| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,572,989 | T→C | 12.5% | intergenic (+1757/‑22) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,572,989 | 0 | T | C | 12.5% | 277.9 / 28.1 | 104 | intergenic (+1757/‑22) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/43); new base C (7/6); total (55/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
ACAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTG > minE/2572919‑2573058 | aCAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACt > 1:2973097/1‑71 (MQ=255) cAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACtt > 1:538782/1‑71 (MQ=255) cAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACtt > 1:2552011/1‑71 (MQ=255) cAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACtt > 1:918127/1‑71 (MQ=255) aGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTg > 1:1587684/1‑71 (MQ=255) cTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGc > 1:3968793/1‑70 (MQ=255) cTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGc > 1:2919862/1‑70 (MQ=255) ataGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCaa < 1:3243392/69‑1 (MQ=255) agagGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAAc > 1:3257545/1‑69 (MQ=255) gagGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCa < 1:4101527/70‑1 (MQ=255) gCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGa < 1:3395544/69‑1 (MQ=255) ttAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACgg > 1:1554100/1‑70 (MQ=255) aaGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGt < 1:2355925/69‑1 (MQ=255) aaGGAAATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGTAAACCAGACGGt < 1:161199/69‑1 (MQ=255) gagaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAAt < 1:1037036/69‑1 (MQ=255) aTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCa < 1:3308511/52‑1 (MQ=255) ttCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAAttt < 1:1874959/67‑1 (MQ=255) tCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACt > 1:3259326/1‑46 (MQ=255) tCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACt > 1:329502/1‑46 (MQ=255) tCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCaaa > 1:3059628/1‑52 (MQ=255) tCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatga > 1:3256219/1‑71 (MQ=255) cGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatg > 1:602491/1‑69 (MQ=255) cGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgat > 1:1200258/1‑71 (MQ=255) gTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACt < 1:2147760/44‑1 (MQ=255) gTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgat < 1:1557886/70‑1 (MQ=255) gTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgat < 1:3410658/70‑1 (MQ=255) aaGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatgat > 1:3404560/1‑71 (MQ=255) aGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatgatg < 1:1284110/71‑1 (MQ=255) aGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatgat > 1:1336011/1‑70 (MQ=255) tatCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGaa < 1:2220183/70‑1 (MQ=255) atCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACg > 1:1904299/1‑71 (MQ=255) tCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTaa > 1:2179094/1‑58 (MQ=255) tCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGTTGATGAACGc > 1:1750681/1‑71 (MQ=255) tCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGc < 1:3910354/71‑1 (MQ=255) aGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGctt > 1:4014756/1‑71 (MQ=255) gCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAg < 1:1759021/43‑1 (MQ=255) cACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGctttct < 1:531520/71‑1 (MQ=255) cTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACg < 1:3165979/42‑1 (MQ=255) cTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatgatg < 1:3312084/59‑1 (MQ=255) tataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAAttt < 1:2682519/48‑1 (MQ=255) tataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCtttctttc > 1:224422/1‑71 (MQ=255) tataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACAAGACGGTAATTTAAtgatgatga > 1:3031783/1‑59 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAg > 1:3624981/1‑37 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGaa > 1:1314140/1‑59 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGc > 1:367596/1‑62 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTcc > 1:241550/1‑71 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTcc > 1:864718/1‑71 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGCTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTcc > 1:3972269/1‑71 (MQ=255) taCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCg > 1:2719721/1‑71 (MQ=255) aCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCgg > 1:1133915/1‑71 (MQ=255) ccGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAAttt > 1:3763299/1‑44 (MQ=255) ccGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGc < 1:2029375/71‑1 (MQ=255) ccGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGc < 1:1574177/71‑1 (MQ=255) ccGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGc < 1:2984214/71‑1 (MQ=255) ccGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAatga > 1:4095839/1‑49 (MQ=255) atatAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCaa > 1:501627/1‑70 (MQ=255) atatAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAAt > 1:138529/1‑71 (MQ=255) tataAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatgat > 1:3384641/1‑49 (MQ=255) tataAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatgat > 1:2277807/1‑49 (MQ=255) tataAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatgat > 1:3379745/1‑49 (MQ=255) tataAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgat < 1:821177/46‑1 (MQ=255) tataAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATg < 1:3790575/71‑1 (MQ=255) tataAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATg < 1:2614842/71‑1 (MQ=255) 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aaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCg > 1:2902351/1‑55 (MQ=255) aCTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGc > 1:13877/1‑71 (MQ=255) aCTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGc < 1:934553/71‑1 (MQ=255) tCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGc < 1:2815462/52‑1 (MQ=255) tCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCa < 1:1947961/53‑1 (MQ=255) tCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTa < 1:1810875/63‑1 (MQ=255) cACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAg > 1:2439135/1‑71 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCt > 1:3019662/1‑59 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATg > 1:2906010/1‑63 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCt < 1:329233/68‑1 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCt < 1:1668086/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |