| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 279,817 | A→G | 36.6% | V88A (GTG→GCG) | cyoA ← | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 279,817 | 0 | A | G | 36.6% | 78.8 / 98.8 | 93 | V88A (GTG→GCG) | cyoA | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/30); new base G (18/16); total (47/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
GGTTTTCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCG > minE/279750‑279885 | ggTTTTCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACtt > 1:3272579/1‑71 (MQ=255)ggTTTTCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACtt > 1:4060883/1‑71 (MQ=255) gTTTTCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACttt < 1:4091831/71‑1 (MQ=255) gTTTTCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACtt > 1:618256/1‑70 (MQ=255) gTTTTCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACtt > 1:906657/1‑70 (MQ=255) ttttCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTa > 1:133950/1‑71 (MQ=255) ttttCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTa < 1:1784164/71‑1 (MQ=255) ttttCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACttt < 1:1443169/70‑1 (MQ=255) tttCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTAt > 1:3598348/1‑71 (MQ=255) ttCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTAtt > 1:2267629/1‑71 (MQ=255) ttCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACAACAGCTTCCGCTTTAt < 1:792011/70‑1 (MQ=255) ccAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTg < 1:818605/70‑1 (MQ=255) ccAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTg < 1:1796267/70‑1 (MQ=255) cAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTgg < 1:1802638/70‑1 (MQ=255) aGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAg > 1:1000426/1‑71 (MQ=255) ggTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAgt < 1:2859581/71‑1 (MQ=255) gTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTa > 1:2792130/1‑63 (MQ=255) gTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTa > 1:568971/1‑63 (MQ=255) cAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTAtt > 1:3829403/1‑63 (MQ=255) aGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGa > 1:2774869/1‑71 (MQ=255) cTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCt > 1:2725411/1‑53 (MQ=255) cTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAg > 1:2223919/1‑71 (MQ=255) cTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCAc > 1:242417/1‑52 (MQ=255) cTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAg > 1:2188798/1‑71 (MQ=255) cTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAg < 1:1397484/71‑1 (MQ=255) cTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAg < 1:3352660/71‑1 (MQ=255) cAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTc > 1:3352062/1‑71 (MQ=255) cAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTc > 1:3966724/1‑71 (MQ=255) cAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTc > 1:2931421/1‑71 (MQ=255) cAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTc > 1:1804225/1‑71 (MQ=255) cAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTAACGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTAt > 1:1611597/1‑54 (MQ=255) aaGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCg > 1:1399804/1‑71 (MQ=255) aGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCgg < 1:1239742/71‑1 (MQ=255) aGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTgg < 1:1780715/55‑1 (MQ=255) aGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCgg < 1:3023060/71‑1 (MQ=255) aGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCgg > 1:3487145/1‑71 (MQ=255) ggAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCgg > 1:2327363/1‑70 (MQ=255) gAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCAGGTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGc > 1:3184309/1‑71 (MQ=255) 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atgatTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGAc > 1:1847455/1‑54 (MQ=255) atgatTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGAc > 1:1295005/1‑54 (MQ=255) atgatTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGAc > 1:2246880/1‑54 (MQ=255) atgatTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACtt < 1:92817/71‑1 (MQ=255) tgatTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTTACCAGTTCGGGCTGTACt < 1:1666953/69‑1 (MQ=255) tgatTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGc > 1:2795200/1‑63 (MQ=255) atTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTg < 1:649978/42‑1 (MQ=255) ttAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAgtgt < 1:2111120/47‑1 (MQ=255) tAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTAt > 1:3118984/1‑38 (MQ=255) tAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGa > 1:4051079/1‑42 (MQ=255) tAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGc > 1:2122523/1‑59 (MQ=255) aaGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCAt < 1:2346020/70‑1 (MQ=255) aaGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAgtg > 1:3494906/1‑44 (MQ=255) aGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATc < 1:1776440/70‑1 (MQ=255) gATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCtt < 1:2980358/71‑1 (MQ=255) gATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCtt < 1:2134081/71‑1 (MQ=255) aTAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCttt < 1:3483264/71‑1 (MQ=255) aTAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCtt > 1:935757/1‑70 (MQ=255) aTAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCttt < 1:2760398/71‑1 (MQ=255) tAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCgg < 1:2096972/52‑1 (MQ=255) tAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTa < 1:1181451/71‑1 (MQ=255) aGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTAt > 1:4105996/1‑71 (MQ=255) ggTACCGTCCTGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACAAGTTCGGGCTGTTCTTAGCATCTTTAt < 1:2597985/70‑1 (MQ=255) ggTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAg < 1:3266452/45‑1 (MQ=255) ggTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTAt < 1:1580462/70‑1 (MQ=255) ggTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTAt < 1:2108495/70‑1 (MQ=255) gTACCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAg > 1:2901730/1‑60 (MQ=255) aCCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCtt < 1:1810757/64‑1 (MQ=255) aCCGTCCAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGc > 1:2851129/1‑70 (MQ=255) cAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCAt > 1:2151746/1‑55 (MQ=255) cAGACCACAGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACg > 1:3042175/1‑71 (MQ=255) aGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTa < 1:1906532/46‑1 (MQ=255) gACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTa < 1:2229116/49‑1 (MQ=255) gACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTa < 1:1690379/49‑1 (MQ=255) gACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATc > 1:3476529/1‑54 (MQ=255) ccACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTc > 1:1091121/1‑62 (MQ=255) cacaGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCttt < 1:3940913/54‑1 (MQ=255) cacaGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCttt < 1:2661850/54‑1 (MQ=255) acaGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCg < 1:1290506/61‑1 (MQ=255) acaGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCttt < 1:107717/53‑1 (MQ=255) caGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTc < 1:3523108/71‑1 (MQ=255) caGCTTCCGCTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTc < 1:3200742/71‑1 (MQ=255) caGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCttt < 1:1169640/52‑1 (MQ=255) cACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCAAGGCg > 1:3611980/1‑70 (MQ=255) | GGTTTTCCAGGTCAGTACTGCAAGGAAGATGATGATTAAGATAGGTACCGTCCAGACCACAGCTTCCACTTTATTGGAGTGTGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCG > minE/279750‑279885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |