Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	408431	408718	288	82 [0]	[0] 11	holA	DNA polymerase III, delta subunit

CGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTAA  >  minE/408369‑408430                                                              | cgcaGTGTCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1375322/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGTCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1268286/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:301017/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:466354/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:408273/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:387049/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:379149/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:351688/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:342237/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1710889/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:252218/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:189140/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1879078/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1799997/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1761131/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1760656/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1731735/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1013380/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:481493/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:493136/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:509010/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:509104/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:540238/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:565153/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:572622/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:575676/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:603948/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:666367/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:670580/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:731837/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:739237/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:771917/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:893403/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:922042/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:166630/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1012650/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1065567/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:108380/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1093251/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1120523/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1160362/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1200841/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1209075/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1213167/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1240544/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1312896/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1351958/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1431007/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1535888/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1542010/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1682112/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:162593/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1580977/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1660747/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1598518/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1593246/62‑1 (MQ=255) cgcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTACACGTTGTaa  <  1:361954/62‑1 (MQ=255)  gctgTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1837942/58‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1739686/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1134043/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1126954/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:691494/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1757653/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1548778/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1020132/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:795706/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1016538/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:913265/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:957866/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1771842/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1172647/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:534729/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:503508/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:47820/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1888247/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1387736/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:204976/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1517498/61‑1 (MQ=255)  gcaGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:296661/61‑1 (MQ=255)            aTGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:186686/51‑1 (MQ=255)                  aGACTGGCGTTTCAGGTTATCCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:1199874/45‑1 (MQ=255)                  aGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTaa  <  1:46476/45‑1 (MQ=255)                                                              | CGCAGTGGCGTATGGGCAGACTGGCGTTTCAGGTTAACCAGTAACAACAGTTCACGTTGTAA  >  minE/408369‑408430

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑