| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,366,284 | A→G | 19.2% | I390T (ATC→ACC) | pepQ ← | proline dipeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,366,284 | 0 | A | G | 19.2% | 217.6 / 47.5 | 99 | I390T (ATC→ACC) | pepQ | proline dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/42); new base G (8/11); total (46/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCTTCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCAGGTACG > minE/2366215‑2366353 | gCTTCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGAt > 1:486247/1‑71 (MQ=255) gttCTATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATg < 1:2274206/70‑1 (MQ=255) cTTCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGa > 1:522638/1‑69 (MQ=255) cAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAg > 1:883837/1‑71 (MQ=255) aTTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTa < 1:359265/71‑1 (MQ=255) ttttCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTa < 1:2560983/70‑1 (MQ=255) ttttCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTa < 1:576317/70‑1 (MQ=255) ttttCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAg < 1:2624545/71‑1 (MQ=255) ttatGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGt > 1:711558/4‑67 (MQ=255) ttCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGAt > 1:243850/1‑62 (MQ=255) ttCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAgc > 1:2867062/1‑69 (MQ=255) ttCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGa < 1:2086202/70‑1 (MQ=255) ccAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAcc < 1:3651524/69‑1 (MQ=255) cAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCgg < 1:2580490/71‑1 (MQ=255) ttGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTc < 1:3210265/71‑1 (MQ=255) ttGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTc < 1:3680385/71‑1 (MQ=255) tGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTc > 1:4056402/1‑70 (MQ=255) tGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTc > 1:4014103/1‑70 (MQ=255) gAAGTGCTTGCTGAACTTCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTa < 1:238433/57‑1 (MQ=255) gAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGaa > 1:954470/1‑54 (MQ=255) gAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGaa > 1:3074409/1‑54 (MQ=255) gAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGaa > 1:3378050/1‑54 (MQ=255) gAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCg < 1:3751485/70‑1 (MQ=255) gAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGa > 1:2083081/1‑71 (MQ=255) aaGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGa < 1:1252428/70‑1 (MQ=255) aaGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGAt < 1:2654692/71‑1 (MQ=255) tgcttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAccc > 1:2283562/1‑60 (MQ=255) tgcttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATg < 1:1213756/69‑1 (MQ=255) cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt > 1:1017443/1‑70 (MQ=255) ttgctGTACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGa > 1:535925/1‑43 (MQ=255) ctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAacac < 1:3105237/71‑1 (MQ=255) ctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAacac < 1:608552/71‑1 (MQ=255) gAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTc < 1:2461698/57‑1 (MQ=255) aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACAcc < 1:3052127/69‑1 (MQ=255) aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCAt > 1:714694/1‑71 (MQ=255) aCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGa > 1:463087/1‑45 (MQ=255) cTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTa < 1:3274848/42‑1 (MQ=255) cTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTc < 1:980583/54‑1 (MQ=255) tGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCgg < 1:1226602/50‑1 (MQ=255) gCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTc > 1:3854734/1‑52 (MQ=255) cccTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGccc < 1:157204/70‑1 (MQ=255) cTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCgg > 1:2252313/1‑70 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCg < 1:619397/49‑1 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAacac < 1:3953367/60‑1 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTa < 1:955398/36‑1 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGa < 1:2253395/38‑1 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGa < 1:1694833/38‑1 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGAt < 1:1250991/39‑1 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGAt < 1:1960862/39‑1 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGAt < 1:4081940/39‑1 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAcc < 1:4035217/42‑1 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCgg < 1:515063/45‑1 (MQ=255) ttCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTc < 1:1979195/48‑1 (MQ=255) tCACGCCTCGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTc < 1:2678078/47‑1 (MQ=39) tCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGa > 1:2298763/1‑37 (MQ=255) cACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACAcc > 1:254366/1‑59 (MQ=255) cACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGa > 1:2300010/1‑36 (MQ=255) cACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTaa > 1:213415/1‑55 (MQ=255) cACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTaa > 1:3901198/1‑55 (MQ=255) cACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTaa > 1:3527829/1‑55 (MQ=255) cACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAaca > 1:1193146/1‑57 (MQ=255) cACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCa > 1:2528703/1‑60 (MQ=255) cACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTg > 1:3925893/1‑70 (MQ=255) cACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACACGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTg > 1:3818815/1‑70 (MQ=255) aCGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAacac < 1:3312569/57‑1 (MQ=255) cGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGgag < 1:1846087/71‑1 (MQ=255) cGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGgag < 1:1468954/71‑1 (MQ=255) gCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc > 1:1821711/1‑36 (MQ=255) cACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGa > 1:2349072/1‑43 (MQ=255) cACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGgaga > 1:3713394/1‑69 (MQ=255) cACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGaa > 1:2756910/1‑70 (MQ=255) aCGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATa > 1:1291552/1‑71 (MQ=255) aCGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATa > 1:1526074/1‑71 (MQ=255) ggTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATAc < 1:3891887/70‑1 (MQ=255) ggTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACg < 1:1508685/71‑1 (MQ=255) tGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATa > 1:1759312/1‑67 (MQ=255) gCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGt > 1:2423965/1‑71 (MQ=255) gCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGt > 1:3679534/1‑71 (MQ=255) ccAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTg < 1:356696/71‑1 (MQ=255) aGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGc < 1:670467/54‑1 (MQ=255) tAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCg < 1:2845824/50‑1 (MQ=255) tAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCg < 1:1295506/50‑1 (MQ=255) tAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCg < 1:1604487/50‑1 (MQ=255) tAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCg < 1:3184665/50‑1 (MQ=255) tAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAg < 1:4080255/70‑1 (MQ=255) aGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAaca > 1:821974/1‑40 (MQ=255) aGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATa > 1:610903/1‑60 (MQ=255) aGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATa > 1:1348492/1‑60 (MQ=255) aGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATa > 1:3266991/1‑60 (MQ=255) gCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGc < 1:605621/66‑1 (MQ=255) gCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAgcg > 1:1738809/1‑70 (MQ=255) gCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACAATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAgcg > 1:338351/1‑70 (MQ=255) gATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAgc > 1:271653/1‑67 (MQ=255) aTTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCAgg > 1:1555748/1‑71 (MQ=255) tCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCa > 1:896387/1‑62 (MQ=255) tCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCa > 1:3712450/1‑67 (MQ=255) gATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCAGGTACg < 1:3175905/71‑1 (MQ=255) gATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCAGGTACg < 1:2806503/71‑1 (MQ=255) gATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCAGGTACg < 1:2352279/71‑1 (MQ=255) gATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCAGGTACg < 1:1819993/71‑1 (MQ=255) | GCTTCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCAGGTACG > minE/2366215‑2366353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |