| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,934,002 | G→A | 8.4% | T147T (ACC→ACT) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,934,002 | 0 | G | A | 8.4% | 218.9 / 8.5 | 71 | T147T (ACC→ACT) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/30); new base A (3/3); total (38/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
AACGCTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTC > minE/1933932‑1934071 | aaCGCTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTg > 1:796552/1‑71 (MQ=255) aCGCTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTgg > 1:314281/1‑71 (MQ=255) aCGCTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTg > 1:3009342/1‑70 (MQ=255) aCGCTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTg < 1:3746688/70‑1 (MQ=255) aCGCTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTg < 1:2707588/70‑1 (MQ=255) aCGCTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTg > 1:4118009/1‑70 (MQ=255) gttGACGATAACGGACTTCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTc < 1:3419323/69‑1 (MQ=255) gCTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTc < 1:894359/71‑1 (MQ=255) gtGACGATAACGGACTTCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTc < 1:650374/69‑1 (MQ=255) cTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTc < 1:169050/70‑1 (MQ=255) gACGATAACGGACTTCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTcag < 1:2757850/70‑1 (MQ=255) aCGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTcag < 1:1797788/69‑1 (MQ=255) aCGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTcag < 1:1107875/69‑1 (MQ=255) aCGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTcag < 1:89432/69‑1 (MQ=255) aCGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTcag < 1:1855939/69‑1 (MQ=255) gATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGa < 1:2087235/71‑1 (MQ=255) tAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACg > 1:3971513/1‑71 (MQ=255) gcgcgcTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGc < 1:2648389/70‑1 (MQ=255) gcgcgcTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGc < 1:3533304/70‑1 (MQ=255) ccTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTca > 1:3455490/1‑67 (MQ=255) ccTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGta > 1:2914750/1‑70 (MQ=255) ccTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGta > 1:1296557/1‑70 (MQ=255) ccTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTg > 1:1651608/1‑71 (MQ=255) tGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTg > 1:1354753/1‑69 (MQ=255) ccTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGCCGCAACTCGGTGCAGTg > 1:427977/1‑70 (MQ=255) ccTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTg > 1:2293852/1‑70 (MQ=255) ccTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTCCAGTg > 1:2777200/1‑70 (MQ=255) gCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGt > 1:914479/1‑61 (MQ=255) gCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTg < 1:101635/67‑1 (MQ=255) gCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa > 1:1457159/1‑69 (MQ=255) cAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGa > 1:1398104/1‑49 (MQ=255) cAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa > 1:1697902/1‑68 (MQ=255) gCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCaa > 1:2685907/1‑51 (MQ=255) gCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCaa > 1:1743731/1‑51 (MQ=255) gCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACa < 1:530084/71‑1 (MQ=255) tGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTgg < 1:3344496/60‑1 (MQ=255) tGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTc > 1:2591501/1‑71 (MQ=255) tGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTc < 1:3086584/71‑1 (MQ=255) ggAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAAc > 1:162055/1‑47 (MQ=255) gAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa < 1:1069585/63‑1 (MQ=255) gAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa > 1:2257452/1‑63 (MQ=255) gAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCg > 1:460989/1‑70 (MQ=255) aTTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGc < 1:4027176/41‑1 (MQ=255) aTTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa > 1:1534944/1‑57 (MQ=255) aTTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa > 1:2629058/1‑57 (MQ=255) tttATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTcagca < 1:2718200/35‑1 (MQ=255) tttATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGc < 1:2526827/50‑1 (MQ=255) ttATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCaa > 1:579549/1‑41 (MQ=255) tATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGa > 1:1983854/1‑35 (MQ=255) tATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGa > 1:3563845/1‑35 (MQ=255) tATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggtt > 1:3514143/1‑71 (MQ=255) tATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggtt > 1:1964796/1‑71 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGAGCAGTGGATAGACAg > 1:3058997/1‑55 (MQ=255) aGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggttt < 1:3387530/70‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg < 1:1079027/71‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg < 1:1151958/71‑1 (MQ=255) ggACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGt > 1:222158/1‑35 (MQ=255) aCGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACa < 1:1868732/71‑1 (MQ=255) gCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGc > 1:1361091/1‑71 (MQ=255) gaGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttg < 1:1041613/57‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTg < 1:1479287/36‑1 (MQ=255) aGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTTGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCt > 1:2432059/1‑70 (MQ=255) aGTGCTGTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCt > 1:537097/1‑70 (MQ=255) gTGCTTTGGTCGGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa > 1:658544/1‑36 (MQ=255) tGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa < 1:913654/35‑1 (MQ=255) tGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa < 1:3488459/35‑1 (MQ=255) tGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa < 1:3483756/35‑1 (MQ=255) tGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGa < 1:2095723/35‑1 (MQ=255) tGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTAc < 1:166231/71‑1 (MQ=255) tGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTAc < 1:220697/71‑1 (MQ=255) tGCTTTGGTCAGCAGACG‑AACTCGGTGCAGTGGATAGAc < 1:3151419/39‑1 (MQ=38) gCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGaa > 1:368477/1‑62 (MQ=255) cTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCt > 1:1412843/1‑71 (MQ=255) cTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCt > 1:1492948/1‑71 (MQ=255) cTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCt > 1:244013/1‑71 (MQ=255) cTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACACCTTACCt > 1:3901697/1‑71 (MQ=255) tGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTc > 1:803876/1‑71 (MQ=255) | AACGCTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTC > minE/1933932‑1934071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |