| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,740,334 | C→T | 6.7% | V52I (GTC→ATC) | rseC ← | RseC protein involved in reduction of the SoxR iron‑sulfur cluster |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,740,334 | 0 | C | T | 6.7% | 240.6 / 4.7 | 74 | V52I (GTC→ATC) | rseC | RseC protein involved in reduction of the SoxR iron‑sulfur cluster |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/29); new base T (3/2); total (43/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
AGCAGGCTGCCTTCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATGGTATGCGTGGTTTGCGGGCCAAGTTTATTTAACACGCGGCTACCGCAACCGGCGCGTGAAGCGC > minE/1740264‑1740402 | aGCAGGCTGCCTTCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGAc < 1:3831668/71‑1 (MQ=255)aGCAGGCTGCCTTCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGAc < 1:2947659/71‑1 (MQ=255) gCAGGCTGCCTTCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGAc > 1:3103833/1‑70 (MQ=255) cAGGCTGCCTTCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACaa > 1:981171/1‑71 (MQ=255) gCTGCCTTCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGAc < 1:2399382/66‑1 (MQ=255) tGCCTTCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATgg < 1:498157/69‑1 (MQ=255) gCCTTCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATg > 1:1528173/1‑67 (MQ=255) tCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATGGTATGCGt > 1:3830859/1‑71 (MQ=255) tCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATGGTATGCGt > 1:3795279/1‑71 (MQ=255) tCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATGGTATGCGt > 1:2944983/1‑71 (MQ=255) tCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATGGTATGCGt > 1:213964/1‑71 (MQ=255) tCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATGGTATGCGt > 1:209039/1‑71 (MQ=255) gATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACaa > 1:266225/1‑56 (MQ=255) tCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGAc < 1:1274541/52‑1 (MQ=255) ccccAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACaa > 1:1578999/1‑53 (MQ=255) cccAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATgg < 1:1138201/55‑1 (MQ=255) cAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATGGTa > 1:1477225/1‑55 (MQ=255) cAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATGGTa > 1:1585905/1‑55 (MQ=255) cAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCAACACAGGGTACGACAATGGTa > 1:3127404/1‑55 (MQ=255) 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caGGGTACGACAATGGTATGCGTGGTTTGCGGGCCAAGTTTATTTAACACGCGGCTACCGCAACCGGcgcg < 1:696718/71‑1 (MQ=255) tACGACAATGGTATGCGTGGTTTGCGGGCCAAGTTTATTTAACACGCGGCTACCGCAACCGGCGCGTGAAg < 1:1958434/71‑1 (MQ=255) gACAATGGTATGCGTGGTTTGCGGGCCAAGtttattt < 1:49831/37‑1 (MQ=255) gACAATGGTATGCGTGGTTTGCGGGCCAAGtttattt < 1:3785849/37‑1 (MQ=255) gACAATGGTATGCGTGGTTTGCGGGCCAAGTTTATTTAACACGCGGCTACCGCAACCGGCGCGTGAAgcgc < 1:300467/71‑1 (MQ=255) cAATGGTATGCGTGGTTTGCGGGCCAAGTTTATTTAaca > 1:3410694/1‑39 (MQ=255) | AGCAGGCTGCCTTCGGCGATCCCCAATTCCACTTTTTGCCCCGGCACTAACGGCTCATCACAGGGTACGACAATGGTATGCGTGGTTTGCGGGCCAAGTTTATTTAACACGCGGCTACCGCAACCGGCGCGTGAAGCGC > minE/1740264‑1740402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |