| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,270,301 | T→C | 6.4% | T10T (ACA→ACG) | murB ← | UDP‑N‑acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, FAD‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,270,301 | 0 | T | C | 6.4% | 408.2 / 15.2 | 140 | T10T (ACA→ACG) | murB | UDP‑N‑acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, FAD‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/61); new base C (4/5); total (74/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CCAGGCATTGAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGTTTACCGTA > minE/2270232‑2270370 | ccAGGCATTGAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAAtg > 1:554002/1‑71 (MQ=255)ccAGGCATTGAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAAtg > 1:290137/1‑71 (MQ=255)ccAGGCATTGAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAAtg > 1:2938009/1‑71 (MQ=255) cATTGAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTc < 1:2168591/71‑1 (MQ=255) tGAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAg > 1:1526287/1‑71 (MQ=255) gAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCa > 1:1946157/1‑69 (MQ=255) gAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAgg > 1:1007121/1‑71 (MQ=255) gAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAgg > 1:1746563/1‑71 (MQ=255) gAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAgg > 1:2172097/1‑71 (MQ=255) aGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAggg < 1:3255613/71‑1 (MQ=255) aTTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAAtgtg > 1:189289/1‑59 (MQ=255) aTTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGtttt < 1:1948971/71‑1 (MQ=255) aTTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGtttt < 1:1465792/71‑1 (MQ=255) ttgttgTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTc > 1:473892/1‑61 (MQ=255) ttgttgTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGtttt > 1:1567109/1‑70 (MQ=255) ttgttgTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTa < 1:3455910/71‑1 (MQ=255) tgttgtTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTcc > 1:2528352/1‑61 (MQ=255) gttgttCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAg > 1:828165/1‑71 (MQ=255) gttgttCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAg > 1:4134802/1‑71 (MQ=255) gttgttCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAg > 1:393040/1‑71 (MQ=255) ttCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGt > 1:1475242/1‑71 (MQ=255) cGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAgg > 1:2495630/1‑66 (MQ=255) gTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTgg < 1:3638377/70‑1 (MQ=255) tCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCa < 1:1691503/53‑1 (MQ=255) tCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCa < 1:843673/53‑1 (MQ=255) tCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTg < 1:1113177/68‑1 (MQ=255) tCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGtt < 1:4066276/71‑1 (MQ=255) cTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGa > 1:1684249/1‑64 (MQ=255) ttCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCa > 1:4044999/1‑51 (MQ=255) ttCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCa > 1:3955108/1‑51 (MQ=255) ttCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCa > 1:3370656/1‑51 (MQ=255) ttCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCa > 1:2271895/1‑71 (MQ=255) cGGCACATACAATGTGCTGTGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCAt < 1:1981472/70‑1 (MQ=255) cGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCa > 1:2139965/1‑69 (MQ=255) cGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTACAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCa > 1:1006179/1‑69 (MQ=255) acaTACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAgctg > 1:2694823/1‑71 (MQ=255) caTACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAAtgt < 1:2562207/38‑1 (MQ=255) aTACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAgg < 1:322012/54‑1 (MQ=255) tACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGtttt < 1:3362332/49‑1 (MQ=255) tACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAg < 1:3696017/52‑1 (MQ=255) aCAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTc > 1:1843163/1‑39 (MQ=255) aCAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTc > 1:870834/1‑39 (MQ=255) cAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCa > 1:3372267/1‑40 (MQ=255) cAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAg < 1:1987449/41‑1 (MQ=255) cAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTg > 1:2862943/1‑55 (MQ=255) cAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTc < 1:3938600/71‑1 (MQ=255) aTGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGGTTTAAGGAGTGGGTCATAGCTGCTTTCCt < 1:483217/71‑1 (MQ=255) tgtgCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCt > 1:3972034/1‑70 (MQ=255) tgtgCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTg < 1:1004298/71‑1 (MQ=255) tgtgCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTg < 1:1777308/71‑1 (MQ=255) tgtgCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTg < 1:401419/71‑1 (MQ=255) tgCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAg > 1:3761385/1‑36 (MQ=255) cTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGTAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTg < 1:2479348/67‑1 (MQ=255) cTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATg > 1:1600131/1‑70 (MQ=255) cTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATg > 1:3455777/1‑70 (MQ=255) ttATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAgg < 1:1513477/37‑1 (MQ=255) ttATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGt < 1:153888/40‑1 (MQ=255) ttATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGt < 1:59813/43‑1 (MQ=255) ttATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCaaa < 1:2715125/67‑1 (MQ=255) ttATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAAc > 1:1641700/1‑70 (MQ=255) ttATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAAc < 1:3852416/70‑1 (MQ=255) tATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAAc > 1:1238325/1‑69 (MQ=255) tATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGATTTAAGCAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAAc > 1:2363551/1‑69 (MQ=255) aTGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCCTTCCTGATGCAAAAACGAg > 1:3028697/1‑71 (MQ=255) tGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGa > 1:1518960/1‑58 (MQ=255) tGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAgg > 1:379759/1‑71 (MQ=255) tGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAgg > 1:1510925/1‑71 (MQ=255) cgaTCAATGCCAAACGTGTTtaccggatcatgcgccagaa < 1:2024873‑M2/39‑21 (MQ=255) cgaTCAATGCCAAACGTGTTtaccggatcatgcgccagaa < 1:2891184‑M2/39‑21 (MQ=255) cgaTCAATGACAAACGTGTTtaccggatcatgcgccagaa < 1:1093956‑M2/39‑21 (MQ=255) gATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTg < 1:1904545/56‑1 (MQ=255) aTCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTc > 1:3002864/1‑52 (MQ=255) aTCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTc > 1:2139697/1‑52 (MQ=255) aTCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCaaaaa > 1:465346/1‑64 (MQ=255) aTCAATGCCAAACGTGTTtaccggatcatgcgccagaatgcgc > 1:1367005‑M2/1‑18 (MQ=255) aTCAATGCCAAACGTGTTtaccggatcatgcgcca > 1:721638‑M2/1‑18 (MQ=255) tCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAACACGAGGc > 1:2671408/1‑69 (MQ=255) cAATGCCAAACGTGTTtaccggatcatgcgccagaatgcgctgt < 1:1377323‑M2/44‑29 (MQ=255) aaTGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCaaa < 1:1439536/59‑1 (MQ=255) aaTGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCaaa < 1:67050/59‑1 (MQ=255) aaTGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAAc < 1:2768365/62‑1 (MQ=255) aaTGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGt > 1:3271596/1‑71 (MQ=255) aTGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTAATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGtt < 1:3846520/71‑1 (MQ=255) tGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGa > 1:1407505/1‑51 (MQ=255) tGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGttt < 1:1532970/71‑1 (MQ=255) tGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGtt > 1:133982/1‑70 (MQ=255) tGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGtt > 1:3148685/1‑70 (MQ=255) tGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGt > 1:1328209/1‑69 (MQ=255) gCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAg < 1:2037595/38‑1 (MQ=255) gCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGTTTa > 1:56445/1‑71 (MQ=255) ccAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGa > 1:593857/1‑49 (MQ=255) ccAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGTTTAc > 1:2320092/1‑71 (MQ=255) aaaTGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGTTTACCg < 1:53531/71‑1 (MQ=255) aaTGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCaaaa < 1:570740/53‑1 (MQ=255) aaTGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCaaaa < 1:959644/53‑1 (MQ=255) aaTGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGTTTACCGt < 1:1668780/71‑1 (MQ=255) aTGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGTTTACCGTa < 1:2420823/71‑1 (MQ=255) aTGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGTTTACCGTa < 1:1087147/71‑1 (MQ=255) aTGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGATTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGTTTACCGTa > 1:1483761/1‑71 (MQ=255) tgtgTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGttt < 1:2465579/64‑1 (MQ=255) | CCAGGCATTGAGTAATTGTTGTTCGTCTTCGGCACATACAATGTGCTGAGCATTATGATCAATGCCAAATGTGTTCCAGGGTTTTAAGGAGTGGTTCATAGCTGCTTTCCTGATGCAAAAACGAGGCTAGTTTACCGTA > minE/2270232‑2270370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |