Missing coverage evidence...
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CAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGATC  >  minE/766466‑766524                                                           | cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGATGGTGCTGGGAATCGAtc  <  1:1452490/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGATGGTGCTGGGAATCGAtc  <  1:1450449/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCTAtc  <  1:1630747/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:547446/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1729413/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1746330/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:29190/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:307908/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:326760/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:348984/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:369604/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:518311/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:948146/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:573512/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:593195/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:641701/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:643929/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:665012/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:682151/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:875462/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:875790/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:944422/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1009633/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1214893/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1037028/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1063336/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1075094/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1086083/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1089417/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1095800/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1119852/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1122839/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1207989/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1683766/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:123773/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:12835/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1443950/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1457116/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1484215/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1574994/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1588077/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1623468/59‑1 (MQ=255) cAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGGGCGGGGAATCGAtc  <  1:128457/59‑1 (MQ=255)  aGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:612003/58‑1 (MQ=255)                      cGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGAtc  <  1:1748234/38‑1 (MQ=255)                                                           | CAGTCAGCGCAATGTTGCTGGCGAGTGCATCCAGTGCCGGACGGTGCGGGGAATCGATC  >  minE/766466‑766524

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑