| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,381,041 | C→T | 17.6% | E80E (GAG→GAA) | rmuC ← | predicted recombination limiting protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,381,041 | 0 | C | T | 17.6% | 207.1 / 33.5 | 85 | E80E (GAG→GAA) | rmuC | predicted recombination limiting protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/39); new base T (8/7); total (39/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 | |||||||||||
CTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGTAACTCGCACTCTGCACGCC > minE/2380972‑2381108 | cTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTTCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCt > 1:664905/1‑71 (MQ=255)cTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCt > 1:3035747/1‑71 (MQ=255) tGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTc > 1:212551/1‑71 (MQ=255) gCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCa < 1:3925365/71‑1 (MQ=255) gAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCaga < 1:2269658/71‑1 (MQ=255) gAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCaga < 1:2632206/71‑1 (MQ=255) gAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCag < 1:1672612/70‑1 (MQ=255) aaTTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCa > 1:595798/1‑68 (MQ=255) aTTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCaga > 1:2358274/1‑69 (MQ=255) ttttATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCTTCCagagag > 1:4123853/1‑71 (MQ=255) ttATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGgt > 1:1028647/1‑71 (MQ=255) tATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCaga > 1:2469601/1‑65 (MQ=255) tCGTCTGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGtt < 1:2493313/71‑1 (MQ=255) tCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCTTCCagag < 1:1880530/64‑1 (MQ=255) tCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGgtgt < 1:1734721/70‑1 (MQ=255) tCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGtt < 1:2542885/71‑1 (MQ=255) tCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGtt < 1:168342/71‑1 (MQ=255) tCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGtt < 1:1356039/71‑1 (MQ=255) cGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGtt < 1:2974390/70‑1 (MQ=255) gTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGtt < 1:1975569/69‑1 (MQ=255) gTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGtt < 1:3381956/69‑1 (MQ=255) tCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGTTaa < 1:3747520/70‑1 (MQ=255) cAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGgtg > 1:2338078/1‑65 (MQ=255) aGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATa < 1:3787167/70‑1 (MQ=255) aGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATa < 1:2042015/70‑1 (MQ=255) aGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATAc > 1:3806733/1‑71 (MQ=255) gCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACt < 1:3334597/71‑1 (MQ=255) tGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTg < 1:2533033/71‑1 (MQ=255) ttGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGgt > 1:4062916/1‑57 (MQ=255) ttGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTg > 1:2047538/1‑69 (MQ=255) ttGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTg > 1:3201460/1‑69 (MQ=255) ttGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTg > 1:2484941/1‑69 (MQ=255) tGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAg > 1:1955232/1‑71 (MQ=255) tGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAg > 1:3910110/1‑71 (MQ=255) gCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGgtgt < 1:856817/57‑1 (MQ=255) gCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTaa < 1:1587469/60‑1 (MQ=255) gCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAgg > 1:1044974/1‑71 (MQ=255) gtgCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGc < 1:1684942/69‑1 (MQ=255) tgCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGc > 1:2120830/1‑68 (MQ=255) tgCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTgc > 1:1283884/1‑71 (MQ=255) gCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTgcg > 1:1317272/1‑71 (MQ=255) cGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCagaga > 1:2046483/1‑46 (MQ=255) cGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGgtgt < 1:2512792/51‑1 (MQ=255) cGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTgcgc < 1:2216571/71‑1 (MQ=255) cGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTgcg < 1:2656054/70‑1 (MQ=255) tCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGgtg > 1:3629961/1‑45 (MQ=255) cATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGt < 1:937611/71‑1 (MQ=255) cATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGt > 1:1625249/1‑71 (MQ=255) aTCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGtt < 1:870459/71‑1 (MQ=255) aTCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGt < 1:1069797/70‑1 (MQ=255) tCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTa < 1:2790573/71‑1 (MQ=255) tCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTa < 1:2172795/71‑1 (MQ=255) tCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTa > 1:1333777/1‑44 (MQ=255) tCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTg < 1:110669/52‑1 (MQ=255) tCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTg < 1:3909482/52‑1 (MQ=255) tCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTa > 1:3818682/1‑71 (MQ=255) tCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTa < 1:1638925/71‑1 (MQ=255) ccGCGTGGTTACTTCACGCAGATCTGCCTCCAGAGAGGTGtt < 1:1998374/42‑1 (MQ=255) ccGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGt > 1:3844290/1‑68 (MQ=255) cgcgTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCagaga > 1:939672/1‑35 (MQ=255) cgcgTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCagaga > 1:2598677/1‑35 (MQ=255) cgcgTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTAtt < 1:2265029/71‑1 (MQ=255) cgTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGa < 1:3556027/71‑1 (MQ=255) gTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGgt < 1:2160831/35‑1 (MQ=255) gTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTgcg < 1:2984361/53‑1 (MQ=255) gTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGTaa < 1:387960/71‑1 (MQ=255) ttCACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAgg < 1:2958804/43‑1 (MQ=255) ttCACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGa > 1:3712842/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGa > 1:636881/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGa > 1:3889852/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGc > 1:932584/1‑44 (MQ=255) ttCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGt < 1:1359968/64‑1 (MQ=255) ttCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGt < 1:2878515/64‑1 (MQ=255) tCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGTAACTCGCa > 1:1991193/1‑71 (MQ=255) cACGCAGATCGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGTAACTCGCAc > 1:904442/1‑71 (MQ=255) cACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGTAACTCg < 1:752920/68‑1 (MQ=255) cAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTa < 1:3993975/52‑1 (MQ=255) cAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGTAACTCGCACTCTg < 1:2149600/71‑1 (MQ=255) tCGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGTAACTCGCACTCTGCACg > 1:1375761/1‑71 (MQ=255) tCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGTAACTCGCACTCTGCACg < 1:427346/71‑1 (MQ=255) cGGCTTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTa > 1:2332426/1‑47 (MQ=255) cGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTTCGCACTTCGTTAtt > 1:1308395/1‑49 (MQ=255) cGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTAtt > 1:3489853/1‑49 (MQ=255) cGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGa > 1:1422450/1‑51 (MQ=255) ggCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGTAACTCGCACTCTGCACGcc < 1:1869908/71‑1 (MQ=255) | CTGGCGAATTTTATCGTCAGCATGTTGCTGTGCGGCTTCCATCCGCGTGGTTACTTCACGCAGATCGGCCTCCAGAGAGGTGTTAATACTTTGCAGGCTGCGCACTTCGTTATTGAGTAACTCGCACTCTGCACGCC > minE/2380972‑2381108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |