| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,148 | C→T | 12.1% | S351S (TCC→TCT) | yibH → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,148 | 0 | C | T | 12.1% | 353.7 / 31.1 | 124 | S351S (TCC→TCT) | yibH | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/49); new base T (10/5); total (70/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TTGAACTGGACCCTAACGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTT > minE/2571078‑2571217 | ttGAACTGGACCCTAACGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTcc < 1:2113630/71‑1 (MQ=255)ttGAACTGGACCCTAACGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTcc > 1:16057/1‑71 (MQ=255) ggACCCTAACGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCAtt > 1:1804343/1‑71 (MQ=255) gACCCTAACGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCAttt > 1:2962501/1‑71 (MQ=255) cccTAACGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCAtt > 1:2413395/1‑68 (MQ=255) aaCGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCAttt > 1:3609083/1‑65 (MQ=255) aaCGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGcc > 1:3531010/1‑70 (MQ=255) aaCGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCa > 1:1344110/1‑71 (MQ=255) aCGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGcc < 1:1697132/69‑1 (MQ=255) aCGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCAt > 1:2205629/1‑71 (MQ=255) aCGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCAt > 1:2648577/1‑71 (MQ=255) aCGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCAt > 1:2941390/1‑71 (MQ=255) aCGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCAt > 1:605397/1‑71 (MQ=255) cGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGAc < 1:1458731/58‑1 (MQ=255) cGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGAc < 1:2330028/58‑1 (MQ=255) atgatATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGtt < 1:46342/71‑1 (MQ=255) tgatATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGttt > 1:3773897/1‑71 (MQ=255) tgatATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGtt < 1:1428399/70‑1 (MQ=255) gatATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTc > 1:3033650/1‑71 (MQ=255) atatCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTc < 1:3890893/70‑1 (MQ=255) tCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGcc < 1:2051528/60‑1 (MQ=255) gATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCGGc > 1:839241/1‑57 (MQ=255) gATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGa < 1:1986810/70‑1 (MQ=255) gATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGAt < 1:1574837/71‑1 (MQ=255) gctttACCAGACGGTATTTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGtctc < 1:2136055/59‑1 (MQ=255) ccTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCg > 1:3995500/1‑70 (MQ=255) cTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCAt < 1:202761/46‑1 (MQ=255) cTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCgg > 1:3564503/1‑70 (MQ=255) cTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGa < 1:1553612/71‑1 (MQ=255) cTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGa < 1:2756688/71‑1 (MQ=255) cTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGa < 1:126297/71‑1 (MQ=255) ttACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGa > 1:491004/1‑70 (MQ=255) tACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGc > 1:3310591/1‑50 (MQ=255) tACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCgg < 1:95550/60‑1 (MQ=255) tACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCgg < 1:105244/60‑1 (MQ=255) tACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCgg < 1:128929/60‑1 (MQ=255) aCCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGaa < 1:3116470/69‑1 (MQ=255) gACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGc > 1:194186/1‑45 (MQ=255) aCGGTATTTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGtgcta > 1:230951/1‑70 (MQ=255) aCGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCAtt < 1:74586/39‑1 (MQ=255) aCGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCgg < 1:3999344/54‑1 (MQ=255) aCGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCgg < 1:2820720/54‑1 (MQ=255) aCGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGa < 1:717041/63‑1 (MQ=255) cGGTATTTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGtgctat < 1:1012803/71‑3 (MQ=255) ggCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTc > 1:3264489/1‑39 (MQ=255) cATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTaa < 1:626791/71‑1 (MQ=255) tttACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCaaa > 1:248902/3‑59 (MQ=255) tCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTc < 1:2887505/46‑1 (MQ=255) tCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGaa < 1:1554937/58‑1 (MQ=255) tCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGa < 1:1714441/57‑1 (MQ=255) tCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGa < 1:416130/57‑1 (MQ=255) cTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGaa > 1:2402462/1‑71 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCAt > 1:1464632/1‑39 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCAt > 1:2197641/1‑39 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTc > 1:3959796/1‑44 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCgg > 1:1605564/1‑46 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCgg > 1:1451582/1‑46 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCgg > 1:1949026/1‑46 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGa > 1:3163798/1‑49 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGaaa > 1:119096/1‑57 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAAt > 1:3220899/1‑71 (MQ=255) aCGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTc > 1:1845410/1‑43 (MQ=255) aCGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGt < 1:292240/46‑1 (MQ=255) cGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAAt < 1:4080024/69‑1 (MQ=255) cGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGa < 1:3668258/71‑1 (MQ=255) ccAGGTGGCGGTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCa < 1:80103/71‑1 (MQ=255) cAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTc < 1:1743392/38‑1 (MQ=255) ggTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGt < 1:3194704/39‑1 (MQ=255) ggTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTaa < 1:2728731/59‑1 (MQ=255) gTGGCGGTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTg > 1:1095014/1‑71 (MQ=255) gTGGCGGTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTg > 1:210843/1‑71 (MQ=255) gTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGa < 1:2594655/46‑1 (MQ=255) gTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGtg < 1:3857489/51‑1 (MQ=255) gTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTg > 1:3945463/1‑71 (MQ=255) tGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGa < 1:2116866/45‑1 (MQ=255) ggCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCgg > 1:938061/1‑43 (MQ=255) ggCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGa > 1:545315/1‑71 (MQ=255) gCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGa < 1:952344/70‑1 (MQ=255) cGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATg > 1:2814993/1‑71 (MQ=255) ggTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTGGGTGc < 1:3009714/71‑1 (MQ=255) ggTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGa > 1:2255146/1‑35 (MQ=255) ggTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTACGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTg < 1:3312450/66‑1 (MQ=255) gTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCa < 1:3919056/71‑1 (MQ=255) tttACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCTGTGATGCgc < 1:2470087/38‑2 (MQ=19) tttACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTaa < 1:4142337/51‑1 (MQ=255) tttACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTaa < 1:1068004/51‑1 (MQ=255) ttACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCaaa > 1:1607759/1‑40 (MQ=255) ttACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCaaa > 1:483408/1‑40 (MQ=255) ttACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCaaa > 1:3343647/1‑40 (MQ=255) ttACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGtgcta > 1:1349466/1‑45 (MQ=255) ttACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCAt > 1:2338357/1‑70 (MQ=255) tACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGc > 1:2947690/1‑60 (MQ=255) tACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCAt > 1:3680293/1‑69 (MQ=255) tACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTa > 1:1855529/1‑71 (MQ=255) aCTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTa < 1:248070/70‑1 (MQ=255) cGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAg > 1:2545533/1‑45 (MQ=255) cGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAg > 1:2717872/1‑45 (MQ=255) cGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGa > 1:2593160/1‑50 (MQ=255) cGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCt > 1:3403223/1‑56 (MQ=255) cGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCCGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCtt > 1:2423530/1‑70 (MQ=255) | TTGAACTGGACCCTAACGATGATATCGATGCCTTACCCGACGGCATCTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTT > minE/2571078‑2571217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |