| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,333,257 | G→A | 49.2% | A236T (GCT→ACT) | fdoG → | formate dehydrogenase‑O, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,333,257 | 0 | G | A | 49.2% | 0.8 / 68.2 | 49 | A236T (GCT→ACT) | fdoG | formate dehydrogenase‑O, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/13); new base A (14/10); total (25/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACCAACCACTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCTGATTGTGATCG > minE/2333189‑2333326 | tGACCAACCACTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGc > 1:2749621/1‑70 (MQ=255) gtccaagcaCTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACt > 1:5655/3‑70 (MQ=21) gACCAACCACTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCt > 1:2863198/1‑70 (MQ=255) accaaccaCTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTc > 1:2491569/1‑70 (MQ=255) accaaccaCTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCa > 1:1515409/1‑71 (MQ=255) caaccaCTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCAcc < 1:3504850/71‑1 (MQ=255) accaCTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCg < 1:2195045/71‑1 (MQ=255) cTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCg < 1:847366/71‑1 (MQ=255) cTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGt > 1:3272386/1‑69 (MQ=255) cTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCg > 1:4051634/1‑71 (MQ=255) gTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGtt < 1:2556710/71‑1 (MQ=255) tCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTc < 1:825287/71‑1 (MQ=255) tCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTc < 1:3338127/71‑1 (MQ=255) tCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTc < 1:1526003/71‑1 (MQ=255) gACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCg < 1:3961117/60‑1 (MQ=255) gACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTcc < 1:2923405/70‑1 (MQ=255) aTCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTg > 1:3119398/1‑71 (MQ=255) tCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTgg < 1:1107496/71‑1 (MQ=255) aaGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACt > 1:2898011/1‑48 (MQ=255) aaGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTggg > 1:2609309/1‑70 (MQ=255) aaGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGc < 1:259932/71‑1 (MQ=255) aaGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGc < 1:3323328/71‑1 (MQ=255) aaGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGc > 1:515422/1‑71 (MQ=255) aGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGc < 1:1706210/70‑1 (MQ=255) gAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGa > 1:2961921/1‑71 (MQ=255) cGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAATCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATgg < 1:2678856/71‑1 (MQ=255) gtcgtGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGa > 1:3636221/1‑58 (MQ=255) cgtGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAAtt > 1:803024/1‑70 (MQ=255) gtggtgATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTca > 1:2853201/1‑71 (MQ=255) gtggtgATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTca > 1:2380606/1‑71 (MQ=255) tggtgATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTcac < 1:1825905/71‑1 (MQ=255) tggtgATGGGCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTcac < 1:2614498/71‑1 (MQ=255) gtgATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACaa > 1:3603193/1‑71 (MQ=255) aTGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTcac < 1:592699/66‑1 (MQ=255) aTGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACgg > 1:896815/1‑71 (MQ=255) aTGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACg > 1:2431790/1‑70 (MQ=255) ggCGGTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACaa > 1:3855684/1‑65 (MQ=255) ggTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATgg < 1:3762197/46‑1 (MQ=255) ggTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGcgcg > 1:837453/1‑69 (MQ=255) gTAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGAt < 1:1664601/43‑1 (MQ=255) tAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTcac < 1:61033/58‑1 (MQ=255) tAACGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGAt < 1:236556/42‑1 (MQ=255) aaCGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCt > 1:2659143/1‑71 (MQ=255) aaCGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATg > 1:841219/1‑42 (MQ=255) aaCGCCGCTGAAACTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGGAGCCaaaa > 1:1848011/1‑52 (MQ=25) cgccgcTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAAtt < 1:998096/52‑1 (MQ=255) aaGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCTGATTGTgatc > 1:1991607/1‑71 (MQ=255) aaGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCTGATTGTga < 1:1795111/69‑1 (MQ=255) aGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCTGATTGTgatcg < 1:936865/71‑1 (MQ=255) | TGACCAACCACTGGGTCGACATCAAGAACGCCAACCTCGTCGTGGTGATGGGCGGTAACGCCGCTGAAGCTCACCCGGTCGGGTTCCGCTGGGCGATGGAAGCCAAAATTCACAACGGCGCGAAGCTGATTGTGATCG > minE/2333189‑2333326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |