Missing coverage evidence...
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CAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCAA  >  minE/942623‑942684                                                              | cAGCGCAGAGGTTGGCTCATTAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:929613/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGTGAGTGCTCTGGCaa  <  1:551671/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1894086/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:921281/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:73002/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:711874/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:691595/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:684179/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:632134/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:555478/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:528042/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:483675/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:477259/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:354591/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:248254/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:205950/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1871932/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1837492/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:177509/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1751075/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1706180/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1517580/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1480377/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1387353/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:137360/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1320748/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1305743/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1218897/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1197960/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:105413/62‑1 (MQ=255) cAGCGCAGAGGTTGGCTCATAAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1007768/62‑1 (MQ=255)                    tcaAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCaa  <  1:1875810/43‑1 (MQ=255)                                                              | CAGCGCAGAGGTTGGCTCATCAAGCACAATCACGTCAGGCTGCGAAGAGAGTGCTCTGGCAA  >  minE/942623‑942684

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑