Missing coverage evidence...
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CATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCCT  >  minE/583747‑583808                                                              | cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:805114/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1781822/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1811455/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:196034/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:337896/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:340199/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:396825/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:398128/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:647293/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:688571/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:703149/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:737868/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1768452/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:85588/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:861630/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:863244/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:867224/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:867838/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:875140/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:897101/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:905770/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:970891/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:982301/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:127470/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1051982/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1084307/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1101698/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1102422/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1119823/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1162753/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1250190/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1256135/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1257596/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1257622/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1026445/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1410991/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1484327/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1522686/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1582677/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1632289/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1641802/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1660478/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:1685794/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:171821/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGAGTGATCCAGGTTCct  >  1:1579171/1‑62 (MQ=255) cATGGCCGAGTTAGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCct  >  1:125832/1‑62 (MQ=255)                                                              | CATGGCCGAGTTCGTGAAGGCGATGGTAGGCTTCGACCACGCCACGCGTGATCCAGGTTCCT  >  minE/583747‑583808

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑