Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1028467	1033661	5195	496 [1]	[0] 8	[malX]–[rsxA]	[malX],malY,add,ydgJ,blr,ydgT,ydgK,[rsxA]

CTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTG  >  minE/1033662‑1033712 |                                                   cTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTg  <  1:183432/51‑1 (MQ=255) cTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTg  <  1:209/51‑1 (MQ=255) cTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTg  <  1:472771/51‑1 (MQ=255) cTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTg  <  1:551073/51‑1 (MQ=255) cTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTg  <  1:713269/51‑1 (MQ=255) cTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTg  <  1:902029/51‑1 (MQ=255) cTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTg  <  1:916239/51‑1 (MQ=255) cTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGGCGTg  <  1:646692/51‑1 (MQ=255) |                                                   CTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTG  >  minE/1033662‑1033712

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑