Missing coverage evidence...
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GAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACA  >  minE/717414‑717474                                                             | gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAGCCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1770647/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTTCa  >  1:1038446/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:527167/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:988325/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:207275/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:282777/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:327310/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:336096/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:400427/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:437626/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:45543/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:960268/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:554553/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:66110/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:714009/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:802841/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:812070/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:823496/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:847543/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:889785/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1709927/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:118892/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1202231/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1318203/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1398995/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1410697/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:145337/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1505274/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1514150/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1526569/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1531162/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1590011/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1615335/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1618817/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1642914/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1656602/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1751631/1‑61 (MQ=255) gAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCATCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACa  >  1:1175466/1‑61 (MQ=255)                                                             | GAAGATGGTCCTTTTGTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACA  >  minE/717414‑717474

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑