| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,193 | A→C | 9.4% | R366S (AGA→AGC) ‡ | yibH → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,193 | 0 | A | C | 9.4% | 281.4 / 29.4 | 117 | R366S (AGA→AGC) ‡ | yibH | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/57); new base C (7/4); total (56/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGATTATGGAACTTTGCT > minE/2571124‑2571262 | cTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGaa > 1:2402462/1‑71 (MQ=255)cTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGa > 1:3994567/1‑70 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAAt > 1:111777/1‑71 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAAt > 1:133312/1‑71 (MQ=255) tACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAAt > 1:3220899/1‑71 (MQ=255) cGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAAt < 1:4080024/69‑1 (MQ=255) cGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGa < 1:3668258/71‑1 (MQ=255) ccAGGTGGCGGTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCa < 1:80103/71‑1 (MQ=255) gTGGCGGTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTg > 1:1095014/1‑71 (MQ=255) gTGGCGGTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTg > 1:210843/1‑71 (MQ=255) gTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTg > 1:3945463/1‑71 (MQ=255) ggCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGa > 1:545315/1‑71 (MQ=255) gCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGa < 1:952344/70‑1 (MQ=255) cGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATg < 1:239614/71‑1 (MQ=255) ggTTTACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTGGGTGc < 1:3009714/71‑1 (MQ=255) ttACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGa > 1:3380717/1‑56 (MQ=255) ttACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCAt > 1:2338357/1‑70 (MQ=255) ttACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCAt > 1:3169414/1‑70 (MQ=255) tACTCTGATCATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGc > 1:2947690/1‑60 (MQ=255) tACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCAtt < 1:230781/70‑1 (MQ=255) tACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCAt > 1:3680293/1‑69 (MQ=255) aCTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTa < 1:253048/70‑1 (MQ=255) cGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGa > 1:2593160/1‑50 (MQ=255) cGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCt > 1:3403223/1‑56 (MQ=255) cGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCCGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCtt > 1:2423530/1‑70 (MQ=255) cATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGaa > 1:251483/1‑43 (MQ=255) cATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTGGGTGCa > 1:3276909/1‑59 (MQ=255) cATTTCAGCCATGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTGGGTGCa > 1:930626/1‑59 (MQ=255) aTTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTa < 1:1667984/67‑1 (MQ=255) tttCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATg < 1:2207404/43‑1 (MQ=255) tttCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTg < 1:2049599/51‑1 (MQ=255) tttCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTgg < 1:679027/71‑1 (MQ=255) tCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGAt > 1:746082/1‑71 (MQ=255) tCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGAt > 1:552544/1‑71 (MQ=255) aGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCa < 1:2335195/71‑1 (MQ=255) ccATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTa < 1:457302/60‑1 (MQ=255) ccATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAtt < 1:3093849/71‑1 (MQ=255) ccATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAtt < 1:795084/71‑1 (MQ=255) ccATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAtt < 1:925931/71‑1 (MQ=255) ccATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAtt < 1:44487/71‑1 (MQ=255) ccATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAtt < 1:3976246/71‑1 (MQ=255) ccATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAtt < 1:630160/71‑1 (MQ=255) cATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCtt > 1:4082641/1‑57 (MQ=255) cATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTg < 1:176674/71‑1 (MQ=255) cATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTg < 1:775427/71‑1 (MQ=255) cATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTg < 1:3683127/71‑1 (MQ=255) cATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTg < 1:3087011/71‑1 (MQ=255) aTGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAtt > 1:2265557/1‑69 (MQ=255) aTGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAtt > 1:3613364/1‑69 (MQ=255) tGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTg < 1:419792/42‑1 (MQ=255) tGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTg < 1:2223298/42‑1 (MQ=255) tGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTg < 1:295266/42‑1 (MQ=255) tGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTg < 1:1544684/42‑1 (MQ=255) tGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAt < 1:2066690/67‑1 (MQ=255) tGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTGGGTGCATTACCttt < 1:2338841/56‑1 (MQ=255) tGTCTCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTGGGTGCATTACCttt < 1:2911709/56‑1 (MQ=255) gTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGc < 1:623439/39‑1 (MQ=255) tttCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCt > 1:485237/1‑39 (MQ=255) tttCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGa > 1:148076/1‑42 (MQ=255) tttCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTAttt < 1:2604808/58‑1 (MQ=255) tctCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTGGGTGCATTACCTTTAt > 1:1880178/3‑56 (MQ=255) tctCGGTGATGCGCAAAGTGCTATTACGCATGACCAGCTGGGTGCATTACCTTTAt > 1:2445816/3‑56 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGa > 1:899206/1‑40 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTa > 1:1650799/1‑47 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTa > 1:3041325/1‑47 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAtt > 1:3999649/1‑64 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTgagggg < 1:3462416/70‑1 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTgagggg < 1:1567541/70‑1 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTgagggg < 1:1448316/70‑1 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTgagggg < 1:3936350/70‑1 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTgagggg < 1:3833739/70‑1 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTgaggg > 1:1463137/1‑69 (MQ=255) tCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTga > 1:1228556/1‑66 (MQ=255) cGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTgaggggg < 1:1839896/70‑1 (MQ=255) ggTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGa > 1:3888278/1‑38 (MQ=255) tGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCATCTGGATGCATTATCTTTATTTTTATCa < 1:2245708/58‑1 (MQ=255) tGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCa < 1:2250476/55‑1 (MQ=255) tGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTgag < 1:409267/60‑1 (MQ=255) gCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATc > 1:1592872/1‑41 (MQ=255) gCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCa > 1:3914078/1‑54 (MQ=255) gAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCAtt < 1:3005181/35‑1 (MQ=255) gAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGAt > 1:3659699/1‑71 (MQ=255) gAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGAt > 1:295657/1‑71 (MQ=255) aaaGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGAt > 1:2594483/1‑70 (MQ=255) aaGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCAtt < 1:1692103/51‑1 (MQ=255) tgctgcTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATc < 1:1206929/45‑1 (MQ=255) tgctgcTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGATTATg > 1:263586/1‑70 (MQ=255) ctgctAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGATTATGGaa > 1:1196068/1‑71 (MQ=255) ctgctAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGATTATGGaa > 1:3857652/1‑71 (MQ=255) tAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATc < 1:785489/39‑1 (MQ=255) aaGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATc > 1:3502510/1‑38 (MQ=255) gAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGAt < 1:2799994/35‑1 (MQ=255) gAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGAt < 1:2799712/35‑1 (MQ=255) gAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGAt < 1:2691761/35‑1 (MQ=255) gAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGAt < 1:2464111/35‑1 (MQ=255) gAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGAt < 1:1603974/35‑1 (MQ=255) gAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGATTATGGAACTTTGCt > 1:1467265/1‑71 (MQ=255) gAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGATTATGGAACTTTGCt > 1:3198189/1‑71 (MQ=255) aaTGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATc < 1:652628/35‑1 (MQ=255) aaTGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGATTATg > 1:3270006/1‑60 (MQ=255) | CTACGCCCAGGTGGCGGTTTACTCCGACCATTTCAGCCATGTTTCGGTGATGCGGAAAGTGCTGCTAAGAATGACCAGCTGGATGCATTATCTTTATTTGGATCATTGAGGGGGAGGGGGGAGATTATGGAACTTTGCT > minE/2571124‑2571262 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |