Missing coverage evidence...
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CAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATC  >  minE/350764‑350824                                                             | cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:568782/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1058784/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:228761/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:261505/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:279550/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:381945/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:445043/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:495572/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:533908/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:546412/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:551496/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:218568/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:587286/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:597056/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:642112/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:791637/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:919534/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:927218/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:947766/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:953079/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:965002/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1456199/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1095870/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1146209/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1162123/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1214608/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1233668/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1310894/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1311632/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1313156/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1333166/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1340859/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1882158/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1520609/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1536021/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1561565/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1689179/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:173492/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1778957/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:1877262/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAAACAGATTGatc  >  1:1749051/1‑61 (MQ=255) cAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTAACATCGCTACCAATCAGATTGatc  >  1:319384/1‑61 (MQ=255)                                                             | CAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATC  >  minE/350764‑350824

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑