| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,073,779 | G→A | 25.0% | G145D (GGT→GAT) | ebgA → | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,073,779 | 0 | G | A | 25.0% | 171.1 / 57.9 | 92 | G145D (GGT→GAT) | ebgA | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/30); new base A (6/17); total (45/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
GCAGGGTAAACAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAGCGCGATGGTTAAAAC > minE/2073714‑2073848 | gCAGGGTAAACAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAg > 1:799841/1‑70 (MQ=255) aGGGTAAACAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAt < 1:1936887/71‑1 (MQ=255) aGGGTAAACAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAt > 1:3781009/1‑71 (MQ=255) gggTAAACAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAg < 1:3335579/67‑1 (MQ=255) gggTAAACAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAtg < 1:3688911/71‑1 (MQ=255) tAAACAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAg < 1:1106007/64‑1 (MQ=255) tAAACAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTa > 1:635693/1‑66 (MQ=255) tAAACAGACGATGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAt > 1:3410647/1‑67 (MQ=255) aaaCAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAt < 1:3648625/66‑1 (MQ=255) aaCAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAg > 1:3298774/1‑62 (MQ=255) aaCAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGt > 1:977665/1‑71 (MQ=255) aCAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAtgtg < 1:1665595/67‑1 (MQ=255) cAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGttt < 1:1129458/71‑1 (MQ=255) aGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAtg > 1:1308602/1‑63 (MQ=255) aGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTc < 1:2606736/71‑1 (MQ=255) gACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGttt > 1:3759102/1‑69 (MQ=255) cGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGc < 1:133740/71‑1 (MQ=255) gCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGt < 1:2756289/56‑1 (MQ=255) gCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGt < 1:3000732/56‑1 (MQ=255) gATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAgg > 1:2516520/1‑71 (MQ=255) aTTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAggg < 1:1667343/71‑1 (MQ=255) aTTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAggg < 1:809310/71‑1 (MQ=255) aTTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAg < 1:438697/69‑1 (MQ=255) aTTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAg < 1:2773589/69‑1 (MQ=255) ttAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGt < 1:879813/47‑1 (MQ=255) ttAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGt < 1:750541/47‑1 (MQ=255) ttAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCa < 1:1291856/63‑1 (MQ=255) tAAATTTGACGGCGTCGAAACCTTTTTTGAAGTCTATGTTAACgg > 1:577127/1‑45 (MQ=255) tAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAggg > 1:2907318/1‑69 (MQ=255) aaaTTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCa > 1:655127/1‑47 (MQ=255) aaaTTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAtg > 1:1730126/1‑52 (MQ=255) aaaTTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAggg > 1:1456931/1‑68 (MQ=255) aaaTTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCa < 1:3520690/70‑1 (MQ=255) aaTTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAtg > 1:3846355/1‑51 (MQ=255) aTTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTc < 1:875977/71‑1 (MQ=255) aTTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTc > 1:354804/1‑71 (MQ=255) tGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAt > 1:1242266/1‑46 (MQ=255) gACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCt > 1:3670950/1‑71 (MQ=255) aCGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTg < 1:1080763/71‑1 (MQ=255) gCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTa < 1:798730/40‑1 (MQ=255) gCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTa < 1:2061620/40‑1 (MQ=255) cGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCg < 1:3966116/71‑1 (MQ=255) gTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAg < 1:1810537/50‑1 (MQ=255) tCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAg < 1:4055952/35‑1 (MQ=255) gAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTa > 1:2389224/1‑35 (MQ=255) gAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCa > 1:4100397/1‑69 (MQ=255) gAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTa > 1:3895101/1‑35 (MQ=255) gAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGc < 1:3474660/48‑1 (MQ=255) gAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGc < 1:1575263/48‑1 (MQ=255) aaaCCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTGAGTATGGGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCag < 1:2469870/69‑1 (MQ=255) aaCCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGt > 1:1324220/1‑71 (MQ=255) aCCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTAtgtg > 1:2441102/1‑36 (MQ=255) aCCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAg < 1:2010394/48‑1 (MQ=255) aCCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCa > 1:832875/1‑52 (MQ=255) aCCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCa > 1:1320417/1‑52 (MQ=255) aCCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGtt > 1:2050634/1‑71 (MQ=255) ccTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGttt < 1:669482/71‑1 (MQ=255) ccTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGttt < 1:365954/71‑1 (MQ=255) cTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAggg > 1:201451/1‑48 (MQ=255) cTATTTTGAAGTCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTc < 1:2535414/40‑1 (MQ=255) ttttGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAg > 1:2558705/1‑48 (MQ=255) ttttGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAg > 1:1219596/1‑48 (MQ=255) ttttGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTc < 1:195555/50‑1 (MQ=255) tttGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACAt > 1:3952745/1‑71 (MQ=255) ttGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGa > 1:1027761/1‑54 (MQ=255) ttGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACAt > 1:1647196/1‑70 (MQ=255) gAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAg < 1:1817157/35‑1 (MQ=255) gAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAg > 1:981851/1‑71 (MQ=255) gAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAg > 1:2386731/1‑71 (MQ=255) aaGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGc < 1:3888335/35‑1 (MQ=255) aaGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCa < 1:2977349/42‑1 (MQ=255) aaGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCa < 1:708033/42‑1 (MQ=255) aaGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGtt < 1:2845791/61‑1 (MQ=255) gTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGttt > 1:3877553/1‑60 (MQ=255) tCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCg > 1:69095/1‑43 (MQ=255) tCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGc > 1:2866868/1‑44 (MQ=255) tCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGc > 1:2366753/1‑44 (MQ=255) tCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCagag < 1:2337974/56‑1 (MQ=255) tCTATGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCa < 1:451110/53‑1 (MQ=255) tATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTc > 1:951360/1‑40 (MQ=255) tATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGc > 1:2824941/1‑42 (MQ=255) tATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCa > 1:445752/1‑51 (MQ=255) tATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCa > 1:2692909/1‑51 (MQ=255) tATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCa > 1:3554423/1‑51 (MQ=255) tATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGa > 1:1948605/1‑59 (MQ=255) tGTTAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAgc < 1:670113/64‑1 (MQ=255) tGTTAACGACCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAgc < 1:1025126/64‑1 (MQ=255) ttAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAGCGCGa < 1:2352063/66‑1 (MQ=255) ttAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAGCGCGATGGt < 1:2884832/70‑1 (MQ=255) ttAACGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAGCGCGATGGt < 1:488830/70‑1 (MQ=255) aaCGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGtt > 1:3658234/1‑50 (MQ=255) aaCGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAGCGCGATGGTTa < 1:783272/70‑1 (MQ=255) aaCGATCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGttt > 1:3811756/1‑51 (MQ=255) ggTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAGCGCGATGGTTAAAAc < 1:409039/71‑1 (MQ=255) | GCAGGGTAAACAGACGCTGATTAAATTTGACGGCGTCGAAACCTATTTTGAAGTCTATGTTAACGGTCAGTATGTGGGTTTCAGCAAGGGCAGTCGCCTGACCGCAGAGTTTGACATCAGCGCGATGGTTAAAAC > minE/2073714‑2073848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |