| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,933,015 | T→A | 11.7% | G476G (GGA→GGT) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,933,015 | 0 | T | A | 11.7% | 256.1 / 23.1 | 94 | G476G (GGA→GGT) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/41); new base A (8/3); total (50/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
AACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGCTT > minE/1932950‑1933085 | aaCAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAg < 1:3459035/71‑1 (MQ=255)aaCAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAg < 1:2020358/71‑1 (MQ=255)aaCAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAg < 1:3680208/71‑1 (MQ=255) aCAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAg < 1:1893624/70‑1 (MQ=255) aCAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGa > 1:608671/1‑71 (MQ=255) gAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACct < 1:1566162/71‑1 (MQ=255) gAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACct > 1:937295/1‑71 (MQ=255) aaTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctg > 1:507953/1‑71 (MQ=255) aTAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgc > 1:1527777/1‑71 (MQ=255) tAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:3476550/71‑1 (MQ=255) tAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct > 1:2636017/1‑71 (MQ=255) tAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACcagcg > 1:470530/1‑70 (MQ=255) tAACGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGT‑AACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACcagcgg > 1:288213/1‑69 (MQ=255) aCGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGt > 1:331636/1‑71 (MQ=255) aCGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGt > 1:1507865/1‑71 (MQ=255) cGTCGCGAATAGTATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGtt < 1:3689423/71‑2 (MQ=255) tCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTc < 1:1699684/55‑1 (MQ=255) tCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTc < 1:3252605/55‑1 (MQ=255) cgcgGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggc > 1:221498/1‑71 (MQ=255) gcgGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATGCCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcg > 1:3436208/1‑71 (MQ=255) gcgGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcg > 1:3368033/1‑71 (MQ=255) gcgGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcg > 1:2142807/1‑71 (MQ=255) ggATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcgg < 1:4001123/70‑1 (MQ=255) tGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc < 1:247318/49‑1 (MQ=255) ggTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGc > 1:867524/1‑71 (MQ=255) gTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAAtt < 1:2018691/45‑1 (MQ=255) gTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGcc < 1:241087/71‑1 (MQ=255) gTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGcc < 1:3749108/71‑1 (MQ=255) gTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGc < 1:1585912/70‑1 (MQ=255) tATGGCTGTTAGTAAACAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGAcca > 1:3987040/1‑52 (MQ=255) aTGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCa > 1:3369541/1‑70 (MQ=255) tGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc < 1:673063/44‑1 (MQ=255) tGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGa < 1:3817959/48‑1 (MQ=255) tGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCAt < 1:3818248/70‑1 (MQ=255) tGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCAt < 1:88763/70‑1 (MQ=255) gCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcgg > 1:697740/1‑57 (MQ=255) gCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGtt > 1:3394044/1‑71 (MQ=255) tGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCa > 1:2192936/1‑65 (MQ=255) tGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTc > 1:2915820/1‑70 (MQ=255) ttGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc < 1:1051527/38‑1 (MQ=255) ttGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc < 1:1954420/38‑1 (MQ=255) ttGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTcc < 1:1544350/38‑1 (MQ=255) tGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAg < 1:2057406/40‑1 (MQ=255) tGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgc > 1:461373/1‑46 (MQ=255) cgAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCg < 1:4064093/70‑1 (MQ=255) gAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCg > 1:2354297/1‑70 (MQ=255) aaCAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGc < 1:1171582/55‑1 (MQ=255) aaCAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCa > 1:2306394/1‑57 (MQ=255) aaCAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGt > 1:2655096/1‑71 (MQ=255) aaCAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCATACCATATTCCAgcgcag > 1:2150261/1‑68 (MQ=255) aaCAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGt > 1:3427411/1‑71 (MQ=255) aaCAGCATAATCATTCGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGt > 1:127449/1‑71 (MQ=255) cAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGa > 1:3129245/1‑71 (MQ=255) cAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGa > 1:3147988/1‑71 (MQ=255) aGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGt < 1:4041630/41‑1 (MQ=255) aGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGAc > 1:1200501/1‑71 (MQ=255) cATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACg > 1:770972/1‑70 (MQ=255) aTTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct > 1:4090010/1‑36 (MQ=255) aTTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct > 1:367070/1‑36 (MQ=255) ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACctgct < 1:2949420/35‑1 (MQ=255) ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcg < 1:3235062/39‑1 (MQ=255) ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGt > 1:684961/1‑69 (MQ=255) ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTaa > 1:4100059/1‑71 (MQ=255) ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTaa < 1:2139306/71‑1 (MQ=255) ttACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTaa < 1:1201579/71‑1 (MQ=255) aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATc > 1:153411/1‑71 (MQ=255) aCCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATc > 1:1759097/1‑71 (MQ=255) ccATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATg > 1:2943435/1‑49 (MQ=255) ccATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATg > 1:1646375/1‑49 (MQ=255) ccATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCt > 1:174225/1‑71 (MQ=255) cATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcg > 1:856634/1‑38 (MQ=255) cATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTcggcg > 1:1366851/1‑38 (MQ=255) cATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCtt < 1:96404/71‑1 (MQ=255) attcGGTCGATACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACGTAATCTTc > 1:3705486/4‑71 (MQ=255) aTACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATc < 1:727059/68‑1 (MQ=255) aTACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTc < 1:1332598/71‑1 (MQ=255) tACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAg < 1:4060666/41‑1 (MQ=255) tACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATg < 1:2368491/46‑1 (MQ=255) aCGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGc < 1:811034/54‑1 (MQ=255) cGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCAt < 1:3354042/70‑1 (MQ=255) cGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATc > 1:2674786/1‑71 (MQ=255) cGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCAGTAAGCCATGTTCCACTGCGGTGACGTAATCTTCATc > 1:997318/1‑71 (MQ=255) gATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAg < 1:3042518/70‑1 (MQ=255) aTAGCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGaa < 1:2580252/71‑1 (MQ=255) aTACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACGTAATCTTCGTCATAGaa < 1:2808897/71‑1 (MQ=255) aTACCAATACCCAGACCAGCGGTTGGCGGCAGACCATATTCCAGCGCAGTCACGTAATCTTCGTCATAGaa < 1:2234781/71‑1 (MQ=255) aCCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGt > 1:1462464/1‑48 (MQ=255) aCCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACa > 1:1505129/1‑71 (MQ=255) ccAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACa > 1:546528/1‑70 (MQ=255) ccAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACa < 1:3797704/70‑1 (MQ=255) ccAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACAt < 1:377206/71‑1 (MQ=255) ccAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACAt < 1:3956211/71‑1 (MQ=255) ccAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACAt < 1:4037924/71‑1 (MQ=255) aTTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACa > 1:2290176/1‑67 (MQ=255) aTTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACa > 1:2628690/1‑67 (MQ=255) ttCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCg < 1:1210598/59‑1 (MQ=255) ttCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATc < 1:436537/68‑1 (MQ=255) ttCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGCt > 1:358568/1‑71 (MQ=255) tCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCtt > 1:2958831/1‑53 (MQ=255) tCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGCtt > 1:1759730/1‑71 (MQ=255) | AACAGAATAACGTCGCGGATGGTATGGCTGTTGGTGAACAGCATTACCATACGGTCGATACCAATTCCCAGACCTGCTGTCGGCGGTAAGCCATGTTCCAGTGCGGTGACGTAATCTTCATCGTAGAACATCGCTT > minE/1932950‑1933085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |