| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,564,887 | C→T | 14.6% | intergenic (‑99/+193) | yfdE ← / ← glk | predicted CoA‑transferase, NAD(P)‑binding/glucokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,564,887 | 0 | C | T | 14.6% | 218.5 / 25.3 | 82 | intergenic (‑99/+193) | yfdE/glk | predicted CoA‑transferase, NAD(P)‑binding/glucokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/29); new base T (7/5); total (48/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GAAAAGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTACTGGAGAAT > minE/1564818‑1564956 | gAAAAGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTc > 1:52936/1‑70 (MQ=255) aaaGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgac < 1:3607250/71‑1 (MQ=255) aaaGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgac < 1:881441/71‑1 (MQ=255) aaaGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgac < 1:876667/71‑1 (MQ=255) aGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgat > 1:4030010/1‑68 (MQ=255) aGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTcgacga < 1:1676878/71‑1 (MQ=255) acacTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAg > 1:1305704/1‑70 (MQ=255) acacTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGt > 1:2688140/1‑71 (MQ=255) ttCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTc < 1:295485/60‑1 (MQ=255) tCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAAt > 1:1600991/1‑71 (MQ=255) cGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGaaa < 1:3962201/69‑1 (MQ=255) cGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAAt < 1:3152009/70‑1 (MQ=255) ggCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGaa < 1:2170298/67‑1 (MQ=255) tttATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATg < 1:1711987/69‑1 (MQ=255) ttATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAAc > 1:219506/1‑71 (MQ=255) tATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGaa > 1:2124807/1‑69 (MQ=255) tATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACg > 1:1731768/1‑71 (MQ=255) tATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACg > 1:1821555/1‑71 (MQ=255) tATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACg > 1:819340/1‑71 (MQ=255) aTGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGt > 1:567156/1‑71 (MQ=255) gTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTc < 1:375914/48‑1 (MQ=255) gTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATg < 1:2208084/64‑1 (MQ=255) tAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGc < 1:2650085/70‑1 (MQ=255) aaaTCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAg < 1:785322/70‑1 (MQ=255) aaaTCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAg > 1:3267411/1‑70 (MQ=255) cAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACa > 1:3189772/1‑70 (MQ=255) aaTAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCa > 1:71714/1‑64 (MQ=255) aaTAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCa > 1:3775726/1‑64 (MQ=255) aaCATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTa > 1:1889815/1‑51 (MQ=255) aaCATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTa > 1:2847395/1‑51 (MQ=255) aCATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTc < 1:3258567/36‑1 (MQ=255) aCATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTc < 1:2308260/36‑1 (MQ=255) aCATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTc < 1:1194839/36‑1 (MQ=255) aCATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTc < 1:2952072/36‑1 (MQ=255) aCATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTc < 1:418042/36‑1 (MQ=255) cATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTc < 1:3404882/35‑1 (MQ=255) cATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGcc < 1:3083108/71‑1 (MQ=255) aTGATTAACTTTAATTCCTCGTTCAGTGCTAGTCGACGAGTGa < 1:4074619/43‑1 (MQ=38) aTGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCa > 1:2059019/1‑58 (MQ=255) tGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAAt < 1:1408136/45‑1 (MQ=255) tGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCa < 1:3553765/57‑1 (MQ=255) gATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAAt < 1:169616/44‑1 (MQ=255) gATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAAt < 1:550557/44‑1 (MQ=255) gATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGaa > 1:1581852/1‑50 (MQ=255) aTTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGa > 1:2140398/1‑57 (MQ=255) aTTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACa < 1:80212/60‑1 (MQ=255) aTTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTa > 1:210882/1‑71 (MQ=255) ttAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTa > 1:2194120/1‑70 (MQ=255) ttAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTAc < 1:3718953/71‑1 (MQ=255) ttAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTAc < 1:3294472/71‑1 (MQ=255) tAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTAc > 1:1799792/1‑70 (MQ=255) atcGTTAATTCCTCGTTGAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTAc > 1:3480495/3‑69 (MQ=255) atcGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTAc > 1:1384860/3‑69 (MQ=255) aaCGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGa > 1:614262/1‑45 (MQ=255) aaCGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTa > 1:2785382/1‑68 (MQ=255) cGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGa < 1:3232260/43‑1 (MQ=255) cGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGt > 1:1741778/1‑64 (MQ=255) gTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTACCAGa > 1:2128414/1‑70 (MQ=255) gTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAAt < 1:1755481/37‑1 (MQ=255) ttAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCg < 1:3275820/58‑1 (MQ=255) tAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAAt > 1:923120/1‑55 (MQ=255) tAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCg > 1:2621014/1‑57 (MQ=255) tAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGAc > 1:3735762/1‑69 (MQ=255) tAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACa > 1:2388169/1‑70 (MQ=255) aTTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGa > 1:739047/1‑47 (MQ=255) aTTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACaaa > 1:1020651/1‑70 (MQ=255) aTTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACaaa > 1:244856/1‑70 (MQ=255) ccTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGaa > 1:2234260/1‑36 (MQ=255) ccTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACa < 1:2502957/65‑1 (MQ=255) ccTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAaataat > 1:3528328/1‑71 (MQ=255) ccTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAaataat > 1:3975205/1‑71 (MQ=255) ccTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAaataat > 1:1563598/1‑71 (MQ=255) ccTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAaata > 1:854223/1‑69 (MQ=255) gTTCAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAAt > 1:1632440/1‑46 (MQ=255) gTTCAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAAt > 1:4140118/1‑46 (MQ=255) gTTCAGTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCa < 1:1234348/70‑1 (MQ=255) gTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACaaa < 1:2041071/63‑1 (MQ=255) gTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGc < 1:3220759/69‑1 (MQ=255) ttCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCAtt < 1:1079005/71‑1 (MQ=255) ttCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCAtt < 1:2815245/71‑1 (MQ=255) ttCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCAtt < 1:274194/71‑1 (MQ=255) cAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACaaa > 1:1643828/1‑42 (MQ=255) cAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCa > 1:2717678/1‑67 (MQ=255) aGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTAc < 1:1832566/71‑1 (MQ=255) aGTAATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTAc < 1:959635/71‑1 (MQ=255) gTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTACCAGACAaataat < 1:2799445/62‑1 (MQ=255) gTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTACCAGACAaataat < 1:266261/62‑1 (MQ=255) gTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTACt > 1:1340844/1‑71 (MQ=255) gTGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTACt > 1:468703/1‑71 (MQ=255) tGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACaa < 1:821852/38‑1 (MQ=38) tGATAGTTGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAAAACa < 1:190116/37‑1 (MQ=38) tGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACaaa < 1:2818191/57‑1 (MQ=255) gATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAAt > 1:440689/1‑39 (MQ=255) tAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTACTGgag < 1:148603/71‑1 (MQ=255) gTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACaaa > 1:865397/1‑52 (MQ=255) tCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTACTGGAGAAt > 1:64638/1‑71 (MQ=255) cgacgaGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTACTGGAGAAt > 1:846183/1‑70 (MQ=255) | GAAAAGACACTTCGGCATTTATGTAAAATCAATAACATGATTAACGTTAATTCCTCGTTCAGTGATAGTCGACGAGTGAAATTATGAACGTGCAGAACAAATCGCCGTTACCAGACAAATAATGCATTTACTGGAGAAT > minE/1564818‑1564956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |