Missing coverage evidence...
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*	*	÷	minE	554961	555240	280	34 [0]	[0] 28	[fsaA]	[fsaA]

CAGCACAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGT  >  minE/554899‑554960                                                              | cagcaCAAGGGCTGCTGTCGTCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:783814/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1059971/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:768328/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:670079/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:630284/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:619092/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:617788/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:600908/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:557264/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:50675/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:483421/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:428861/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:386071/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:365205/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:286871/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1246347/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1288760/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:196441/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1293035/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1786085/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1649704/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1458953/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:349235/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1514207/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCGGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:367371/62‑1 (MQ=255) cagcaCAAGGGCTGCTGTCAGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:551141/62‑1 (MQ=255)  agcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1301677/61‑1 (MQ=255)  agcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:457795/61‑1 (MQ=255)  agcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1166460/61‑1 (MQ=255)  agcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:1009439/61‑1 (MQ=255)   gcaCAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGGGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:366478/60‑1 (MQ=255)        aGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:735965/55‑1 (MQ=255)         gggCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:276722/54‑1 (MQ=255)                        cTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGt  <  1:515690/39‑1 (MQ=255)                                                              | CAGCACAAGGGCTGCTGTCGGCGCTGGCAGGTGCGGAATATGTTGCGCCTTACGTTAATCGT  >  minE/554899‑554960

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑