Missing coverage evidence...
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ATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAA  >  minE/876327‑876388 |                                                              aTCGAACCGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggt                         >  1:1079216/1‑39 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTcc             >  1:820080/1‑51 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCACCCGTaa  >  1:868885/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAAcc      >  1:634461/1‑58 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGt    >  1:414987/1‑60 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:860528/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:465526/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:484994/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:568876/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:573455/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:618482/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:985992/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:871284/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:926869/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:940933/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:952135/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:1012166/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:317780/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:3075/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:273998/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:261241/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:224393/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:222211/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:199566/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:129949/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:1127572/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:109883/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:1058863/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:1053662/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTaa  >  1:1015781/1‑62 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTa   >  1:404275/1‑61 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTa   >  1:502070/1‑61 (MQ=255) aTCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTa   >  1:794383/1‑61 (MQ=255) |                                                              ATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGTGCTGTCCGGCAACCGTAA  >  minE/876327‑876388

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑