| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,570,779 | C→T | 6.6% | G228G (GGC→GGT) | yibH → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,570,779 | 0 | C | T | 6.6% | 243.9 / 5.4 | 75 | G228G (GGC→GGT) | yibH | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/38); new base T (2/3); total (34/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
GCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCT > minE/2570709‑2570849 | gCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGc < 1:455712/71‑1 (MQ=255) aaGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTa < 1:265145/69‑1 (MQ=255) aaGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTa < 1:1081723/69‑1 (MQ=255) agagCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGt < 1:2388650/71‑1 (MQ=255) gagCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTAc > 1:1181721/1‑68 (MQ=255) agCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTa > 1:2069328/1‑66 (MQ=255) agCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTa < 1:823000/71‑1 (MQ=255) cgcAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACt < 1:2094511/71‑1 (MQ=255) cgcAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACt < 1:1422282/71‑1 (MQ=255) ttACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTa > 1:2128142/1‑71 (MQ=255) tACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTa < 1:1388958/70‑1 (MQ=255) tACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTAc > 1:2474137/1‑71 (MQ=255) aCTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACt > 1:1015145/1‑71 (MQ=255) aCTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACt > 1:2414018/1‑71 (MQ=255) cTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTg < 1:699814/71‑1 (MQ=255) cTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTg < 1:160589/71‑1 (MQ=255) aaGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCACGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGa < 1:478671/69‑1 (MQ=255) gCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTc < 1:3472115/58‑1 (MQ=255) gCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCg > 1:3770683/1‑71 (MQ=255) cAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGc < 1:607265/71‑1 (MQ=255) aaaaTATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGcc < 1:1629912/71‑1 (MQ=255) aaaTATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGcc > 1:3217210/1‑70 (MQ=255) aaaTATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGcc > 1:1231582/1‑70 (MQ=255) aaaTATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGcc > 1:3893099/1‑70 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGtga < 1:2039935/51‑3 (MQ=255) atatAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAg > 1:3573855/1‑71 (MQ=255) tataACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAg > 1:746901/1‑70 (MQ=255) tataACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCggg > 1:90012/1‑71 (MQ=255) ataACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCggg > 1:4124072/1‑70 (MQ=255) taACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGccc < 1:24079/66‑1 (MQ=255) taACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTa > 1:145549/1‑71 (MQ=255) taACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTa < 1:125495/71‑1 (MQ=255) taACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGt < 1:647673/70‑1 (MQ=255) taACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGt < 1:173734/70‑1 (MQ=255) aCCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCTCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCC‑CCCAGTTACa < 1:1564847/70‑1 (MQ=255) aCCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACa < 1:369893/71‑1 (MQ=255) aCCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACa < 1:364936/71‑1 (MQ=255) ttGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTa > 1:52763/1‑42 (MQ=255) ttGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTAc > 1:91420/1‑67 (MQ=255) aCTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCa < 1:352150/54‑1 (MQ=255) aCTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGc < 1:3178123/71‑1 (MQ=255) gTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGa < 1:2200964/43‑1 (MQ=255) tCATTCGCTCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCtt < 1:2425951/70‑1 (MQ=255) tCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTg < 1:50974/41‑1 (MQ=255) tCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTg < 1:1440604/41‑1 (MQ=255) tCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATc > 1:1157155/1‑44 (MQ=255) cATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATc > 1:781991/1‑43 (MQ=255) cATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGc > 1:1136439/1‑71 (MQ=255) aTTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATcccc < 1:1082063/45‑3 (MQ=255) aTTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGccc < 1:2686883/47‑1 (MQ=255) ttCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGTTACTGATCCGCCCAGGTa < 1:2577331/51‑1 (MQ=255) ttCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGcc < 1:3357757/45‑1 (MQ=255) ttCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTg > 1:893123/1‑63 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGa < 1:1160454/37‑1 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGa < 1:1250970/37‑1 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGa < 1:4100317/37‑1 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAg > 1:1584515/1‑58 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGc > 1:3002171/1‑59 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCt > 1:3700257/1‑71 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCt > 1:3876204/1‑71 (MQ=255) gcgcCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCg < 1:1270308/71‑1 (MQ=255) cGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCCTCCg < 1:2447190/71‑1 (MQ=255) aGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTa < 1:417223/40‑1 (MQ=255) aGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTAc > 1:3563087/1‑41 (MQ=255) aGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGt < 1:1065265/71‑1 (MQ=255) aGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGt < 1:456533/71‑1 (MQ=255) cAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGc > 1:2046087/1‑48 (MQ=255) cAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGc > 1:381454/1‑48 (MQ=255) cAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGc > 1:1657286/1‑48 (MQ=255) cAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGc > 1:3440506/1‑48 (MQ=255) cAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCt < 1:2007969/60‑1 (MQ=255) ggCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATgg > 1:2618532/1‑70 (MQ=255) ggCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGt > 1:1853236/1‑71 (MQ=255) gCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCg < 1:3670160/62‑1 (MQ=255) gCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTc > 1:879129/1‑71 (MQ=255) gCTACATTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTc > 1:898074/1‑71 (MQ=255) cTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCt < 1:3171041/71‑1 (MQ=255) | GCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCT > minE/2570709‑2570849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |