| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,933,711 | G→C | 13.1% | L244L (CTC→CTG) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,933,711 | 0 | G | C | 13.1% | 194.1 / 19.8 | 76 | L244L (CTC→CTG) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/34); new base C (8/2); total (40/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
AAATACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAA > minE/1933641‑1933775 | aaaTACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTg < 1:3909333/71‑1 (MQ=255)aaaTACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTg < 1:2878222/71‑1 (MQ=255) aaTACCTTCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGa < 1:10027/71‑1 (MQ=255) tCGTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAg > 1:1538647/1‑71 (MQ=255) gTTACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGtt > 1:1418443/1‑71 (MQ=255) ttACGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTc < 1:312358/71‑1 (MQ=255) aCGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAga > 1:2041964/1‑60 (MQ=255) aCGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCg > 1:53451/1‑71 (MQ=255) aCGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCg > 1:255040/1‑71 (MQ=255) aCGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCg > 1:3490400/1‑71 (MQ=255) cGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCgg > 1:203821/1‑71 (MQ=255) cGGAAGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCg < 1:2881085/70‑1 (MQ=255) aaGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcgc > 1:2449018/1‑71 (MQ=255) aGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcgc > 1:2900841/1‑70 (MQ=255) aGTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGgcgc > 1:1448985/1‑70 (MQ=255) gTTACGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGa < 1:3098223/71‑1 (MQ=255) aCGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATAc > 1:3611396/1‑71 (MQ=255) cGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGa < 1:451250/67‑1 (MQ=255) cGGTTGATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACg < 1:803030/71‑1 (MQ=255) 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1:1742955/1‑71 (MQ=255) cGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAACAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACAt < 1:2267886/70‑1 (MQ=255) gAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACAtat > 1:4106411/1‑69 (MQ=255) gAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACAta > 1:3495070/1‑69 (MQ=255) gAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACAta > 1:3100084/1‑69 (MQ=255) tACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTAc < 1:1927913/40‑1 (MQ=255) tACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTAc < 1:1808327/40‑1 (MQ=255) tACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCga < 1:3602721/71‑1 (MQ=255) cacGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACa > 1:2419638/1‑63 (MQ=255) cacGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTc > 1:744424/1‑67 (MQ=255) cGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGa < 1:3037342/49‑1 (MQ=255) cGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATc > 1:1476339/1‑71 (MQ=255) tCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAg > 1:1432559/1‑71 (MQ=255) gAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTc < 1:3342719/60‑1 (MQ=255) aGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGcgcg > 1:4067940/1‑71 (MQ=255) gCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCTCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt < 1:47521/71‑1 (MQ=255) gCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt > 1:2937929/1‑71 (MQ=255) gCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt < 1:3471807/71‑1 (MQ=255) ccaccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:1699890/50‑1 (MQ=255) ccaccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:3563919/50‑1 (MQ=255) ccaccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGtt < 1:2867274/71‑1 (MQ=255) caccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:2427662/49‑1 (MQ=255) caccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:2265559/49‑1 (MQ=255) 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1:3355044/3‑71 (MQ=255) caaccaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTAtgatgg > 1:2820590/3‑71 (MQ=255) caccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtggg > 1:1790564/1‑71 (MQ=255) accaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:188923/41‑1 (MQ=255) accaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCa > 1:723509/1‑55 (MQ=255) ccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggtg < 1:3342585/67‑1 (MQ=255) ccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggtg < 1:3637099/71‑1 (MQ=255) ccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggt > 1:2704845/1‑70 (MQ=255) aGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggtg > 1:1325526/1‑69 (MQ=255) gACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCa > 1:118621/1‑51 (MQ=255) gACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATa < 1:146971/71‑1 (MQ=255) aCGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGtaataa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |