Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 2,668,449 | G→A | 13.7% | intergenic (‑438/‑174) | malT ← / → malP | DNA‑binding transcriptional activator, maltotriose‑ATP‑binding/maltodextrin phosphorylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 2,668,449 | 0 | G | A | 13.7% | 199.6 / 19.5 | 73 | intergenic (‑438/‑174) | malT/malP | DNA‑binding transcriptional activator, maltotriose‑ATP‑binding/maltodextrin phosphorylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/36); new base A (6/4); total (33/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGCTTTTTGAAAATACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCTCATCCCCG > minE/2668381‑2668518 | cGCTTTTTGAAAATACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCAttga < 1:3751547/70‑1 (MQ=255) cTTTTTGAAAATACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCAttgattt < 1:3652555/71‑1 (MQ=255) cTTTTTGAAAATACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCAttgattt < 1:180147/71‑1 (MQ=255) cTTTTTGAAAATACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCAttcattt > 1:1600564/1‑71 (MQ=255) cTTTTTGAAAATACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCAttaattt < 1:4108056/71‑1 (MQ=255) tttGAAAATACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCAttgatttgat > 1:253828/1‑71 (MQ=255) gAAAATACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGc < 1:941006/70‑1 (MQ=255) gAAAATACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGc < 1:918783/70‑1 (MQ=255) aaaTACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTaa < 1:2122443/71‑1 (MQ=255) tACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATcc > 1:1383725/1‑71 (MQ=255) tACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATcc > 1:1394169/1‑71 (MQ=255) aCGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGt > 1:511451/1‑71 (MQ=255) gCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCAttgatttga > 1:1354186/1‑53 (MQ=255) gCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTg < 1:3617632/71‑1 (MQ=255) gCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTCGATGCTAATCCTGTGGTTTg < 1:1924162/71‑1 (MQ=255) cATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCAttgatttga > 1:2736053/1‑51 (MQ=255) cATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTg < 1:3398443/69‑1 (MQ=255) cATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGc < 1:3732503/70‑1 (MQ=255) aTTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTgg < 1:3716825/64‑1 (MQ=255) ttttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCt < 1:706196/53‑1 (MQ=255) ttttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATcc < 1:2316241/58‑1 (MQ=255) ttttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATc < 1:1133620/57‑1 (MQ=255) ttttttGCACATAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCt < 1:3166451/53‑1 (MQ=255) tttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCAc > 1:288241/1‑69 (MQ=255) tttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTAATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCa > 1:3174122/1‑68 (MQ=255) tttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTAATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCa > 1:102445/1‑68 (MQ=255) tttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTAATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCa > 1:1737456/1‑68 (MQ=255) ttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCAttgatttgat > 1:2353856/1‑48 (MQ=255) ttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTg > 1:2291797/1‑65 (MQ=255) ttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAg > 1:1878582/1‑71 (MQ=255) ttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAg > 1:2891584/1‑71 (MQ=255) ttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAg > 1:3841738/1‑71 (MQ=255) ttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAg > 1:829765/1‑71 (MQ=255) ttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAg > 1:2541654/1‑71 (MQ=255) ttttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTAATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACt > 1:2731060/1‑69 (MQ=255) tttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAg < 1:3704109/70‑1 (MQ=255) tttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAg < 1:3782960/70‑1 (MQ=255) tttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAg < 1:3818424/70‑1 (MQ=255) tttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAg < 1:97314/70‑1 (MQ=255) tttGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAg < 1:261922/70‑1 (MQ=255) cACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTTGTTTGCACTAGCttt < 1:1331455/70‑1 (MQ=255) cACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCttt < 1:2469346/70‑1 (MQ=255) cACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCttt < 1:3478140/70‑1 (MQ=255) cACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTa < 1:3565483/71‑1 (MQ=255) aCTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTaa < 1:1655524/71‑1 (MQ=255) aCTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTa > 1:3593162/1‑70 (MQ=255) tAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCa > 1:2506791/1‑58 (MQ=255) aGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGt > 1:1912866/1‑52 (MQ=255) aGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTg < 1:1979182/70‑1 (MQ=255) gATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTg < 1:3710648/69‑1 (MQ=255) aCAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAAAcc > 1:2668222/1‑42 (MQ=255) cAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTgag < 1:1829530/71‑1 (MQ=255) aGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAAt > 1:2465046/1‑38 (MQ=255) gATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGtt > 1:1380506/1‑66 (MQ=255) ttttCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATca < 1:1393735/71‑1 (MQ=255) tttCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCtg > 1:2472009/1‑38 (MQ=255) tttCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTgg > 1:950449/1‑41 (MQ=255) ttCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATcaca > 1:2976425/1‑71 (MQ=255) tGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACAt < 1:3110908/69‑1 (MQ=255) cgcTGTATTGCATTAATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACAtt < 1:3742577/68‑1 (MQ=255) gcTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACAttt < 1:2453546/68‑1 (MQ=255) gcTGTATTGCATTAATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTa < 1:2769305/49‑1 (MQ=255) gcTGTATTGCATTAATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTa < 1:2276891/49‑1 (MQ=255) gTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCttt < 1:502185/45‑1 (MQ=255) tATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGc < 1:2933435/35‑1 (MQ=255) tATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCa > 1:1843450/1‑36 (MQ=255) tATTGCATTAATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCt > 1:1183539/1‑71 (MQ=255) tATTGCATTAATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCt > 1:1630969/1‑71 (MQ=255) tATTGCATTAA‑‑TGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCTCa < 1:3845797/71‑1 (MQ=255) ttGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCAc < 1:784680/35‑1 (MQ=255) ttGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTaa > 1:1117118/1‑44 (MQ=255) ttGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTgaga > 1:637785/1‑54 (MQ=255) ttGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTg > 1:672383/1‑67 (MQ=255) ttGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCTCa > 1:3067205/1‑71 (MQ=255) gCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCtt > 1:3720967/1‑39 (MQ=255) gCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATca < 1:3448841/55‑1 (MQ=255) cATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATca < 1:3909956/54‑1 (MQ=255) cATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCTCATc < 1:2977595/70‑1 (MQ=255) cATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCTCATc < 1:255988/70‑1 (MQ=255) aTTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAg < 1:234621/41‑1 (MQ=255) aTTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATcaca > 1:1272144/1‑55 (MQ=255) aTTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATcaca > 1:1339804/1‑55 (MQ=255) ttgatttgatGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTgag > 1:344859/1‑48 (MQ=255) ttgatttgatGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGATATCACATTTCCTTGCTCATcccc > 1:145012/1‑71 (MQ=255) ttgatttgatGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCTCATcccc > 1:3438344/1‑71 (MQ=255) tgatttgatGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGt < 1:3995054/40‑1 (MQ=255) tgatttgatGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTg > 1:69490/1‑61 (MQ=255) gatttgatGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCTCATCCCCg > 1:843367/1‑70 (MQ=255) gatttgatGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCTCATCCCCg > 1:2862979/1‑70 (MQ=255) gatttgatGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCTCATCCCCg > 1:196797/1‑70 (MQ=255) | CGCTTTTTGAAAATACGCAACGGCCATTTTTTGCACTTAGATACAGATTTTCTGCGCTGTATTGCATTGATTTGATGCTAATCCTGTGGTTTGCACTAGCTTTAAGTGGTTGAGATCACATTTCCTTGCTCATCCCCG > minE/2668381‑2668518 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |