Missing coverage evidence...
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TGCTGCGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCAGA  >  minE/394548‑394609                                                              | tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGGTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:252743/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:654094/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1847516/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1866248/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:275198/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:344867/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:421720/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:496684/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:65224/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1792496/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:668057/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:668412/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:768876/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:841510/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:851184/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:940085/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:996719/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1504192/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1050472/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1077528/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:114151/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1248625/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1430158/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1495561/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1037097/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1568895/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:159624/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1597816/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:167448/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1678784/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1759885/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1778154/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1781990/62‑1 (MQ=255) tgctgcGGCACCCGATTTTCTTCCCAGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:911608/62‑1 (MQ=255)           cccGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCaga  <  1:1430369/52‑1 (MQ=255)                                                              | TGCTGCGGCACCCGATTTTCTTCCCCGCACCATGATGCAAGCTGCATCCAGGTAGCCGCAGA  >  minE/394548‑394609

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑