| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,477,634 | C→T | 14.0% | P227L (CCG→CTG) | pstA → | phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,477,634 | 0 | C | T | 14.0% | 151.2 / 15.1 | 57 | P227L (CCG→CTG) | pstA | phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/23); new base T (5/3); total (31/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
GTGTCCGGGATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACATGATGCAGCCGATCGCCAACCTGCC > minE/2477573‑2477703 | gtgtCCGGGATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGtt < 1:716482/71‑1 (MQ=255) tgtCCGGGATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGttt < 1:447045/71‑1 (MQ=255) tCCGGGATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTa < 1:2285776/70‑1 (MQ=255) tCCGGGATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTAc < 1:2314658/71‑1 (MQ=255) ccGGGATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGctgctg < 1:2825413/65‑1 (MQ=255) cGGGATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACcg > 1:10675/1‑71 (MQ=255) cGGGATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACcg > 1:3054056/1‑71 (MQ=255) gggATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACcgc < 1:83778/71‑1 (MQ=255) gggATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACcgc > 1:2252959/1‑71 (MQ=255) gATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCgcgc > 1:989277/1‑71 (MQ=255) gATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCgcgc > 1:1646619/1‑71 (MQ=255) aTTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCTGCTGCTGTTTa > 1:1011723/1‑64 (MQ=255) aTTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCTGCTGCTGTTTa > 1:1006860/1‑64 (MQ=255) gACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTcc > 1:2005779/1‑70 (MQ=255) gACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTcc > 1:55117/1‑70 (MQ=255) cGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAAcc < 1:1020290/71‑1 (MQ=255) aTCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGtt > 1:1452328/1‑71 (MQ=255) tCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTc < 1:2346648/71‑1 (MQ=255) ctgctgGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTa > 1:1925250/1‑49 (MQ=255) ctgctgGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACcgcg > 1:1624128/1‑54 (MQ=255) ctgctgGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCa > 1:1273993/1‑65 (MQ=255) ctgctgGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCa > 1:2541444/1‑65 (MQ=255) ctgctgGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTg > 1:607935/1‑71 (MQ=255) ctgctgGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTg > 1:2984035/1‑71 (MQ=255) ctgctgGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTg > 1:1542322/1‑71 (MQ=255) ctgctgGCGATTGCCCGCGTCACCGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTCACCGCCCTGAACAACCAGTTCt < 1:1539811/70‑1 (MQ=255) ctgGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTgg < 1:3478621/69‑1 (MQ=255) ggCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCTGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAAc < 1:2094961/58‑1 (MQ=255) cGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACg < 1:1952566/71‑1 (MQ=255) cGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACg < 1:1629751/71‑1 (MQ=255) aTTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGa < 1:3484836/71‑1 (MQ=255) cccGTATTGCTGGTGAAACCGCGCTGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACat < 1:3085681/70‑1 (MQ=255) cccGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACat < 1:1051331/70‑1 (MQ=255) cccGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACat < 1:3267244/70‑1 (MQ=255) ccGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACat > 1:2489690/1‑69 (MQ=255) cGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACat > 1:1585762/1‑68 (MQ=255) aTTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACat < 1:3025205/65‑1 (MQ=255) ttGCTGGTGAAACCGCGCTGCTGCTGTTTACCGCGCTCTcc < 1:2442671/41‑1 (MQ=255) ggTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAg < 1:757892/50‑1 (MQ=255) gTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACatga > 1:2359683/1‑60 (MQ=255) gTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACATGATGCAGCCGATc > 1:2768831/1‑71 (MQ=255) tGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACat < 1:1991568/57‑1 (MQ=255) tGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACat < 1:552390/57‑1 (MQ=255) tGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACat < 1:3919546/57‑1 (MQ=255) tGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACat < 1:3270588/57‑1 (MQ=255) gAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCa < 1:125700/49‑1 (MQ=255) gAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACATGATGCAGCCGa > 1:248443/1‑67 (MQ=255) gAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACATGATGCAGCCGATCGc > 1:2158747/1‑71 (MQ=255) aaaCCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCa > 1:2613346/1‑37 (MQ=255) aaaCCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCa > 1:2630791/1‑37 (MQ=255) aaCCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACATGATGCAGCCGATCGCCa < 1:3357188/71‑1 (MQ=255) aCCGCGCTGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGa > 1:3213940/1‑43 (MQ=255) aCCGCGCTGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACATGATGCAGCCGATCGCCaa > 1:148017/1‑71 (MQ=255) aCCGCGCTGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTCGa > 1:4127760/1‑43 (MQ=37) ccGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACATGATGc > 1:1072736/1‑57 (MQ=255) ccGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACATGATGCAGCCg > 1:317858/1‑62 (MQ=255) cgcgCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTc > 1:1355687/1‑37 (MQ=255) cgcTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACATGATGCAGCCGATCGCCAACCTGcc < 1:2167524/70‑1 (MQ=255) | GTGTCCGGGATTATGACCGGTATCCTGCTGGCGATTGCCCGTATTGCTGGTGAAACCGCGCCGCTGCTGTTTACCGCGCTCTCCAACCAGTTCTGGAGCACGGACATGATGCAGCCGATCGCCAACCTGCC > minE/2477573‑2477703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |