| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,570,803 | C→T | 6.4% | R236R (CGC→CGT) | yibH → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,570,803 | 0 | C | T | 6.4% | 200.0 / 3.1 | 62 | R236R (CGC→CGT) | yibH | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/22); new base T (2/2); total (38/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
CAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAA > minE/2570733‑2570873 | cAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGc < 1:607265/71‑1 (MQ=255) aaaaTATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGcc < 1:1629912/71‑1 (MQ=255) aaaTATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGcc > 1:3217210/1‑70 (MQ=255) aaaTATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGcc > 1:3893099/1‑70 (MQ=255) aaaTATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGcc > 1:1231582/1‑70 (MQ=255) atatAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAg > 1:3573855/1‑71 (MQ=255) tataACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAg > 1:746901/1‑70 (MQ=255) tataACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCggg > 1:90012/1‑71 (MQ=255) ataACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCggg > 1:4124072/1‑70 (MQ=255) taACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGccc < 1:24079/66‑1 (MQ=255) taACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTa > 1:145549/1‑71 (MQ=255) taACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTa < 1:125495/71‑1 (MQ=255) taACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGt < 1:647673/70‑1 (MQ=255) taACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGt < 1:173734/70‑1 (MQ=255) aCCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCTCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCC‑CCCAGTTACa < 1:1564847/70‑1 (MQ=255) aCCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACa < 1:364936/71‑1 (MQ=255) aCCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACa < 1:369893/71‑1 (MQ=255) ttGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTAc > 1:91420/1‑67 (MQ=255) aCTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCa < 1:352150/54‑1 (MQ=255) aCTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGc < 1:3178123/71‑1 (MQ=255) tCATTCGCTCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCtt < 1:2425951/70‑1 (MQ=255) cATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGc > 1:1136439/1‑71 (MQ=255) aTTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGccc < 1:2686883/47‑1 (MQ=255) ttCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGTTACTGATCCGCCCAGGTa < 1:2577331/51‑1 (MQ=255) ttCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGcc < 1:3357757/45‑1 (MQ=255) ttCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTg > 1:893123/1‑63 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAg > 1:1584515/1‑58 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGc > 1:3002171/1‑59 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCt > 1:3700257/1‑71 (MQ=255) cgcgcgCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCt > 1:3876204/1‑71 (MQ=255) gcgcCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCg < 1:1270308/71‑1 (MQ=255) cGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCCTCCg < 1:2447190/71‑1 (MQ=255) aGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTa < 1:417223/40‑1 (MQ=255) aGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTAc > 1:3563087/1‑41 (MQ=255) aGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGt < 1:456533/71‑1 (MQ=255) aGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGt < 1:1065265/71‑1 (MQ=255) cAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGc > 1:1657286/1‑48 (MQ=255) cAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGc > 1:3440506/1‑48 (MQ=255) cAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGc > 1:381454/1‑48 (MQ=255) cAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGc > 1:2046087/1‑48 (MQ=255) cAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCt < 1:2007969/60‑1 (MQ=255) ggCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATgg > 1:2618532/1‑70 (MQ=255) ggCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGt > 1:1853236/1‑71 (MQ=255) gCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCg < 1:3670160/62‑1 (MQ=255) gCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTc > 1:879129/1‑71 (MQ=255) gCTACATTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTc > 1:898074/1‑71 (MQ=255) cTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCt < 1:3171041/71‑1 (MQ=255) aCGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGc > 1:3672401/1‑37 (MQ=255) aCGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGc > 1:418328/1‑37 (MQ=255) cGTTACTCATGTACTGATCCGCCCAGTTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCt < 1:2603132/51‑1 (MQ=255) cGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTc < 1:3110670/70‑1 (MQ=255) tACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCg > 1:1107052/1‑55 (MQ=255) tACTCAAGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGa > 1:3583/1‑59 (MQ=255) aCTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATccc > 1:2161884/1‑71 (MQ=255) aCTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATccc > 1:182383/1‑71 (MQ=255) ggTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCAt > 1:1712282/1‑63 (MQ=255) gTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGc > 1:2296211/1‑70 (MQ=255) tACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTc > 1:1665525/1‑59 (MQ=255) aCTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATgg > 1:1208620/1‑53 (MQ=255) aCTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCaa > 1:2762689/1‑70 (MQ=255) aCTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCaa > 1:619582/1‑70 (MQ=255) cTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGcc < 1:2132146/35‑1 (MQ=255) cTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGcc < 1:1082422/35‑1 (MQ=255) gATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCaaaaa > 1:3632640/1‑70 (MQ=255) gATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAAc > 1:931954/1‑71 (MQ=255) gATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAAc > 1:1082184/1‑71 (MQ=255) aTCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACg > 1:3659507/1‑71 (MQ=255) aTCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACg < 1:2514797/71‑1 (MQ=255) ccGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACgg > 1:2772083/1‑70 (MQ=255) gCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCaa < 1:1876801/71‑1 (MQ=255) cccAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCaaa < 1:2674839/71‑1 (MQ=255) | CAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAA > minE/2570733‑2570873 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |