| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,040,951 | T→A | 20.4% | *120K (TAA→AAA) | yqiH → | predicted periplasmic pilin chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,040,951 | 0 | T | A | 20.4% | 174.5 / 38.6 | 78 | *120K (TAA→AAA) | yqiH | predicted periplasmic pilin chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/36); new base A (11/5); total (37/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.05e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAAAAATTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTGGCGGCC > minE/2040882‑2041015 | gAAAAAATTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTa < 1:3324071/71‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCaaaa > 1:1388890/1‑71 (MQ=255) aaaaaTTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTaaa < 1:54073/71‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTa < 1:3269558/69‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGACCTa < 1:3406544/69‑1 (MQ=255) gCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATa < 1:912643/70‑1 (MQ=255) aaCTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATaaaaaa < 1:2115380/71‑1 (MQ=255) aaCTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATaaaaa > 1:1579638/1‑70 (MQ=255) aCTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATaaaaaaa < 1:3394528/71‑1 (MQ=255) tCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTaaa > 1:1244895/1‑56 (MQ=255) cTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAAtgt < 1:2319009/70‑1 (MQ=255) tAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGa > 1:1339877/1‑71 (MQ=255) aaGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCaaaa > 1:3415474/1‑51 (MQ=255) aaGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATaa > 1:3853842/1‑58 (MQ=255) aaGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATg < 1:2018164/71‑1 (MQ=255) aaGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGAt < 1:61387/70‑1 (MQ=255) aGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGc < 1:1254894/71‑1 (MQ=255) aGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGc < 1:2337742/71‑1 (MQ=255) aGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGc < 1:2264877/71‑1 (MQ=255) gagaAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTc < 1:2465925/71‑1 (MQ=255) agaAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCa > 1:3544347/1‑71 (MQ=255) gaAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGa > 1:217341/1‑61 (MQ=255) gaAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCAc < 1:1352312/71‑1 (MQ=255) gaAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCAc < 1:119157/71‑1 (MQ=255) gaAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCAc < 1:2612630/71‑1 (MQ=255) aaaCGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAAt < 1:4126295/56‑1 (MQ=255) aaaCGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCAc < 1:3028560/70‑1 (MQ=255) aaaCGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACt < 1:2688349/71‑1 (MQ=255) aCGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATaaaaaaaa < 1:3161841/53‑1 (MQ=255) aCGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTAt < 1:359158/71‑1 (MQ=255) cGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATg > 1:579041/1‑71 (MQ=255) gCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATg > 1:3935384/1‑70 (MQ=255) ctctTCTATTTTAGCGTGCGAGAAATACCGCCCaaaa > 1:4037320/1‑37 (MQ=38) ctctTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCaaaa > 1:3047072/1‑37 (MQ=255) ctctTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATg > 1:1604086/1‑69 (MQ=255) tcttctATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCAc < 1:3279383/64‑1 (MQ=255) tcttctATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCAc < 1:3418878/64‑1 (MQ=255) cttctATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgcag > 1:3921852/1‑70 (MQ=255) ttctATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgcagca > 1:3596085/1‑71 (MQ=255) ttctATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgcag < 1:1856895/69‑1 (MQ=255) tctATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAAtgt < 1:2784611/49‑1 (MQ=255) tctATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCAc > 1:3990970/1‑71 (MQ=255) ctATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACg > 1:2360734/1‑71 (MQ=255) tATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCaa > 1:2116121/1‑54 (MQ=255) tATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCaa > 1:3847676/1‑54 (MQ=255) aTTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCa > 1:2823219/1‑71 (MQ=255) aTTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCa > 1:2704196/1‑71 (MQ=255) aTTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCa > 1:870075/1‑71 (MQ=255) ttttAACGTTCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgc > 1:674423/1‑62 (MQ=255) ttttAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgc > 1:883164/1‑62 (MQ=255) tttAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAAtgtg < 1:594026/45‑1 (MQ=255) tttAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCAc < 1:4072556/56‑1 (MQ=255) tttAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCAtt > 1:3260698/1‑71 (MQ=255) ttAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgc > 1:2074562/1‑60 (MQ=255) ttAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgc > 1:1799941/1‑60 (MQ=255) ttAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCa > 1:2138253/1‑68 (MQ=255) tAACGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGa > 1:1037193/1‑44 (MQ=255) aaCGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgcagca > 1:3122233/1‑62 (MQ=255) aaCGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgcagca > 1:2014071/1‑62 (MQ=255) aaCGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGa < 1:1699539/70‑1 (MQ=255) cGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAAc < 1:1370413/71‑1 (MQ=255) cGTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAAc < 1:3700927/71‑1 (MQ=255) gTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATg > 1:3877449/1‑54 (MQ=255) gTGCGAGAAATACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAAc > 1:2897705/1‑70 (MQ=255) tGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAAtgt < 1:3243809/37‑1 (MQ=255) tGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAAtgt < 1:2021430/37‑1 (MQ=255) tGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTc < 1:1060634/47‑1 (MQ=255) tGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTAt < 1:3378644/52‑1 (MQ=255) gaAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATg > 1:3746403/1‑36 (MQ=255) gaAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAg > 1:3979035/1‑40 (MQ=255) gaAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACg < 1:3966684/55‑1 (MQ=255) aaaTACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAg < 1:2096549/39‑1 (MQ=255) aaaTACCGCCCAAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTgg > 1:2757123/1‑71 (MQ=255) aaTACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTAt < 1:1769995/65‑1 (MQ=255) aaTACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTggc < 1:2739663/71‑1 (MQ=255) aaTACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTggc < 1:3578868/71‑1 (MQ=255) aTACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTggcg > 1:801072/1‑71 (MQ=255) ccGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgca > 1:1141601/1‑44 (MQ=255) cGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTGGCGGcc > 1:929403/1‑70 (MQ=255) ccTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTa > 1:3276224/1‑36 (MQ=255) ccTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATgcagca > 1:3074210/1‑43 (MQ=255) cTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTggcg < 1:3143623/63‑1 (MQ=255) tAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATg < 1:3743373/36‑1 (MQ=255) tAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATg < 1:3151670/36‑1 (MQ=255) | GAAAAAATTGCTCAACTTCCTAAAGACAGAGAAACGCTCTTCTATTTTAACGTGCGAGAAATACCGCCCTAAACAGATAAAAAAAATGTGATGCAAGTCACTATGCAGCACGCATTGAAACTATTCTGGCGGCC > minE/2040882‑2041015 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |