| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,932,853 | C→T | 20.9% | intergenic (‑224/+72) | yqeF ← / ← lysS | predicted acyltransferase/lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,932,853 | 0 | C | T | 20.9% | 187.4 / 42.4 | 86 | intergenic (‑224/+72) | yqeF/lysS | predicted acyltransferase/lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/35); new base T (12/6); total (45/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
ACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGTAATG > minE/1932783‑1932923 | accaATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTc > 1:812170/1‑71 (MQ=255)accaATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTc < 1:2448144/71‑1 (MQ=255) gagGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTa < 1:1643801/70‑1 (MQ=255) agGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAAt < 1:2856822/71‑1 (MQ=255) ggTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTg < 1:3532330/71‑1 (MQ=255) gTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTg > 1:2455419/1‑70 (MQ=255) gTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGt < 1:1608542/71‑1 (MQ=255) gTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTg < 1:313773/70‑1 (MQ=255) tAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAga > 1:1583919/1‑69 (MQ=255) tAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTAGTTgat > 1:1868609/1‑70 (MQ=255) gggCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAg < 1:2543656/66‑1 (MQ=255) cGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACg > 1:2459237/1‑71 (MQ=255) gTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGt > 1:1219921/1‑71 (MQ=255) ttAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGt < 1:3786335/70‑1 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTa > 1:1242272/1‑58 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGtt > 1:3723527/1‑69 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGt > 1:3785992/1‑68 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAga > 1:2962341/1‑60 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc > 1:3181886/1‑70 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc > 1:1922305/1‑70 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc > 1:1938473/1‑70 (MQ=255) aTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGtt > 1:2855447/1‑68 (MQ=255) aTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTa < 1:3547361/71‑1 (MQ=255) tcCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGttt < 1:3849997/46‑1 (MQ=255) tcCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGttt < 1:2929073/46‑1 (MQ=255) tcCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTa > 1:1726554/1‑54 (MQ=255) tcCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTa > 1:1967370/1‑68 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaa > 1:1502357/1‑70 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaa > 1:4142141/1‑70 (MQ=255) aTACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTa > 1:3853155/1‑50 (MQ=255) aTACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGtt > 1:1119201/1‑61 (MQ=255) tACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaaaa > 1:2591251/1‑69 (MQ=255) aCTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAAt > 1:2952445/1‑43 (MQ=255) cTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTaa < 1:3960081/41‑1 (MQ=255) cTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgat > 1:927346/1‑50 (MQ=255) cTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTa > 1:1949180/1‑47 (MQ=255) cTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAgatga > 1:65429/1‑52 (MQ=255) cTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATa > 1:3458563/1‑54 (MQ=255) cTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATa > 1:2687407/1‑54 (MQ=255) cTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAAcccc > 1:1975595/1‑71 (MQ=255) ttAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGt < 1:1886776/56‑1 (MQ=255) tAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGt > 1:2955725/1‑35 (MQ=255) tAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGa > 1:3468748/1‑71 (MQ=255) aaCCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAAt > 1:3854136/1‑39 (MQ=255) aCCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGa < 1:999872/69‑1 (MQ=255) ccTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc < 1:2756562/54‑1 (MQ=255) ccTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc < 1:2933008/54‑1 (MQ=255) cTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAgat < 1:521550/44‑1 (MQ=255) cTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACAtt < 1:2652139/71‑1 (MQ=255) tGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAgatga < 1:1499754/45‑1 (MQ=255) tGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAgat < 1:3033196/43‑1 (MQ=255) gTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATa > 1:877451/1‑45 (MQ=255) gTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGc > 1:3522606/1‑71 (MQ=255) tttATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAgat < 1:3568861/40‑1 (MQ=255) ttATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgatga > 1:1228157/1‑41 (MQ=255) tATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTa > 1:456676/1‑35 (MQ=255) tATGGTAAAATGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAgat < 1:1774174/38‑1 (MQ=255) gTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGt < 1:2850811/70‑1 (MQ=255) tAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTa > 1:3013657/1‑44 (MQ=255) aaaTTGCCCTCCAATCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTa > 1:1384359/1‑43 (MQ=255) aTTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAAc < 1:188211/48‑1 (MQ=255) ccTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATa < 1:3272443/71‑1 (MQ=255) cTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaaaa > 1:364080/1‑41 (MQ=255) cTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACAt > 1:2159959/1‑50 (MQ=255) cTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAg < 1:2843310/66‑1 (MQ=255) cTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGc > 1:1496202/1‑67 (MQ=255) cTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATa < 1:2145994/70‑1 (MQ=255) tCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaa < 1:248583/38‑1 (MQ=255) ccATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTg > 1:3609514/1‑51 (MQ=255) ccATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCa > 1:3248876/1‑66 (MQ=255) ccATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCa > 1:2870567/1‑66 (MQ=255) ccATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACg > 1:1477265/1‑71 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaaaa > 1:3097573/1‑38 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACg < 1:940060/70‑1 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACg > 1:3331982/1‑70 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGt < 1:3700661/71‑1 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGt < 1:2304615/71‑1 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGt < 1:2144871/71‑1 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGt < 1:678605/71‑1 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGt < 1:3114561/71‑1 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCT‑AAAAAACCCCGACATTTg < 1:899316/49‑1 (MQ=255) aTTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCT‑AAAAAACCCCGACATTTg < 1:2289815/48‑1 (MQ=255) ttCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaaa < 1:1000555/35‑1 (MQ=255) ttCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaaa < 1:1324807/35‑1 (MQ=255) ttCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGAc < 1:4135418/43‑1 (MQ=255) ttCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGt < 1:3611023/69‑1 (MQ=255) ttCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGt < 1:2293235/69‑1 (MQ=255) ttCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGt < 1:3719499/69‑1 (MQ=255) cTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGa > 1:1260391/1‑40 (MQ=255) cTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACa > 1:2168580/1‑42 (MQ=255) cTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACa > 1:2620867/1‑42 (MQ=255) cTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACa > 1:1150473/1‑42 (MQ=255) cTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGTaa > 1:1908374/1‑69 (MQ=255) cTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGTAATg > 1:4119306/1‑71 (MQ=255) cTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGTAATg > 1:1120356/1‑71 (MQ=255) cTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGTAATg > 1:3507918/1‑71 (MQ=255) | ACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACGTAATG > minE/1932783‑1932923 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |