < 1:3900222/70‑1 (MQ=255) ttCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGc < 1:3674928/44‑1 (MQ=255) ttCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTaaagaa > 1:3977819/1‑71 (MQ=255) ccTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAat < 1:311602/70‑1 (MQ=255) cTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAata < 1:2945266/70‑1 (MQ=255) ataaACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGcaca > 1:583039/1‑71 (MQ=255) ataaACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATc > 1:833182/1‑65 (MQ=255) aaCTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATc > 1:2145547/1‑70 (MQ=255) aaCTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATc > 1:3581191/1‑70 (MQ=255) aaCTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATc > 1:1873580/1‑70 (MQ=255) aCTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATc > 1:3810162/1‑69 (MQ=255) aCTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCaa < 1:3495064/71‑1 (MQ=255) ctctATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATc > 1:3518328/1‑68 (MQ=255) tctATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTaaaa < 1:3232609/53‑1 (MQ=255) tATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTACCCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGAtt > 1:2597682/1‑71 (MQ=255) tATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGAtt > 1:3259004/1‑71 (MQ=255) aTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTg > 1:1926482/1‑71 (MQ=255) | ACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTATGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTG > minE/1557345‑1557485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |