| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,891,414 | C→A | 23.3% | P23P (CCC→CCA) | ytfQ → | predicted sugar transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,891,414 | 0 | C | A | 23.3% | 156.7 / 25.4 | 60 | P23P (CCC→CCA) | ytfQ | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/26); new base A (8/6); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
TATGTGGAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGCGAAA > minE/2891345‑2891483 | tATGTGGAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCt > 1:3093084/1‑71 (MQ=255)tATGTGGAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCt > 1:1833109/1‑71 (MQ=255) tgtgGAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCtt < 1:4095140/70‑1 (MQ=255) ttgAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTaa > 1:3093909/3‑70 (MQ=255) ggAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCACCATTAAc > 1:3568149/1‑70 (MQ=255) gAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCtt < 1:2578522/66‑1 (MQ=255) gAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCg > 1:1881119/1‑71 (MQ=255) aaaCGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGt < 1:2681617/71‑1 (MQ=255) aCGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTg < 1:2560067/71‑1 (MQ=255) ttacttaTAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTgg < 1:1055019/68‑1 (MQ=255) acttaTAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGAt > 1:1871649/1‑68 (MQ=255) ataGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGtt > 1:4131934/1‑60 (MQ=255) taGTCTCTTCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCg < 1:3652129/68‑1 (MQ=255) tctGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcg > 1:1445969/1‑70 (MQ=255) tctGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcg > 1:2048302/1‑70 (MQ=255) tctGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcg > 1:1799777/1‑70 (MQ=255) tGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCtt > 1:1957575/1‑45 (MQ=255) tGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAg > 1:1919304/1‑64 (MQ=255) tGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcgga > 1:3993418/1‑70 (MQ=255) tGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcgga > 1:3677317/1‑70 (MQ=255) tGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcgg < 1:779304/69‑1 (MQ=255) tGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAAACGTTGGATTTTCGCAGGtcgg < 1:3652250/69‑1 (MQ=255) tGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTAGATTTTCGCAGGtcgg < 1:1579903/69‑1 (MQ=255) cAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcggat > 1:3187088/1‑69 (MQ=255) gTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcggatcgga < 1:2054071/71‑1 (MQ=255) tcGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAAt > 1:77200/1‑70 (MQ=255) tcGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAAt > 1:577478/1‑70 (MQ=255) tcGGCAGCCATGTCGTCTATGGCATTGGCCGCTCCCTTAACCGTTg > 1:210372/1‑46 (MQ=255) gCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCg < 1:4116345/48‑1 (MQ=255) ccATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTgg < 1:2906447/71‑1 (MQ=255) tGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGAtt < 1:2159242/40‑1 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGAttt < 1:216925/39‑1 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAg > 1:3905089/1‑45 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcgg < 1:1092101/50‑1 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCa > 1:3177618/1‑60 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTg > 1:3468479/1‑70 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGAtttt > 1:3226671/1‑40 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGAttt < 1:894106/39‑1 (MQ=255) tcgtcTATGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGc > 1:1984812/1‑71 (MQ=255) gtcTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCg > 1:3339448/1‑71 (MQ=255) tcTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGtcggatcgga < 1:700587/53‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGa < 1:4079544/70‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGa < 1:933882/70‑1 (MQ=255) ggCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGAATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAg < 1:3396226/68‑1 (MQ=255) gCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGaaa < 1:2960024/70‑1 (MQ=255) gCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGaaa < 1:1785857/70‑1 (MQ=255) gCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGaaa < 1:2900838/70‑1 (MQ=255) gCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAAc > 1:3179265/1‑71 (MQ=255) gCGTTGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAAc > 1:4101825/1‑71 (MQ=255) cGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAAcc < 1:608461/71‑1 (MQ=255) cGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAAc > 1:1619006/1‑70 (MQ=255) ttGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTgg < 1:2581691/54‑1 (MQ=255) ttGGCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCaa < 1:2685258/71‑1 (MQ=255) ggCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAgg > 1:124320/1‑48 (MQ=255) gCCGCTCCATTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAAtgt < 1:2800584/71‑1 (MQ=255) ccGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGc < 1:3309025/47‑1 (MQ=255) ccGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGc < 1:3661716/47‑1 (MQ=255) ccGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGc < 1:2976447/47‑1 (MQ=255) cTCCCTTAACCGTTGTATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTgg < 1:997683/47‑1 (MQ=255) cTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCa < 1:342514/63‑1 (MQ=255) cccTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAAt > 1:2165302/1‑63 (MQ=255) ccTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGCGaaa < 1:2226918/71‑1 (MQ=255) ccTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGCGaa < 1:1948653/70‑1 (MQ=255) cTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGCGaa > 1:2308311/1‑69 (MQ=255) cTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGCGaa > 1:2586005/1‑69 (MQ=255) cTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGCGaa > 1:2140983/1‑69 (MQ=255) | TATGTGGAAACGCTTACTTATAGTCTCTGCAGTCTCGGCAGCCATGTCGTCTATGGCGTTGGCCGCTCCCTTAACCGTTGGATTTTCGCAGGTCGGATCGGAATCAGGCTGGCGTGCCGCAGAAACCAATGTGGCGAAA > minE/2891345‑2891483 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |