| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,746,780 | A→G | 9.2% | *118* (TAA→TGA) | rplR → | 50S ribosomal subunit protein L18 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,746,780 | 0 | A | G | 9.2% | 209.9 / 11.7 | 76 | *118* (TAA→TGA) | rplR | 50S ribosomal subunit protein L18 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/31); new base G (5/2); total (43/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
CCGGGTTCCAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATCGCGG > minE/2746711‑2746847 | ccGGGTTCCAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTa < 1:761926/70‑1 (MQ=255) ccAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTaga < 1:2543140/70‑1 (MQ=255) aaTATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGgt < 1:3082999/71‑1 (MQ=255) tatCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAgg < 1:1052833/62‑1 (MQ=255) atCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGgtgt > 1:1092043/1‑70 (MQ=255) atCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGgtgt > 1:2094377/1‑70 (MQ=255) atCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGgtg > 1:841491/1‑69 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTaga > 1:2939314/1‑64 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGgtgt > 1:19064/1‑69 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:1362822/71‑1 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:3504809/71‑1 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:1799448/71‑1 (MQ=255) aTGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGCAGAGGTGTAAGa < 1:4030552/71‑1 (MQ=255) cGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:2397622/1‑66 (MQ=255) cGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCt > 1:3752435/1‑71 (MQ=255) cGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCt > 1:2633232/1‑71 (MQ=255) tgtCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTca < 1:2492365/71‑1 (MQ=255) tCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTcaca > 1:1597390/1‑71 (MQ=255) cAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAgg > 1:2145713/1‑53 (MQ=255) cAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAgg > 1:2275576/1‑53 (MQ=255) cAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATc > 1:337333/1‑71 (MQ=255) ggCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:3742/1‑58 (MQ=255) gCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:3961102/55‑1 (MQ=255) cACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaa > 1:971518/1‑70 (MQ=255) aCTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGAt > 1:1752312/1‑56 (MQ=255) aCTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGAt > 1:1942427/1‑56 (MQ=255) aCTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaaaa < 1:382405/71‑1 (MQ=255) tGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTa < 1:2450814/42‑1 (MQ=255) tGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTa < 1:3857393/42‑1 (MQ=255) tGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:3442407/51‑1 (MQ=255) ggCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:3483700/1‑52 (MQ=255) ggCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc > 1:980371/1‑70 (MQ=255) ggCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc > 1:2643726/1‑70 (MQ=255) ggCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc > 1:3124515/1‑70 (MQ=255) gaaGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc > 1:3081681/3‑69 (MQ=255) gCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTa < 1:1599823/48‑1 (MQ=255) gCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTa < 1:2107304/48‑1 (MQ=255) gCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTa < 1:2988992/48‑1 (MQ=255) gCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc > 1:1844887/1‑69 (MQ=255) cAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:4101164/48‑1 (MQ=255) cAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAg > 1:1375704/1‑71 (MQ=255) cAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAg < 1:2677101/71‑1 (MQ=255) gATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCt < 1:3765805/71‑1 (MQ=255) gATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCt < 1:991663/71‑1 (MQ=255) aTGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTagag > 1:3394380/1‑39 (MQ=255) tgctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:3968865/1‑46 (MQ=255) tgctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:1562388/1‑46 (MQ=255) tgctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:1776797/1‑46 (MQ=255) tgctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTg > 1:124605/1‑70 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:3588995/43‑1 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATgg > 1:2345312/1‑48 (MQ=255) ctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGc > 1:4030789/1‑70 (MQ=255) tgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:3644826/41‑1 (MQ=255) cccGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:1695096/1‑41 (MQ=255) ccGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaaaaa > 1:2605182/1‑57 (MQ=255) gTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTg > 1:1183081/1‑70 (MQ=255) gTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGAt < 1:3839068/39‑1 (MQ=255) gTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaa < 1:3238139/52‑1 (MQ=255) tGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaaaa < 1:3938257/53‑1 (MQ=255) gAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAg > 1:1418560/1‑71 (MQ=255) gAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:1754446/1‑36 (MQ=255) aaGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc > 1:2179447/1‑53 (MQ=255) aaGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGaa < 1:2682185/64‑1 (MQ=255) aaGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAg > 1:3598177/1‑70 (MQ=255) aGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAgg < 1:2840566/70‑1 (MQ=255) cTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGaaa < 1:1907047/71‑1 (MQ=255) cTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGaaa < 1:1597033/71‑1 (MQ=255) cTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGaaa < 1:1467602/71‑1 (MQ=255) ccTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCt < 1:1552302/71‑1 (MQ=255) ccTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTTAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCATGAAAAGCt < 1:3823486/71‑1 (MQ=255) ccTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGTAAAAGCt < 1:4013239/71‑1 (MQ=255) ccTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCt > 1:1820152/1‑71 (MQ=255) cAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATc > 1:719199/1‑71 (MQ=255) aGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATcg > 1:3154683/1‑71 (MQ=255) aGTTCTAAGGTAGAGGTCTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATcg > 1:3133934/1‑71 (MQ=255) tCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAg > 1:3429000/1‑61 (MQ=255) cTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATCGCgg > 1:106494/1‑70 (MQ=255) | CCGGGTTCCAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATCGCGG > minE/2746711‑2746847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |