| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,790,849 | C→T | 16.0% | intergenic (+244/‑531) | pgi → / → ubiC | glucosephosphate isomerase/chorismate pyruvate lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,790,849 | 0 | C | T | 16.0% | 184.9 / 25.2 | 75 | intergenic (+244/‑531) | pgi/ubiC | glucosephosphate isomerase/chorismate pyruvate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/36); new base T (8/4); total (35/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
TATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATT > minE/2790779‑2790916 | tATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAAc > 1:1519334/1‑71 (MQ=255) tCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAAccc > 1:2387150/1‑69 (MQ=255) ggCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTaa > 1:2503601/1‑70 (MQ=255) gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTaaaa > 1:1166361/1‑71 (MQ=255) tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAg < 1:179491/71‑1 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGAt > 1:2897467/1‑71 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGAt > 1:2155644/1‑71 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAt > 1:3702560/1‑71 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtttt < 1:2801384/70‑1 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtt < 1:2953016/68‑1 (MQ=255) tCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTaa < 1:2146661/71‑1 (MQ=255) tCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAttttt < 1:2112167/69‑1 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATc < 1:570484/71‑1 (MQ=255) gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCg < 1:320693/71‑1 (MQ=255) aTAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgt < 1:1781872/71‑1 (MQ=255) tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgtt > 1:2955991/1‑71 (MQ=255) aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgttg > 1:1757999/1‑71 (MQ=255) aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgttg > 1:1769047/1‑71 (MQ=255) aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgttg > 1:758582/1‑71 (MQ=255) aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgttg > 1:2516623/1‑71 (MQ=255) aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgttgt > 1:945344/1‑71 (MQ=255) aaTACCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgttg < 1:772707/70‑1 (MQ=255) tcgccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgttgtt > 1:982940/4‑70 (MQ=255) ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAtt < 1:2910298/71‑1 (MQ=255) ccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAtt < 1:283418/71‑1 (MQ=255) ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTc > 1:2096295/1‑71 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTaa > 1:1334216/1‑55 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgt > 1:1793671/1‑59 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCg > 1:1501457/1‑70 (MQ=255) tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGa < 1:3190716/71‑1 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtttt > 1:2776458/1‑49 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTTAGGTTAACCCTAAAATAGAt < 1:443359/44‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAAt < 1:743806/40‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAt < 1:512618/61‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaaa < 1:3691275/70‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaaa > 1:1210394/1‑70 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaaa > 1:3923357/1‑70 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaaa > 1:1248367/1‑70 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa < 1:924473/68‑1 (MQ=255) aaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGttt > 1:3380027/1‑58 (MQ=255) aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATa < 1:3250585/70‑1 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg < 1:2654899/71‑1 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAg < 1:58120/36‑1 (MQ=255) aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:317039/1‑53 (MQ=255) ggAAATCATACCGTTAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGATTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:439610/71‑1 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGAttt < 1:2253558/37‑1 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCGGAtt < 1:462751/71‑1 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:1463211/71‑1 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:2391394/71‑1 (MQ=255) aaaTCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGa > 1:1912898/1‑67 (MQ=255) aaTCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATa > 1:1925824/1‑60 (MQ=255) aTCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa < 1:3433490/55‑1 (MQ=255) cATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaaa > 1:961264/1‑55 (MQ=255) cATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAAt > 1:628372/1‑56 (MQ=255) aTACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCt > 1:194671/1‑71 (MQ=255) tACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGttt < 1:1596003/42‑1 (MQ=255) tACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAtt < 1:1403807/45‑1 (MQ=255) aCCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCttt > 1:3572061/1‑71 (MQ=255) cGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTg < 1:1316202/71‑1 (MQ=255) cGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTg < 1:1321070/71‑1 (MQ=255) cGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTg < 1:3895658/71‑1 (MQ=255) tGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCttt > 1:2426366/1‑67 (MQ=255) gAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttt > 1:2342091/1‑71 (MQ=255) gAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttt > 1:2347024/1‑71 (MQ=255) gAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttt > 1:2265211/1‑71 (MQ=255) ggTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa < 1:2718995/43‑1 (MQ=255) gTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaaa < 1:1880941/44‑1 (MQ=255) gTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa < 1:539616/42‑1 (MQ=255) ttAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa < 1:2733964/41‑1 (MQ=255) ttAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa < 1:4035923/41‑1 (MQ=255) ttAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 1:3751422/71‑1 (MQ=255) ttAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 1:1130209/71‑1 (MQ=255) ttAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 1:403657/71‑1 (MQ=255) tAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTc > 1:303545/1‑36 (MQ=255) tAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt > 1:54135/1‑71 (MQ=255) tAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt > 1:2864459/1‑71 (MQ=255) aaCCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt < 1:3976504/70‑1 (MQ=255) cccTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:2381240/49‑1 (MQ=255) | TATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATT > minE/2790779‑2790916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |