| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,933,738 | G→A | 10.9% | Y235Y (TAC→TAT) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,933,738 | 0 | G | A | 10.9% | 245.5 / 15.2 | 82 | Y235Y (TAC→TAT) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/39); new base A (6/3); total (40/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCAC > minE/1933670‑1933806 | aTTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa > 1:3631984/1‑71 (MQ=255) ttCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACa > 1:3673052/1‑71 (MQ=255) tCGAATACACGCTCGACGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACAt > 1:1742955/1‑71 (MQ=255) cGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCAACAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACAt < 1:2267886/70‑1 (MQ=255) gAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACAtat > 1:4106411/1‑69 (MQ=255) gAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACAta > 1:3100084/1‑69 (MQ=255) gAATACCCGTTCAAAACCGCCTACAACCAGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACAta > 1:3495070/1‑69 (MQ=255) tACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCga < 1:3602721/71‑1 (MQ=255) cacGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACa > 1:2419638/1‑63 (MQ=255) cacGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTc > 1:744424/1‑67 (MQ=255) cGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATc > 1:1476339/1‑71 (MQ=255) tCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAg > 1:1432559/1‑71 (MQ=255) gAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTc < 1:3342719/60‑1 (MQ=255) aGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGcgcg > 1:4067940/1‑71 (MQ=255) gCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCTCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt < 1:47521/71‑1 (MQ=255) gCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt > 1:2937929/1‑71 (MQ=255) gCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt < 1:3471807/71‑1 (MQ=255) ccaccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:3563919/50‑1 (MQ=255) ccaccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:1699890/50‑1 (MQ=255) ccaccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGtt < 1:2867274/71‑1 (MQ=255) caccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:2427662/49‑1 (MQ=255) caccaACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:2265559/49‑1 (MQ=255) accaaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAt < 1:940860/71‑1 (MQ=255) accaaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAt < 1:3777217/71‑1 (MQ=255) ccaaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAgg < 1:2162682/45‑1 (MQ=255) ccaaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAgcgc < 1:1302375/65‑1 (MQ=255) ccaaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtg < 1:1778782/71‑1 (MQ=255) aaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa > 1:3974055/1‑45 (MQ=255) aaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggt > 1:2263193/1‑71 (MQ=255) aaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggt < 1:4006010/71‑1 (MQ=255) accaccAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggtg > 1:860261/1‑71 (MQ=255) accaccAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggt > 1:4068966/1‑70 (MQ=255) caaccaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTAtgatgg > 1:3355044/3‑71 (MQ=255) caaccaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTAtgatgg > 1:2820590/3‑71 (MQ=255) caccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtggg > 1:1790564/1‑71 (MQ=255) accaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTa < 1:188923/41‑1 (MQ=255) accaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCa > 1:723509/1‑55 (MQ=255) ccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggtg < 1:3342585/67‑1 (MQ=255) ccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggtg < 1:3637099/71‑1 (MQ=255) ccaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggt > 1:2704845/1‑70 (MQ=255) aGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggtg > 1:1325526/1‑69 (MQ=255) gACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCa > 1:118621/1‑51 (MQ=255) gACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATa < 1:146971/71‑1 (MQ=255) aCGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGtaataa < 1:708954/71‑1 (MQ=255) aCGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATaa < 1:1254616/71‑1 (MQ=255) cGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCa > 1:727859/1‑49 (MQ=255) gCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggt > 1:3728706/1‑60 (MQ=255) ttGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggtg > 1:2975726/1‑59 (MQ=255) gAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTa > 1:2845528/1‑52 (MQ=255) gAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtg > 1:4072739/1‑54 (MQ=255) cAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGt > 1:2624653/1‑44 (MQ=255) cAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCa < 1:1590013/70‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAg > 1:2046856/1‑71 (MQ=255) aGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATaaa < 1:3268151/59‑1 (MQ=255) aGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGc < 1:2405991/71‑1 (MQ=255) gTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATaaa < 1:3847449/58‑1 (MQ=255) ttCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCgg > 1:662680/1‑71 (MQ=255) tCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTAtg > 1:4006402/1‑44 (MQ=16) ccGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAt > 1:799523/1‑42 (MQ=255) ccGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAt > 1:1645162/1‑42 (MQ=255) ccGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAAc > 1:3298229/1‑56 (MQ=255) ccGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCa > 1:237568/1‑71 (MQ=255) cGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCAc < 1:3474181/71‑1 (MQ=255) cGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCAc < 1:870545/71‑1 (MQ=255) cGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTAt < 1:3633974/41‑1 (MQ=16) ggCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCgg < 1:3369360/67‑1 (MQ=255) ggCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCAcc < 1:3105635/71‑1 (MQ=255) ggCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAgagca < 1:98655/36‑2 (MQ=12) gcgcGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTa < 1:2051441/38‑1 (MQ=255) cgcgATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGc < 1:2667051/71‑1 (MQ=255) gcgATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGcc < 1:3123512/71‑1 (MQ=255) gATACTCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACg < 1:131490/50‑1 (MQ=255) gATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACg < 1:3825922/50‑1 (MQ=255) tACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGa > 1:2506259/1‑50 (MQ=255) tACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGc < 1:2999373/66‑1 (MQ=255) tACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAg < 1:838136/69‑1 (MQ=255) aCGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAg > 1:1155076/1‑56 (MQ=255) aCGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCa > 1:142193/1‑67 (MQ=255) cGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAg > 1:3541252/1‑55 (MQ=255) cGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGa < 1:1136795/70‑1 (MQ=255) gCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATc < 1:1747792/71‑1 (MQ=255) gCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATc < 1:884411/71‑1 (MQ=255) aGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCAc < 1:2002269/71‑1 (MQ=255) gTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATa < 1:3805697/37‑1 (MQ=255) gTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAggg < 1:1973442/64‑1 (MQ=255) | ATTTCGAATACACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCAC > minE/1933670‑1933806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |