| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,833,578 | T→C | 27.5% | L107L (CTT→CTC) | ygbL → | predicted class II aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,833,578 | 0 | T | C | 27.5% | 143.0 / 68.1 | 91 | L107L (CTT→CTC) | ygbL | predicted class II aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/29); new base C (14/11); total (51/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
TGGCGCTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATG > minE/1833508‑1833647 | tGGCGCTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCtt > 1:1254659/1‑71 (MQ=255)tGGCGCTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCtt > 1:1844115/1‑71 (MQ=255) gcgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCttt < 1:1093286/70‑1 (MQ=255) gcgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTc > 1:382249/1‑71 (MQ=255) tATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTc > 1:2265353/1‑65 (MQ=255) aTCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTcctgcctg > 1:847138/1‑71 (MQ=255) aTCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTcctgcct > 1:2314087/1‑70 (MQ=255) aTCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTcctgcc > 1:1862933/1‑69 (MQ=255) tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCtt < 1:2926064/61‑1 (MQ=255) tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCtt < 1:3196009/61‑1 (MQ=255) tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTcctgcctg > 1:3738941/1‑70 (MQ=255) tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTcctgcctg > 1:2510546/1‑70 (MQ=255) tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTcctgcctg > 1:3811161/1‑70 (MQ=255) tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTcctgcctg > 1:1482314/1‑70 (MQ=255) tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCctgcctgc < 1:3689249/71‑1 (MQ=255) tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcctgcctg < 1:3466833/70‑1 (MQ=255) tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcctgcctg > 1:882178/1‑70 (MQ=255) tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCctgcctgc < 1:1627295/71‑1 (MQ=255) ccGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCctgcctgc < 1:2107324/70‑1 (MQ=255) cGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCctgcctgc > 1:4106460/1‑70 (MQ=255) cGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCctgcctgc > 1:2858567/1‑70 (MQ=255) gCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCctgcctgc > 1:2651392/1‑69 (MQ=255) gCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCctgcctgc > 1:1064149/1‑69 (MQ=255) gCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCctgcctgc > 1:1068901/1‑69 (MQ=255) gCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCctgcctgc > 1:1569028/1‑69 (MQ=255) gCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCctgactgc > 1:1858067/1‑69 (MQ=255) gCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCa < 1:827684/70‑1 (MQ=255) gCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCa < 1:164544/70‑1 (MQ=255) gCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCa < 1:2252597/70‑1 (MQ=255) gCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCctgcctgc > 1:2812248/1‑69 (MQ=255) caacaaTCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAg < 1:515872/71‑1 (MQ=255) aacaaTCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCGTTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTcctg < 1:3099364/62‑1 (MQ=255) aacaaTCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAgg > 1:4099178/1‑71 (MQ=255) acaaTCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAggg > 1:542809/1‑71 (MQ=255) caaTCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGc < 1:2405649/71‑1 (MQ=255) aaTCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCt > 1:3334784/1‑71 (MQ=255) tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:697701/1‑70 (MQ=255) ccGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGa > 1:1610906/1‑71 (MQ=255) ccGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCaa > 1:1369216/1‑63 (MQ=255) cgcgCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGa > 1:1637721/1‑70 (MQ=255) cgcgCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGa > 1:203636/1‑70 (MQ=255) gcgcTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAca < 1:3789149/71‑1 (MQ=255) cgcTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcag < 1:3436958/71‑1 (MQ=255) cgcTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcag < 1:1484881/71‑1 (MQ=255) gcTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcag > 1:3182507/1‑70 (MQ=255) cTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcagca < 1:318368/71‑1 (MQ=255) tAAAGCGGTGGTGCATATGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACagcagc < 1:443236/70‑1 (MQ=255) aaGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCt > 1:3364582/1‑58 (MQ=255) aaGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAAc < 1:3487136/71‑1 (MQ=255) aaGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAAc > 1:977812/1‑71 (MQ=255) aaGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAAc < 1:270370/71‑1 (MQ=255) aaGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAAc < 1:2569625/71‑1 (MQ=255) cGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGt < 1:921530/70‑1 (MQ=255) ggtggtGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcagca > 1:905543/1‑62 (MQ=255) ggtggtGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTa < 1:1062786/71‑1 (MQ=255) ggtggtGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTa > 1:890353/1‑71 (MQ=255) gtggtgCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTAt > 1:1800190/1‑71 (MQ=255) gtgCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCg < 1:2103458/71‑1 (MQ=255) tttGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCctgcctgc < 1:770861/38‑1 (MQ=255) tttGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCa < 1:720834/39‑1 (MQ=255) tttGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTc < 1:692456/65‑1 (MQ=255) tttGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTc < 1:1601879/65‑1 (MQ=255) ttGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:3172163/1‑71 (MQ=255) tGCACAGCACATGGTCGCCGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:3061128/1‑70 (MQ=255) tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:1018078/1‑70 (MQ=255) tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:1460131/1‑70 (MQ=255) tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:1176226/1‑70 (MQ=255) tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:1574463/1‑70 (MQ=255) tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:322269/1‑70 (MQ=255) tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:1268969/1‑70 (MQ=255) cacagcacaTGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTca < 1:1335614/70‑1 (MQ=255) acagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTcaca < 1:46634/71‑1 (MQ=255) cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac > 1:356154/1‑71 (MQ=255) cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac > 1:2580211/1‑71 (MQ=255) agcacaTGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac > 1:2939550/1‑70 (MQ=255) agcacaTGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac > 1:2047882/1‑70 (MQ=255) agcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac > 1:1284620/1‑70 (MQ=255) gcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCa < 1:3792937/71‑1 (MQ=255) aTGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGa > 1:3920751/1‑36 (MQ=255) aTGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACg < 1:385052/71‑1 (MQ=255) aTGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACg < 1:124219/71‑1 (MQ=255) aTGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACg < 1:3281422/71‑1 (MQ=255) tGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACg < 1:629159/70‑1 (MQ=255) tGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGATcac < 1:1631715/62‑1 (MQ=255) ggTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:328404/1‑58 (MQ=255) gTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCATCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgtg < 1:1773445/70‑1 (MQ=255) gTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgtgg > 1:167321/1‑71 (MQ=255) gTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgtgg > 1:1907189/1‑71 (MQ=255) tCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTTGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgtggt < 1:3733885/71‑1 (MQ=255) tCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgtggt < 1:3782544/71‑1 (MQ=255) gACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGa < 1:1399329/71‑1 (MQ=255) gACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGa > 1:472735/1‑71 (MQ=255) aCGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:2632401/58‑1 (MQ=255) aCGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGAt < 1:4112035/71‑1 (MQ=255) gcTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGa < 1:2686474/71‑1 (MQ=255) cTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGAt > 1:2730982/1‑71 (MQ=255) tttCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATg > 1:344739/1‑71 (MQ=255) tttCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATg > 1:3259881/1‑71 (MQ=255) tttCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGAGGATg > 1:3298453/1‑71 (MQ=255) | TGGCGCTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATG > minE/1833508‑1833647 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |